L'éradication est la méthode qui donne les meilleures chances aux espèces natives de se rétablir. Aujourd'hui, les EEE sont souvent établies depuis longtemps et les invasions biologiques sont généralement multiples et accompagnées par d'autres changements globaux. Ces systèmes complexes rendent les outils standards d'élimination des EEE bien moins efficaces et le succès de l'éradication peut alors avoir d'importants effets secondaires sur l'écosystème. C'est ce que cette review propose de mettre en lumière en s'appuyant sur des exemples de succès d'éradication d'EEE passés.
Généralement, les éradications des EEE sont bénéfiques à la biodiversité locale, mais elles ont aussi des effets inattendus et indésirables sur les espèces natives et les écosystèmes. Il se peut que les espèces natives soient trop impactées par les poisons utilisés pour l'éradication des EEE ou qu'il y en ait une accumulation dans la chaîne alimentaire. Les EEE peuvent modifier les paramètres abiotiques du milieu et ainsi empêcher, même après leur éradication, les espèces natives de le ré-investir (doit s'accompagner d'un plan de restauration). L'éradication d'une EEE peut aussi entraîner l'augmentation de la population ou des effets d'une autre espèce invasive, ou encore diminuer la ressource et l'habitat disponibles pour des espèces natives. La probabilité de ces effets indésirables augmente d'autant plus avec la multiplicité des EEE en interaction dans un même milieu et l'élimination des espèces natives et leur remplacement fonctionnel par ces EEE.
Éliminer un prédateur (ou un herbivore) exotique peut entraîner un relâchement de la régulation top-down qui s'effectuait sur leurs proies (ou plantes) natives. Leurs populations augmentent, ce qui peut avoir des répercussions sur les autres éléments de la chaîne alimentaire dont ils font partie. Mais la présence d'EEE multiples et à différents niveaux de la chaîne alimentaire fait que l'EEE éliminée pouvait réguler d'autres EEE dont l'augmentation de populations peut menacer l'écosystème dans son ensemble. À l'inverse, si une EEE proie est retirée, cela peut contraindre une EEE prédatrice à modifier son régime alimentaire en faveur de plus de proies natives, ce qui prouve le manque d'efficacité de la régulation bottom-up. Ce cas de figure n'a pas encore trouvé d'exemple chez les modèles EEE plantes/herbivores, ce qui peut être dû au manque de réussite dans l'éradication des EEE plantes. Cette présence multiple peut également entraîner de l'hyperprédation, c'est-à-dire que l'abondance en EEE proies augmente la population des EEE prédatrices, utilisant alors plus de ressources et devant donc diversifier leur régime alimentaire, ce qui peut amener à la consommation de plus en plus de proies natives. Tous ces effets peuvent avoir des répercussions en cascade sur l'écosystème via le réseau complexe d'interaction entre espèces qui s'y trouvent.
Le type d'espèce de l'EEE, le degré auquel elle a remplacé une espèce native (temps, fonctions, interactions...) et les invasions multiples peuvent impacter les effets de l'éradication d'une EEE. Les managers devraient réaliser des études avant et après les éradications. Celles d'avant permettraient de réduire les effets inattendus d'une éradication en approfondissant les connaissances sur les chaînes trophiques auxquelles appartiennent les EEE dans l'écosystème qu'elles envahissent et sur leurs rôles fonctionnels au sein de celui-ci. Celles d'après permettraient de documenter les effets positifs et inattendus des éradications pour en comprendre les causes et ne pas reproduire les mêmes erreurs. Il ne faut plus réaliser une éradication d'EEE, en ne prenant en considération que les effets bénéfiques que cela aura sur les espèces natives qu'elles menacent directement, mais avoir une vision plus globale, à l'échelle de l'écosystème, des impacts possibles. Cela permet d'anticiper les différents effets de l'éradication pour les gérer au mieux, et ainsi atteindre l'objectif de restauration.

Cette review permet de généraliser ce que l'article de Bergstrom et al. (2009) avait permis d'entrevoir à l'aide d'un exemple concret. Il s'agit de la nécessité d'études préalables à l'éradication d'une EEE mise en place dans le but de protéger des espèces natives en danger. Ces études rigoureuses de l'espèce cible (fonctions, interactions, position dans la chaîne trophique...) et de sa place au sein de l'écosystème en général devraient permettre de révéler la complexité des conséquences que son éradication pourrait avoir sur l'ensemble du milieu. Une gestion réussie passe donc par la prédiction de toutes ces conséquences, pour que leur contrôle puisse également être planifié. Les méthodes de gestion des EEE ne peuvent être complètement transposables d'un écosystème à un autre puisqu'elles peuvent avoir des conséquences très différentes. Cet article fourni donc une preuve supplémentaire de la complexité de la gestion des EEE et de la nécessité de les gérer au cas par cas.