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Analyse de la référence The city-fox phenomenon: genetic consequences of a recent colonization of urban habitat

Titre de l'article :

Le phénomène du renard des villes: conséquences génétiques d'une colonisation récente des milieux urbains.
Figure :

Carte du site d'étude: aires d'échantillonnage de la ville de Zurich (Uwest et Ueast) et des périphéries rurales (Rwest, Rnorth et Reast) et origine des renards analysés (base de donnée géographique: Vector200 © Federal Office of Topography, Suisse)

Introduction à l'article :

Depuis une trentaine d'années, les renards roux envahissent les villes d'Europe, d'Amérique du Nord et d'Australie.

Le concept de "puits de dispersion" suggère que les habitats urbains sont des milieux ou les naissances ne compensent pas les morts et seule l'immigration de nouveaux individus empêchent le déclin de la population et son extinction. Au contraire, selon l'hypothèse UIH (Urban Island Hypothesis), les renards roux se sont adaptés aux conditions urbaines, et les conditions propres à chaque habitat (forces de sélections différentes) ont résulté en une isolation reproductive. Donc, une différenciation génétique serait observée entre les habitats urbains et non urbains. Il se peut aussi que la différenciation soit due à un effet fondateur et à la dérive génétique.
Les auteurs utilisent des marqueurs microsatellites pour étudier la population de renards roux de Zurich et de ses alentours. Ils testent l'absence de différenciation sous le concept du "puit de dispersion".

Expériences de l'article :

Site d'étude et échantillonnage

  • Municipalité de Zurich: 2 aires d'échantillonnage en milieu urbain (Est et Ouest) + 3 rurales (20km de la ville, isolées les unes des autres)
  • Entre 1996 et 1998: 477 renards tués (voitures, garde-chasse,) ou nés de renards capturés. 78 renards en zones rurales
  • 2 sous-échantillons de 50 renards par zone

Laboratoire

  • Extraction d'ADN
  • Sélection de 11 microsatellites, PCR, Electrophorèse

Analyses statistiques

  • Diversité génétique: Hétérozygotie observées VS hétérozygotie espérée sous l'équilibre de Hardy-Weinberg, sur un locus, et moyennes et déviations pour multilocus.
  • Courbe de saturation pour pouvoir comparer le nombre d'allèles des populations de tailles différentes. Déviations estimées par la méthode du jackknife (rééchantillonnage), tests de variance...
  • Tests des écarts à Hardy-Weinberg.
  • Test de différenciation génotypique, test des effets du sexe sur la différenciation
  • Identification des individus immigrants avec approche bayesienne.
Résultats de l'article :

Échantillonnage, microsatellites et diversité génétique dans les zones d'échantillonnage

  • Nombre de microsatellites amplifiés similaires entre ruraux et urbains.
  • 93 allèles détectés.
  • Les 2 populations urbaines ont un nombre d'allèle inférieur aux rurales.
  • Hétérozygotie observée plus faible en milieu urbain
  • Pas d'effet du sexe sur la différenciation
  • Tous les échantillons : hétérozygotie observée < hétérozygotie espérée, déviation de H-W

Diversité génétique entre les zones d'échantillonnage

  • Comparaisons par paires : différenciation génétique significative, sauf entre les zones rurales Est et Nord.
  • Différenciation maximum entre les deux populations urbaines.
  • Tests d'immigration : tendances similaires entre les populations
  • Taux d'échanges les plus faibles entre les populations urbaines
  • Peu d'échanges de « rural » vers « urbain » de part et d'autre de la rivière
  • Taux d'échanges élevés entre populations rurales et entre « rural » et « urbain » d'un même côté de la rivière.
Rigueur de l'article :

Les analyses génomiques et statistiques sont robustes. Les références utilisées sont conséquentes, mais beaucoup sont âgées d'au moins 20 ans. Les techniques utilisées en génomique ont bien progressé depuis, il serait intéressant de s'appuyer sur des études plus modernes. Il ne semble pas y avoir de conflit d'intérêts.

Ce que cet article apporte au débat :

Le rôle de “puits de dispersion” joué par les villes n'est pas soutenu:
Différenciation génétique entre populations rurales et urbaines = faibles échanges.

Différenciation génétique des renards urbains/ruraux:

  • Forces de sélection différentes => isolement reproducteur.
  • Problème: on ne connait pas la vitesse de ce phénomène après colonisation.
  • Peu probable étant donné des caractéristiques écologiques du renard roux.

Colonisation de Zurich:

  • Effet fondateur + dérive génétique probables (faible hétérozygotie).
  • Plusieurs évènements de colonisation (forte différenciation entre populations urbaines).

L'érosion de la différenciation génétique dépend des flux entre populations. Actuellement, les migrations urbaines-rurales sont faibles mais pas rare, on suppose donc une diminution.

Une différenciation génétique suite à une colonisation n'est pas nécessairement le signe d'une diversification spécifique.

Remarques sur l'article :

Ce travail fait partie de la thèse de Peter Wandeler. Il fait partie d'un projet interdisciplinaire sur l'écologie d'une population croissante de renards roux à Zurich.

Publiée il y a plus de 8 ans par C. Plancher et C. Blot.
Dernière modification il y a plus de 8 ans.