Après la découverte des virus géants, J.M. Claverie a fortement promu l’idée selon laquelle il existait une confusion entre les virus et leurs particules de propagation, les virions. Il proposait alors de considérer plutôt le stade intra-cellulaire des virus comme leur stade caractéristique, plus représentatif de leur complexité réelle. Les auteurs de cette revue tentent tout d’abord de généraliser cette idée en proposant une nouvelle vision et de nouvelles définitions. Il explorent ensuite les perspectives ouvertes par leurs propositions dans le cadre des débats entourant l’origine des virus.

Les auteurs commence par observer qu’une partie importante des infections virales s’accompagne d’un véritable détournement des cellules-hôtes. Cette transformation de la cellule, sous contrôle des gènes viraux, est souvent si profonde et complexe qu’il devient difficile d’en distinguer les composantes virales et cellulaires. Le terme de « virocellule » est alors proposé pour décrire cette cellule transformée, dédiée à la production de virions. Cette unité d’étude nouvellement définie permet aux auteurs d’imaginer un scénario d’apparition des virus dans lequel les premiers gènes viraux aurait évolué au sein de cellules, et « appris » à les détourner avant d’acquérir une capacité à la propagation. Les virus seraient ainsi, à l’origine, des gènes cellulaires ayant acquis la capacité à transformer leur cellule d’origine en une « virocellule » afin d’optimiser leur propre réplication. Au cours de leur évolution, ces « génomes viraux » auraient acquis les gènes nécessaires à la production de virions, et commencé à se transmettre de « virocellule » à cellule.

Les auteurs proposent que les événements d’acquisition de capsides aient été multiples, et aient mené à l’apparition de plusieurs lignées virales indépendantes. Ces événements seraient très anciens et pré-dateraient l’apparition du plus ancien ancêtre commun à tous les organismes cellulaires (LUCA). Il existe en effet plusieurs lignées de virus que l’on peut discriminer sur la base de leurs gènes de capsides, et l’origine évolutive de ce gènes a été datée par d’autres auteurs à une période antérieure à LUCA. Cela expliquerait que les virus soient génétiquement si différents des cellules actuelles : ils seraient les descendants d'éléments génétiques de lignées cellulaires ancestrales, aujourd’hui disparues. Il s’agirait alors de se demander, selon les auteurs, si toutes les apparitions des virus ont vraiment eu lieu à cette période ou si ce phénomène à également pu avoir lieu plus récemment.

Il s’agit également de s’interroger sur l’origine évolutive des gènes permettant la production de capsides et la formation de virions. Les auteurs s’appuient alors sur l’existence, dans le monde cellulaire, de structures rappelant les capsides les plus simples. Par exemple, les carboxysomes des bactéries, de petits compartiments protéiques assurant certaines fonctions cellulaires, auraient pu être récupérés par les virus pour assurer une fonction de propagation. Ils se seraient ensuite diversifiés (souvent en se complexifiant), jusqu’à mener à la diversité actuelle. Les auteurs ne font ici qu’envisager des candidats probables, car il n’existe aucune preuve de lien évolutif entre ces structures et les capsides des virus. De plus, comme les auteurs l’expliquent, toutes les structures cellulaires proposées pourraient être le résultat d’une transition inverse, dans laquelle des gènes viraux auraient été acquis par des cellules.

Les auteurs de cet article sont au fait des évolutions épistémologiques récentes liées au monde viral. Ils sont donc très rigoureux du point de vue des termes utilisés. Ils discutent de façon étayée et honnête la plupart des limites de leur proposition.

Dans la droite ligne des travaux publiés dans la dernière décennie, cet article vise à réformer la vision scientifique des virus. Les auteurs synthétisent de nombreux points de vue récents pour proposer, selon leurs propres termes, une « hypothèse par échappée moderne ». Selon cette dernière, les premiers gènes viraux capables de détournement cellulaire auraient évolué au sein-même de cellules anciennes. L’acquisition secondaire d’une capacité à produire des virions aurait alors mené à l’apparition des virus tels que nous les connaissons. Les modalités de cette acquisition deviendraient ainsi la principale inconnue concernant l’apparition des virus, qu’il s’agirait d’adresser dans les recherches futures.

La proposition des auteurs va dans le sens de l’hypothèse par échappée, dont ils proposent une extension.

Les deux auteurs sont des acteurs clefs des débats entourant l’évolution des virus, leur article est donc bien documenté et réfléchi autour des problématiques les plus récentes.