Avant d’entamer leur réflexion sur l’origine des virus et leur évolution, les auteurs reviennent sur l’histoire de la découverte de ces derniers, de L. Pasteur à D. Ivanovski en passant par A. Lwoff et ses critères de définition d’un virus ; critères qui au cours du temps vont être mis à mal, et dont certains se verront même totalement oubliés. Les auteurs de cette review insistent sur le fait de bien différencier le virion du virus lui-même, virion qui ne serait en aucun cas un organisme vivant.

Au cours du temps, les scientifiques se sont retrouvés face à des barrières épistémologiques importantes. D'abord, en s’attardant sur la taille et la forme, les découvertes concernant la nature propre des virus ont été retardées de quelques années. Ils soulignent cependant l’immense diversité de taille et de formes des virus.
De manière générale, l’évolution émerge de contraintes épistémologiques. En effet, des bactéries peuvent être aussi petites que des virus, mais le contraire est difficilement admis par la communauté scientifique.
Pourtant, cela fait 20 ans que certains virus se trouvent sous nos yeux sans pour autant avoir été considérés comme tels.
Les génomes viraux font parti des grands questionnements des scientifiques. Ils observent des similitudes avec des cellules bactériennes parasites intracellulaires. Par ailleurs, la différenciation du virion et du virus par A. Lwoff entraîne des débats importants sur la nature réelle du virus (vivant ou non vivant). Mais, les auteurs finissent par se mettre d’accord sur le fait que le virion ne serait qu’un moyen de multiplication et de transport du virus de cellules en cellules.

Des hypothèses énonçant une vision plus quantitative que qualitative de la vie voient le jour. Certains organismes seraient plus vivants que d’autres. Par exemple, les virus géants comme les Megaviridae (virus géants = Megaviridae), de par leur capacité à se répliquer de façon autonome dans le cytoplasme de leur cellule hôte, sont les « plus vivants » des virus géants. Cette capacité serait alors héritée d’une cellule dont ils proviendraient. Cela implique que les virus auraient perdu des fonctions au cours du temps. Or, cette théorie est très peu étudiée dans le cadre des virus. En effet, ces pertes de fonctions entraînent une dépendance de l’organisme parasite à leur hôte, c’est le phénomène irréversible de réduction du génome.
Suivant cette hypothèse de « réduction graduelle », les auteurs concluent alors, que les virus les plus complexes évoluent moins vite, ils ont donc une vitesse de réduction graduelle moins importante que les virus moins complexes. Cependant comment une seule réduction graduelle pourrait expliquer l’immense diversité des virus actuels ?
A l’inverse, la théorie par échappée implique que 90% du génome des virus géants seraient issus des cellules hôtes. Mais il n'existe que très peu de similitudes entre virus et les autres organismes comme les Eucaryotes ou les Procaryotes. Par ailleurs, cette lente dérive génétique (force évolutive issue de phénomènes aléatoires) empêche la détection du génome commun à l’ancêtre commun de tous les virus et n’explique pas non plus cette diversité virale.
Les auteurs suggèrent alors d’envisager plusieurs événements de réduction graduelle ayant débuté avec des proto-cellules et la perte de la fonction ribosomique (partagée par tous les virus). Ces proto-cellules seraient entrées en compétition avec LUCA (Last Universal Common Ancestor), mais étant moins compétitives, elles n'auraient survécu qu'en tant qu’organismes parasites/endosymbiontes (organisme vivant au sein d'une cellule).

Les auteurs finissent par proposer une définition suggérant deux critères communs à tous les virus : 1) un virus serait répliqué par un système de macromolécules qu’il ne code pas lui-même. 2) Il est disséminé en utilisant une structure métaboliquement inerte dont le maintien n’exige aucune énergie.

Cette review est clairement orientée vers l'hypothèse d'apparition des virus par réduction graduelle. Cela lui permet d'apporter beaucoup d'informations concernant cette hypothèse au détriment, peut-être, de sa théorie rivale, celle des "échappées ponctuelles", lui enlevant une part importante d'objectivité. Cette brève comparaison entre deux théories permet, cela dit, de comprendre les principaux points fort et points de chacune d'entre elles.

Son orientation permet d'apporter des informations nécessaires à la compréhension de la théorie de réduction graduelle. Et la comparaison établie avec la théorie d'échappées ponctuelle d’éléments génétiques permet aux auteurs de proposer une nouvelle définition claire et brève des virus.

Certain point abordés par cette review ne sont pas indispensables à la compréhension de notre controverse, ou a une potentielle prise de position. Parfois un peu longue sur certain points, elle peut perdre son lecteur assez rapidement.