Les transposons sont des éléments génétiques intégrés dans le génome de leurs hôtes, mais capables de s’en exciser pour s’y réintégrer à d’autres emplacements. Cette transposition leur permet de se multiplier indépendamment dans les génomes tout en étant, par ailleurs, pris en charge par la machinerie de réplication de leur hôte. Les polintons sont des transposons de grande taille, et qui contiennent de nombreux gènes. Il contiennent notamment des gènes qui leur permettraient de produire des capsides similaires à celles des virus. Bien que cette production n’ait jamais été observée, le partage de gènes suggère un lien évolutif probable entre les polintons et les virus. Les auteurs tentent de retracer l’histoire évolutive qui pourrait relier ces différentes entités.

Les auteurs comparent le contenu génétique des polintons à celui de virus de différentes familles, ainsi qu’à celui de certains plasmides. Il produisent un réseau de similarité permettant de visualiser et quantifier le partage de gènes entre les différents groupes considérés. Ils réalisent également un arbre phylogénétique, à l’aide d’un unique gène, pour tenter de reconstruire leur histoire évolutive. En associant les informations fournies par ces deux analyses, et en y ajoutant une discussion détaillée, les auteurs proposent un scénario évolutif compatible à leurs données, et qui relie les différents groupes considérés.

Les polintons occupent le centre du réseau de similarité produit par les auteurs. Ils partagent des similarités génétiques surtout avec les virus géants et une famille de virus de bactéries. L’arbre phylogénétique indiquerait quant à lui une proximité évolutive entre les polintons et certains plasmides. Il suggère également que les polintons descendraient d’une famille de virus de bactéries.

Les auteurs proposent alors un scénario dans lequel un virus de bactérie de la famille des Tectiviridae serait à l’origine du premier politon. Les polintons auraient ensuite constitué un groupe prolifique depuis lequel auraient évolué plusieurs lignées. Les virus géants, notamment, seraient des descendants de ces éléments génétiques ayant subi une évolution vers la complexification. Ils auraient acquis secondairement de nombreux gènes (près de 90 % de leur génome) à travers l’intégration de gènes présents dans leur environnement (gènes de l’hôte, d’autres cellules, d’autres virus).

Ce travail souffre des limites constitutives de la génétique comparative appliquée aux virus et aux autres petits éléments génétiques. Il faut, pour étayer un scénario évolutif, montrer qu’il est soutenu par les données acquises sur de nombreux gènes. Ici, le très petit nombre de gènes existant et utilisés, ainsi que la propensions des entités considérées aux transferts génétiques, limitent fortement la fiabilité des analyses effectuées. Les auteurs en sont conscients, et, tout en argumentant en faveur de la vraisemblance de leur scénario, reconnaissent que de « discerner un scénario évolutif spécifique dans ce labyrinthe est un défi majeur ».

Les auteurs ne mentionnent pas le fait que la majorité des gènes des virus géants ne sont partagés par aucun génome connu. Il est difficile de concevoir une évolution des virus géants par accumulation de gènes, si ces gènes n’existent pas dans leur environnement. Cet argument a été proposé pour réfuter le scénario des auteurs.

Les auteurs apportent des arguments en faveur d’un scénario plaçant certains éléments génétiques cellulaires, les polintons, à l’origine évolutive des virus géants. Cela serait alors plutôt en faveur de l’hypothèse par échappée. Seulement, les auteurs proposent alors que les politons soient eux-mêmes issus de virus de bactéries. On considère donc un scénario dans lequel un virus serait devenu un transposon, pour redevenir ensuite un virus. Ainsi, plutôt que de fournir des arguments en faveur d’un mécanisme particulier d’apparition des virus, cet article participe à promouvoir l’idée selon laquelle la frontière évolutive entre les virus et certains éléments génétiques des cellules est très fine. Les auteurs admettent, par exemple, que si jamais une production de capsides était détectée chez les polintons, alors ces derniers devraient être considérés comme des virus à part entière.

L’article est technique et fait intervenir un important jargon lié à la biologie moléculaire.