La capacité à produire des capsides et former des virions est avancée par certains auteurs comme le seul attribut véritablement unique aux virus et permettant de les définir de façon rigoureuse. L’hypothèse par échappée comme l’hypothèse par réduction font intervenir un événement d’acquisition de cet attribut. Une hypothèse probable, concernant l’origine des protéines permettant la construction de capsides, est alors que ces protéines aient d’abord évolué dans les lignées cellulaires, où elles auraient assuré d’autres fonctions, avant d’être acquises par les ancêtres des virus. Plusieurs groupes de protéines cellulaires semblent en effet montrer des similarités avec les protéines de capsides virales. Dans cet article, les protéines de capsides de nombreux virus sont comparées à des protéines cellulaires, dans le but d’identifier les lignées cellulaires susceptibles d’avoir fourni aux virus les briques de base de leurs virions.

Des informations concernant les protéines de capsides virales de 135 des plus importants groupes de virus ont tout d’abord été récupérées dans les bases de données du Comité International sur la Taxonomie des Virus. Ces informations comportent les séquences ADN associées aux protéines, et, quand elles existent, des données concernant leur structure 3D. Ces données ont permis de mener des recherches à large échelle de protéines cellulaires montrant des similarités structurelles ou de séquence avec les protéines de capside. Les comparaisons ont été menées à l’aide de logiciels bio-informatiques spécialisés. La comparaison des structures protéiques, notamment, est permise par un logiciel réalisant des superpositions informatiques des protéines, et quantifiant leur différence.

La grande majorité des protéines virales analysées montrent des analogues structurels dans le monde cellulaire, bien que ces ressemblances soient rarement accompagnées d’une ressemblance forte des séquences ADN associées. Selon les auteurs, l’origine cellulaire des protéines de capsides virales est donc hautement probable. Comme les nombreuses protéines virales analysées, très diverses, montrent chacune des analogues structurels cellulaires très différents, les auteurs ajoutent que les événements de recrutement de protéines cellulaires ont dû être multiples. Certains de ces événements doivent êtres anciens, car les protéines acquises sont très répandues dans le monde viral. D’autre pourraient bien être plus récents.

L’article présenté est rigoureux dans le sens ou aucune conclusion hâtive n’est tirée des observations réalisées. En revanche, les auteurs n’évaluent presque pas l’importance qu’à pu prendre l’évolution convergente dans leurs données. Quand deux structures évoluent indépendamment dans un environnement leur imposant les mêmes contraintes, il est possible d’observer l’évolution de structures fonctionnellement similaires. Ce phénomène pourrait expliquer une partie des similarités structurelles observées.

Cet article semble montrer l’existence de liens évolutifs entre certaines protéines cellulaires et les protéines de capsides virales. La très large échelle à laquelle cette analyse a été menée indiquerait alors que cette idée est généralisable à la plupart des protéines de capside.

Ces résultats sont, selon les auteurs, plus compatibles avec un scénario d’évolution des virus par échappée ponctuelle. Cependant, il n’est pas inenvisageable que les entités ayant récupéré les gènes cellulaires permettant la production des premier virions aient été des cellules parasites. Ceci est suggéré par l’identification par les auteurs de phénomènes d’acquisition inverse, dans lesquels des cellulaires auraient récupéré des gènes viraux de capsides et les auraient utilisés à d’autres fins. Cet article montre surtout qu’il est très probable que différents groupes de virus soient apparus indépendamment, peut-être selon des modes différents.

L’article est particulièrement technique car il discute de structures biochimiques dont l’étude s’entoure d’un jargon touffu.