Dans le monde scientifique, le concept d’espèce reste au centre des discussions. Le concept majoritairement admis est celui proposé par Ernst Mayr (1942), le Biological Species Concept (BSC), qui stipule que les individus appartiennent à une même espèce s’ils peuvent produire une progéniture viable. Il ne fait pourtant pas consensus dans toutes les disciplines. Chez les microbiologistes, il existe deux issues possible au concept d’espèce : (1) il faut au moins 70% de réassociations ADN-ADN pour différencier des espèces et (2) déterminer si les processus évolutifs peuvent permettre de dissocier des groupes distincts issus d’un ancêtre commun ? Le premier point étant très subjectif, cette review se penche sur le deuxième et tente d’appliquer des critères utilisés chez les eucaryotes pour décrire des groupes discret ou « espèces » chez des organismes procaryotes.

Tout le débat se résume sur l’existence de groupe phylogénétique. Il existe deux force de cohésion pour un groupe : (a) la sélection qui va homogénéiser le groupe en gardant seulement les variants les plus adaptés et (b) la recombinaison qui va empêcher la spéciation au sein d’un groupe. Ainsi, en l'absence de recombinaison significative, la diversité procaryote est limitée par la sélection périodique. Grace aux données moléculaires, la recombinaison est reconnu comme un processus généralisé et fréquent qui permet de casser les associations entre allèles (déséquilibre de liaison) qui apparaît avantageux chez les espèces clonales. Les auteurs suggèrent donc la possibilité d’un concept Biologique d’espèce chez les procaryotes. Pour tester cette idée, ils utilisent des données génétiques (différents loci) d’un modèle archeae Halorubrum spp. pour estimer le taux de mutation et de recombinaison de la population. A première vu leurs résultats vont dans le sens de l’existence d’un application du BSC chez leur modèle : présence de forte recombinaison et sélection, et forte cohésion de groupe phylogénétique. Cependant, cela fonctionne uniquement si les différents loci son issu d’une même histoire évolutive et remet donc en doute leurs observations. Ils arrivent donc au consensus que malgré l’existence de recombinaison (flux de gêne) comme force de cohesion aucun groupe distinct ou espèce biologique ne peut exister dans leur jeu de donné sur Halorubrum spp..

*Cette review montre que malgré l’existence d’analogies entre les procaryotes et les eucaryotes en terme de processus évolutif, il n’est pas possible de les considérer selon les mêmes modèles d’espèces. Ils concluent qu’il n’est pas irraisonnable de dire qu’il existe au sein des procaryotes plutôt des espèces « nébuleuses » que des espèces dite « groupe discret ».
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