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Les changements de base compensatoires dans les structures secondaires ITS2 sont en corrélation avec le concept des espèces biologiques malgré leur variabilité intragénomique.
Introduction à l'article :
Pour comprendre le but de cet article il est nécessaire d'introduire quelques notions théoriques:
Le concept de "Compensatory Bases Changes" (CBC) stipule que : (1) s'il y a une CBC alors il y a présence de deux espèces différentes avec une probabilité de 93% et (2) s'il n'y a pas de CBC alors on a une probabilité de 76% d'avoir la même espèce.
L' "International Transcribed Spacer" (ITS2) représente l'espace entre les séquences codantes des sous-unités de l'ARN ribosomique. La structure secondaire de l'ITS2 a un noyau commun à tous les eucaryotes ce qui en fait un bon critère de comparaison entre espèces, et est très utilisé en phylogénie.
L'identification de variants ITS2 identiques chez des espèces a révélé de possibles transferts de gènes horizontaux. Sachant cela, les auteurs ont étudié la corrélation entre les CBC dans la structure secondaire ITS2 et le concept d'espèce biologique de E.Mayr (basé sur le flux de gènes), en se focalisant sur des variants intragénomique des ITS2.
Expériences de l'article :
Les auteurs ont analysés 5543 variants intragénomique de ITS2 issus de 247 échantillons correspondants à 178 espèces de plantes (Angiospermes, Gymnospermes et Fougères). Ils reprennent une étude faite antérieurement en regardant l'impact de la variabilité intragénomique sur le déterminisme du critère CBC. Les analyses statistiques sont faite à l'aide du logiciel R mais ne sont pas explicitées dans l'article.
Résultats de l'article :
En s'appuyant sur des résultats antérieurs (obtenus par les mêmes auteurs), cet article montre qu'il existe une forte correspondance entre les espèces décrites par le concept CBC et celles décrites par le concept d'espèces biologiques. Il rajoute aux études antérieures que cette corrélation existe malgré une grande variabilité intragénomique des ITS2, ce qui montre que ce critère est robuste. Ils concluent également en disant que ce concept ne peut être appliqué comme définition de la notion d'espèce mais qu'il peut aider à en identifier.
Rigueur de l'article :
L'article n'explicite pas assez les méthodes utilisées.
Ce que cet article apporte au débat :
Cet article met en avant l'existence d'une différence entre une définition d'espèce et un critère pour établir l'existence d'espèces (critère hypothétique). Il montre que les espèces recensées par le critère CBC correspondent à celles du concept biologique d'espèces ce qui en fait un bon critère. Cet article s'inscrit plutôt dans un accord avec le BSC et apporte une application du concept chez des plantes.
Les changements de base compensatoires dans les structures secondaires ITS2 sont en corrélation avec le concept des espèces biologiques malgré leur variabilité intragénomique.
Introduction à l'article :
Pour comprendre le but de cet article il est nécessaire d'introduire quelques notions théoriques:
Le concept de "Compensatory Bases Changes" (CBC) stipule que : (1) s'il y a une CBC alors il y a présence de deux espèces différentes avec une probabilité de 93% et (2) s'il n'y a pas de CBC alors on a une probabilité de 76% d'avoir la même espèce.
L' "International Transcribed Spacer" (ITS2) représente l'espace entre les séquences codantes des sous-unités de l'ARN ribosomique. La structure secondaire de l'ITS2 a un noyau commun à tous les eucaryotes ce qui en fait un bon critère de comparaison entre espèces, et est très utilisé en phylogénie.
L'identification de variants ITS2 identiques chez des espèces a révélé de possibles transferts de gènes horizontaux. Sachant cela, les auteurs ont étudié la corrélation entre les CBC dans la structure secondaire ITS2 et le concept d'espèce biologique de E.Mayr (basé sur le flux de gènes), en se focalisant sur des variants intragénomique des ITS2.
Les auteurs ont analysés 5543 variants intragénomique de ITS2 issus de 247 échantillons correspondants à 178 espèces de plantes (Angiospermes, Gymnospermes et Fougères). Ils reprennent une étude faite antérieurement en regardant l'impact de la variabilité intragénomique sur le déterminisme du critère CBC. Les analyses statistiques sont faite à l'aide du logiciel R mais ne sont pas explicitées dans l'article.
En s'appuyant sur des résultats antérieurs (obtenus par les mêmes auteurs), cet article montre qu'il existe une forte correspondance entre les espèces décrites par le concept CBC et celles décrites par le concept d'espèces biologiques. Il rajoute aux études antérieures que cette corrélation existe malgré une grande variabilité intragénomique des ITS2, ce qui montre que ce critère est robuste. Ils concluent également en disant que ce concept ne peut être appliqué comme définition de la notion d'espèce mais qu'il peut aider à en identifier.
L'article n'explicite pas assez les méthodes utilisées.
Cet article met en avant l'existence d'une différence entre une définition d'espèce et un critère pour établir l'existence d'espèces (critère hypothétique). Il montre que les espèces recensées par le critère CBC correspondent à celles du concept biologique d'espèces ce qui en fait un bon critère. Cet article s'inscrit plutôt dans un accord avec le BSC et apporte une application du concept chez des plantes.
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