Cette revue nous présente un large aperçu des leçons acquises à travers la découverte des Mimivirus. En effet, avant cette découverte, les virus n’étaient pas classés dans l’arbre universel de la vie du fait de absence de ribosome. Cependant, il se trouve que les virus sont les organismes les plus abondants sur la planète et les gènes viraux constituent une large portion de tous les gènes existants. Ainsi, cette revue propose une définition des virus (et des cellules) basée sur l'idée selon laquelle les virus seraient plus que des éléments génétiques parasites, et que la présence des capsides ou des ribosomes formerait la dichotomie principale du monde vivant. Historiquement, les virus peuvent infecter les trois domaines de la vie et peuvent même parasiter d’autres virus. Durant le XX^ème siècle les scientifiques ont développé deux visions principales concernant les virus : « Les virus sont des organismes » et « les virus sont des biomolécules ». Après l’apparition de la dichotomie procaryote-eucaryote, Lowff a défini les virus comme de petits agents infectieux, non autonomes, qui ne peuvent pas se diviser de manière binaire et constitués de protéines et d’un seul type d’acide nucléique. Il insiste aussi sur le fait que ce ne sont pas des organismes et que l’élément infectieux du virus est l’acide nucléique. Cette définition des virus a été ébranlée par la découverte des Mimivirus (Grands virus visibles au microscope, génome de 12 Mégabases et contenant de l’ADN et de l’ARN).
Pour tenter d'effectuer une nouvelle classification de tous les organismes vivants incluant les virus, les auteurs suggèrent qu’il est nécessaire de redéfinir « les organismes cellulaires ». La comparaison de l’information génétique des Mimivirus et de 3 représentants des trois domaines de la vie montre que les seules différences observées résident en un nombre de gènes impliqués dans la transcription plus faible chez les Mimivirus et le manque de gènes impliqués dans la production d'énergie chez les Mimivirus. Ces gènes auraient pu être perdus indépendamment (par évolution convergente) et plusieurs fois durant la vie parasitaire. L’absence de gènes codant pour des protéines ribosomales est spécifique aux virus, ce qui suggère que tous les organismes cellulaires peuvent être définis comme des organismes codant des ribosomes (REOs).
Pour regrouper tous les virus, les protéines de capsides possédant des motifs single jelly-roll fold peuvent être utilisées comme des marqueurs communs à plusieurs virus à ADN et à ARN. Mais il faut déterminer si toutes ces structures sont évolutionnairement liées, ce qui pourrait suggérer une origine commune pour certains virus à ADN et à ARN. De plus, les auteurs nous proposent une hypothèse sur l’origine des capsides qui pourraient être formées à la base pour protéger des acides nucléiques qui auraient été relâchés accidentellement par des cellules lysées. L'apparition de capsides a donc été un événement crucial dans l'évolution précoce de la vie, qui a abouti à la divergence entre tous les organismes. Pour résumer, les auteurs proposent donc de définir les virus comme des organismes codant des capsides (CEOs) qui sont composés de protéines et les acides nucléiques qui s'auto-assemblent en une nucléocapside, incapable de se multiplier par fission binaire et capable d’utiliser un organisme codant des ribosomes pour la synthèse de leurs protéines et la production de l'énergie et les molécules précurseurs qui sont nécessaires pour leur cycle de vie.
Ainsi, les auteurs proposent de réinstaller une dichotomie primaire dans la classification du monde vivant entre les REO et les CEO. Ils en concluent que ces mondes sont naturellement connectés et ont évolué parallèlement. Il existerait donc une forme de vie exprimant les ribosomes et comprenant trois domaines : archées, bactéries et eucaryotes. Et une autre forme de vie exprimant les capsides pour produire des virions qui infectent les REO de chacun de ces trois domaines.

Cette revue propose une nouvelle classification du monde vivant incluant les virus. Mais une telle "reclassification " nécessite beaucoup plus d'expériences (avec d'autres virus et autres organismes produisant des ribosomes )et de données biologiques pour permettre une validation. Car les comparaisons réalisées dans cette revue ne concernent que les mimivirus trois organismes modèles des trois grands domaines de la vie que sont les archées , les procaryotes et les eucaryotes.

Cette revue nous donne une hypothèse sur l'apparition des capsides (donc l'apparition des virus) qui serait à l'origine des éléments de stockage de bouts d'acides nucléiques qui ce serait accidentellement échappé de cellules lysées. Ces structures se seraient ensuite complexifiées pour pouvoir permettre le transfert de se matériel génétique d'une cellule à une autre. Ce hypothèse suggère donc que les virus serait apparu par échappée ponctuelles d'éléments génétiques mobiles.