Après avoir réalisé un bref retour sur les découvertes concernant les virus, l’auteur se penche sur la création des 3 domaines du vivant et sur les « anciens virus » qui pourraient en être à l’origine. Il écarte l’idée que les virus puissent être un groupe monophylétique et ce, à cause du fait qu'ils peuvent soit contenir de l’ADN, soit de l’ARN. Des arguments selon lesquels les virus à ADN ou ARN seraient apparus indépendamment, mais que leurs formations se soient chevauchées aux alentours de l’apparition de LUCA, plaident en faveur de cette hypothèse.

Grâce aux techniques actuelles, les scénarios évolutifs partant des théories selon lesquelles les virus seraient anciens, voire antérieurs aux cellules, sont remis au goût du jour. L'auteur revient sur la possibilité que les virus soient à l’origine des protéines d’Eucaryotes, et sur les théories selon lesquelles ils seraient même à l’origine du noyau cellulaire (par le processus d’eukaryogenèse). Il revient également sur la possible existence du mécanisme inverse : la viriogenèse nucléaire (l’hypothèse qu’un noyau eucaryote pourrait donner un virus à ADN). Il met alors en avant le fait que ces deux mécanismes puissent être à l’origine de bien des caractéristiques des virus (diversité, forme, taille, …). L’auteur met cependant de côté ces hypothèses et revient sur celles qui nous intéressent, à savoir, l'hypothèse par échappée et l'hypothèse de réduction graduelle.

La réduction graduelle fait l’objet de beaucoup d’attention, alimentée par la découverte de Mimivirus dont les similitudes avec des organismes cellulaires éclairent sur les processus potentiels (NB: ça reste une hypothèse) de réduction du génome. L’auteur souligne aussi que des informations supplémentaires apportées par des représentants des familles comme les Phycodnaviridae ou les Iridoviridae pourraient permettre de mieux comprendre la transition entre organisme cellulaire et virus.

En mettant le doigt sur les comparaisons réalisées entre les organismes bactériens et les virus, l’auteur remet en cause les caractéristiques qui sont comparées. Il suggère que ce qui devrait attirer l’attention de tous n’est pas la comparaison entre « parasite » et « particule virale », mais plutôt entre « parasite » et « processus de fabrication de virus » qu’il nomme « usine à virus ». Il insiste sur le fait que le virion n’est pas représentatif du virus et qu’une différenciation de ces deux éléments doit impérativement faire partie du raisonnement. Ainsi, l'usine virale, qui utilise notamment les mitochondries se trouvant à sa périphérie pour obtenir de l'ATP, montre une ressemblance fonctionnelle avec les bactéries parasites intra-cellulaires. Selon lui, c’est cette usine virale qui devrait être considérée comme l’organisme viral réel en se référant à un virus. Se concentrer sur la structure de cette usine pourrait permettre de mieux comprendre l’histoire évolutive des virus.

L'auteur revient très brièvement sur quelques théories avant de passer à celles qui nous intéressent. Malheureusement la théorie d'échappées n'est presque pas abordé au profit de la Théorie de réduction graduelle, cette dernière agrémentée de sa propre théorie sur les usines virales (plutôt bien explicité, claire, précise, sans pour autant aller dans les détails de fonds).

Cette review est intéressante du point de vue des usines à virus. L'auteur offre une nouvelle façon d'envisager les virus et relègue les virions à de simple moyens de transports ou d'infection de cellules hôtes. Selon lui toute la nature de l'organisme viral réside dans ces structures intracellulaire complexe à l'origine de la production des virus.

Je trouve dommage de pas avoir essayé de faire un lien entre la théorie d'échappé et les usines à virus (choix de l'auteur, très certainement). Cela aurait permis de comparer les deux théories de manières plus objective.
Concernant la partie sur les usines virale, elle est très bien expliquée, clair, précise sans pour autant aller dans les détails. C'est une review courte qui donne envie d'en savoir plus sur ces usines à virus.