L’article envisage une comparaison entre plasmide et génome viral. Les virus sont des éléments génétiques qui, infectent leur hôte et utilisent ses fonctions de réplications. Les plasmides forment un autre groupe d'éléments génétiques qui se retrouvent chez les cellules bactériennes. La ressemblance des plasmides aux virus à ADN, est selon l’auteur, « évidente », en particulier lorsque des stratégies de réplication de l'ADN sont observées.
L’auteur suppose que l'acquisition d'un gène codant pour la structure de la capside par un plasmide ou, inversement, la perte d'un gène de capside par un virus, entraînera la transition d'un plasmide à un virus ou d'un virus à un plasmide, respectivement. C’est en s’intéressant au Geminivirus ((famille Geminiviridae) qui sont de petits virus infectant les plantes et transmis par un vecteur) que l’auteur teste cette hypothèse par une analyse de la séquence des protéines de réplication et des séquences et / ou structures des protéines de la capside.

Une base de données (déjà existante) concernant les Geminivirus a été créée. Les auteurs ont donc, pour commencer, utilisé les séquences de Geminivirus trouvées dans cette base de données afin d’effectuer un comparatif avec celles retrouvées dans les bases de données du NCBI. Seules les séquences correspondant aux protéines d’autres plasmides bactériens ou Géminivirus ont été relevées, cela pour réaliser des analyses phylogénétiques.
L’auteur met alors en évidence des similitudes entre les plasmides des phytoplasmes et les Géminivirus. Cela les mène à effectuer des analyses comparatives de protéines en se concentrant sur les protéines de capside. Ils utilisent la structure de la protéine pour identifier des connexions entre familles virales qui n’auraient pu être faite à partir de l’analyse des séquences uniquement (la structure de la protéine est souvent mieux conservée que la structure de la séquence elle-même).

Les observations montrent que les représentants Géminivirus partagent beaucoup de similitudes avec des plasmides de phytoplasmes et non avec d'autres virus à ADN. Les analyses phylogénétiques prédisent un ancêtre commun plus récent pour les représentants des plasmides phytoplasmiques et des Géminivirus.
Les auteurs proposent alors un scénario pour l'origine des géminivirus dans lequel l'acquisition du gène codant pour une protéine de capside par un plasmide phytoplasmique a donné naissance à l'ancêtre des Géminivirus.
Ceci implique deux hypothèses, premièrement, il y aurait eu une co-infection de la même cellule végétale par un phytoplasme et un virus. Ensuite, une recombinaison se serait produite entre le génome de l'ARN d'un virus et la molécule d'ADN d'un plasmide. Le scénario proposé ici implique que les Géminivirus soient apparus dans les cellules végétales, où les différents éléments pourrait se retrouver.

L'article est très bien réalisé bien que particulièrement technique sur certain point. Ce qui est intéressant c'est le point de vue assez objectifs des auteurs concernant leur hypothèse ainsi que sur les résultats qu'ils obtiennent pour l'appuyer. Les points négatifs y sont relevés et bien explicités.

Bien que bien expliquer par les auteurs et très largement sous entendu, ils ne mentionnent pas directement l'hypothèse d'apparition des virus par échappée. Ce qui peut être perturbant pour des lecteurs novices....
Cependant, leurs expériences tendent vers cette hypothèse.

L'article ne suit pas la construction habituelle d'un article scientifique (introduction, matériel & méthodes, résultats, discussion) de façon claire ; il peut alors sembler long pour certains lecteurs et pas toujours facile à comprendre, car beaucoup détails y surviennent.
Cependant il est plutôt expliqué et intéressant pour soutenir l'hypothèse d'échappée