La définition de l'espèce se confronte à un problème majeur : les méthodes utilisées pour définir les limites et le nombre d'espèce.
Il existe beaucoup de définitions qui tentent de décrire le terme d’« espèce », 24 concepts. Jusqu’ici, deux solutions sont proposées pour résoudre ce problème. La première serait de considérer l’existence de lignées évolutives de métapopulation pour définir les espèces. La seconde propose que le concept d’espèce ne puisse pas être défini selon une ou plusieurs propriétés mais doit être traitée comme un concept de cluster (communautés). De Queiroz concilie les différents concepts qui tentent de donner une définition à l’espèce en utilisant les propriétés partagées entre tous et écartent les propriétés incompatibles. Les différentes définitions nécessitent, par exemple, une isolation reproductive intrinsèque, d’autres requièrent le partagent de critères de reconnaissance pour l’accouplement, des différences phénétiques, des écologies distinctes, de la monophylie, des gènes portant les mêmes allèles, etc.
Toutes ces propriétés sont issues de différents concepts : biologique, de reconnaissance, écologique, phylogénétique, phénétique,... Ce sont des concepts qui représentent la divergence des lignées au cours de différents stades du processus de spéciation. On peut tout de même donner une définition générale au concept d’espèce en disant qu’il s’agit de lignées de métapopulations où la métapopulation correspond à des sous-populations connectées les unes aux autres et que la lignée représente une population étendue dans un cadre temporel (une série d’ancêtres et de descendants formant une population limitée dans le temps). L’espèce serait définie par une métapopulation d’origine évoluant en plusieurs lignées. Toutes les propriétés non partagées des différents concepts d’espèce peuvent être utilisées comme contingents. Ceux-ci peuvent permettre de délimiter les frontières et le nombre d’espèces. De plus, ils peuvent servir à définir des catégories inférieures au niveau hiérarchique de l’espèce. Si l’on tient compte finalement, de toutes les alternatives, on arrive à une définition de l’espèce qui unifie tous les concepts d’espèce.