ControverSciences est archivé. Il reste consultable mais il n'est plus possible de contribuer.
Le code source pour faire tourner le serveur reste disponible sur GitHub.
Migration Out of Africa et coexpansion néolithique de Mycobacterium tuberculosis avec les humains modernes
Figure :
Carte résumant les résultats les relations phylogéographiques et les analyses de datations pour MTCB. Les nombres sont les âges en miliers d'années des événements de dispersion.
Introduction à l'article :
La tuberculose est responsable de la mort de près d'un cinquième de la population d'Europe et d'Amérique du Nord entre le XVIIe et le XIXe siècle. En effet, elle est hautement virulente lorsque la population est dense et est mortelle à 50% lorsqu'elle n'est pas soignée. Il a longtemps été supposé que la tuberculose apparue lors de la révolution agricole du début du néolithique et l'origine du pathogène fût animale. Cependant, des analyses génétiques de Mycobacterium tuberculosis complex (MTCB) ont suggéré que les souches animales étaient différentes des souches humaines et que leur émergence était plus ancienne. En analysant l'ADN de ces bactéries il serait possible de retracer l'expansion géographique de la tuberculose en la liant directement avec la colonisation du monde par l'Homme moderne.
Expériences de l'article :
Les analyses ont été faites sur 259 souches représentant la diversité globale de MTBC en utilisant deux jeux de souches pour deux types d'analyses. L'une étant sur la lignée phylogénétique des MTCB représentant 46 pays et l'autre sur l'évolution régionale de MTCB complétés par des collections de 36 MTBC. Pour les analyses phylogéographiques, les auteurs ont utilisé le modèle BSSVS. Puis pour identifier l'ancêtre géographique des lignées MTCB, ils utilisent à la fois un modèle Bayésien et une approche parcimonieuse. Ils divisent le monde en sept régions puis utilisent les modèles pour connaître l'origine la plus probable de chaque souche.
Résultats de l'article :
Deux analyses Bayesienne différentes ont montré que l'Afrique était l'origine la plus probable de MTCB à 90% et à 67%.
Le modèle phylogéographique de MTBC montre une importante corrélation avec un modèle de dispersion de l'Homme moderne fondé sur l'analyse de l'ADN mitochondriale. Résumé en figure 1, le modèle MTBC soutient à 95% une division de la lignée bactérienne il y a environ 67 000 ans BP. pouvant être associé à une première vague de migration. Puis une seconde il y a environ 46 000 ans BP. aussi soutenue à 95%, correspondants probablement à la dispersion au travers l'Eurasie.
Ce que cet article apporte au débat :
Cette article apporte un proxy génétique supplémentaire apparement indépendant des analyses génétiques faites sur des populations humaines. L'opinion des auteurs sur les périodes et les origines de diversifications est objectifs et les résulstats sont sans appel.
Publiée il y a plus de 8 ans
par
H. Terreaux et E. Clastres.
Dernière modification il y a plus de 8 ans.
Migration Out of Africa et coexpansion néolithique de Mycobacterium tuberculosis avec les humains modernes
Carte résumant les résultats les relations phylogéographiques et les analyses de datations pour MTCB. Les nombres sont les âges en miliers d'années des événements de dispersion.
La tuberculose est responsable de la mort de près d'un cinquième de la population d'Europe et d'Amérique du Nord entre le XVIIe et le XIXe siècle. En effet, elle est hautement virulente lorsque la population est dense et est mortelle à 50% lorsqu'elle n'est pas soignée. Il a longtemps été supposé que la tuberculose apparue lors de la révolution agricole du début du néolithique et l'origine du pathogène fût animale. Cependant, des analyses génétiques de Mycobacterium tuberculosis complex (MTCB) ont suggéré que les souches animales étaient différentes des souches humaines et que leur émergence était plus ancienne. En analysant l'ADN de ces bactéries il serait possible de retracer l'expansion géographique de la tuberculose en la liant directement avec la colonisation du monde par l'Homme moderne.
Les analyses ont été faites sur 259 souches représentant la diversité globale de MTBC en utilisant deux jeux de souches pour deux types d'analyses. L'une étant sur la lignée phylogénétique des MTCB représentant 46 pays et l'autre sur l'évolution régionale de MTCB complétés par des collections de 36 MTBC. Pour les analyses phylogéographiques, les auteurs ont utilisé le modèle BSSVS. Puis pour identifier l'ancêtre géographique des lignées MTCB, ils utilisent à la fois un modèle Bayésien et une approche parcimonieuse. Ils divisent le monde en sept régions puis utilisent les modèles pour connaître l'origine la plus probable de chaque souche.
Deux analyses Bayesienne différentes ont montré que l'Afrique était l'origine la plus probable de MTCB à 90% et à 67%.
Le modèle phylogéographique de MTBC montre une importante corrélation avec un modèle de dispersion de l'Homme moderne fondé sur l'analyse de l'ADN mitochondriale. Résumé en figure 1, le modèle MTBC soutient à 95% une division de la lignée bactérienne il y a environ 67 000 ans BP. pouvant être associé à une première vague de migration. Puis une seconde il y a environ 46 000 ans BP. aussi soutenue à 95%, correspondants probablement à la dispersion au travers l'Eurasie.
Cette article apporte un proxy génétique supplémentaire apparement indépendant des analyses génétiques faites sur des populations humaines. L'opinion des auteurs sur les périodes et les origines de diversifications est objectifs et les résulstats sont sans appel.
Dernière modification il y a plus de 8 ans.