Le processus d'introgression est complexe et se produit en plusieurs étapes impliquant plusieurs générations hybrides, qui peuvent tous échanger des gènes et coexister simultanément pendant de nombreuses années. des marqueurs moléculaire ont été utilisés afin d’étudier le flux de gène, ainsi des études sur les phylogénies moléculaires de plusieurs cultures et de leurs parents sauvages ont également permis de détecter à la fois des événements d'introgression récents et anciens chez des espèces végétales.
Haygood et al. ont utilisé la modélisation mathématique pour affirmer que les gènes des cultures et les transgènes pourraient avoir de profonds effets négatifs sur les espèces sauvages. Cependant, leurs prédictions, y compris la présence omniprésente d'allèles de plantes cultivées chez les plantes sauvages, ne sont pas confirmées par les résultats empiriques
L'introgression unidirectionnelle des transgènes améliorant le phénotype de la plante GM pourrait augmenter la possibilité d’altération de la plante naturelle en mauvaise herbe, ce qui est considéré comme le plus préoccupant chez les parents sauvages déjà adventices.

il n'y a pas eu de réponses précises à toutes les questions posées dans la review, certaines des études auxquelles ils se sont référées ne sont pas assez complète.

les risque de flux de gène sont classés en risque faible , moyen et risque élevé, il est difficile de mettre en place une stratégie efficace pour empêcher le transfert des gènes et leur effets négatif sur les plante naturelles.