Cet article débute par un historique de la définition de virus. Les auteurs affirment, comme dans leur précédente publication de 2006, qu’il ne faut pas assimiler les virus uniquement aux virions qu’ils produisent, qui, eux, ne sont ni vivants ni ne sont des organismes. En outre, certains virus géants ont des génomes plus grands que certains microorganismes. De plus, les capacités que ces virus expriment lorsqu’ils se multiplient dans les cellules pourraient remettre en question la place qu’ils occupent actuellement dans l’arbre de la vie.

Dans le cadre de cette controverse, la partie qui nous intéresse le plus est la suivante : 4. Conceptual problems raised by the diversity of viral genomes. (Problèmes conceptuels soulevés par la diversité des génomes viraux)

La vision des virus comme étant des micro-organismes auxquels il manquerait des capacités par rapport aux autres micro-organismes est liée à la théorie de l’origine des virus par réduction graduelle.
Cette réduction se serait faite à des vitesses diverses ce qui aurait aboutit à la diversité des virus. Les virus géants seraient ceux avec la vitesse de réduction la plus faible.
La découverte d’un vestige d’appareil de traduction chez une famille de virus géants (les Megaviridae) confirme cette hypothèse. En effet, seules les cellules sont capables de traduction, l’ancêtre des Megaviridae doit donc être une cellule.

La théorie inverse, qui propose que les virus seraient issus de petits éléments génétiques échappés, implique que 90% du génome des virus géants proviendraient d’hôtes cellulaires. Or, seuls quelques gènes des virus géants possèdent des homologues chez les organismes Eucaryotes et Procaryotes. Si les autres gènes proviennent effectivement d’anciens hôtes, le fait est qu’on ne trouve aucune trace de ces derniers.
De même pour les protéines des virus géants : un grand nombre d’entre elles n’ont aucune protéine homologue dans le monde vivant. La dérive génétique ne peut expliquer ces particularités uniques des génomes viraux. En effet, elle n’est pas suffisamment rapide pour ce qui est de l’ADN (contrairement à l’ARN) et elle empêcherait la détection d’un génome de base commun à tous les virus provenant de leur ancêtre commun (qui existe selon la théorie de l’échappée).

Pour autant, les très grandes différences entre les 4 familles de virus géants sont incompatibles avec une réduction simple et linéaire à partir d’une cellule ancestrale. Il faut envisager différents événements indépendants de réduction, probablement à partir de proto-cellules en compétition avec l’ancêtre de LUCA (Last Universal Common Ancestor).
Les virus seraient donc les vestiges des proto-cellules existant avant LUCA qui, étant moins performantes que ce dernier auraient fini par ne subsister qu'en le parasitant.

Cet article vise à appuyer l'avis de l'auteur qui penche en faveur de l'hypothèse de la réduction graduelle comme étant l'origine des virus. En effet, il balaie assez vite l'hypothèse d'échappée ponctuelle.
Cette review n'a donc pas pour but de décrire tous les scénarios possibles de façon impartiale.

Cette review apporte une théorie claire et simple pour l'origine des virus :
Ils seraient issus de différents événements indépendants de réduction, probablement à partir de proto-cellules en compétition avec l’ancêtre de LUCA (Last Universal Common Ancestor).
Les virus seraient donc les vestiges des proto-cellules existant avant LUCA qui, étant moins performantes que ce dernier auraient fini par ne subsister qu'en le parasitant.
Par la suite certaines lignées de virus auraient perdu des gènes en raison de leur parasitisme obligatoire.

Cette review est très intéressante et utile. Son défaut est qu'elle est relativement longue et qu'elle aborde aussi des sujets qui ne rentrent pas directement dans le cadre de notre controverse.