Le monde du vivant est souvent vu comme étant composé d'entités stables ayant des propriétés intrinsèques. Or, l'omniprésence des symbioses remet en question ce point de vue. Le vivant peut être alors vu comme un assemblage de différentes lignées génétiques interconnectées et qui collaborent. De manière plus radicale, les systèmes biologiques peuvent être considérés comme des processus, ce qui donnerait sens à certains phénomènes biologiques. En effet, les entités biologiques stables se sont révélés être des systèmes stabilisés uniquement par les interactions entre différents processus. Un organismes serait alors de manière large, un ensemble stable de flux de processus biologiques interconnectés.
Or, le groupe des virus a été exclu de ces discussions sur les entités biologiques. C'est pourquoi, à l'aide de cette définition cette revue veut montrer que les virus peuvent être considérés comme des processus et donc s'intègrent dans le vivant, si on considère ce dernier comme un flux de gènes interconnectés.
Les microbes (bactéries et virus) ont longtemps été perçus comme nuisibles, et ce n'est que récemment que l'on a découvert que certains d'autres eux étaient essentiels à la pérennité de certains multicellulaires. Cela a d'ailleurs mené à considérer les multicellulaires comme des holobiontes (organisme en symbiose avec d'autres organismes). En effet, ils sont utiles à notre immunité par exemple, ou bien à notre digestion. Il existe des preuves que la communauté de virus résidente fournit des services aux systèmes biologiques. Bien que les virus utilisent certaines cellules pour se reproduire et se multiplier, et engendre leur mort, cette destruction pourrait être pour le bien d'un plus vaste système dont fait partie intégrante le virus résidant. Soit les virus pourraient avoir des effets bénéfiques et stabilisants pour leur hôte.
De plus, l'ADN n'est pas emprisonné dans le noyau des cellules eucaryotes, et différents flux de gènes existent. Il y a le vertical et l'horizontal, qui est très utilisé chez les virus. Ces flux de gènes peuvent, par extension, suggérer que certaines communautés de bactéries fonctionnent sur les mêmes bases que les multicellulaires sans pour autant avoir des cellules différenciées. Ainsi par extension également, le virome peut être vu comme fonctionnant comme un vaste entrepôt de ressources génétiques. Une autre hypothèse très théorique serait que le microbiome symbiotique, qui possède la capacité de recruter des ressources génétiques dans l'environnement biotique, serait plus efficace que l'évolution pour répondre aux aléas abiotiques. Cela amène à penser que les virus sont vitaux pour leur hôte et font parties des systèmes biotiques. De plus, parler de bons ou mauvais virus n'est pas possible, et il faut plutôt aborder cela avec le concept d'association stable ou non dans le temps.
Les virus sont extrêmement diversifiés en terme de structure et de complexité, et définir des caractéristiques communes et constantes n'est pas évident. C'est pourquoi les virus devraient plus être perçus comme des processus plutôt que des choses, afin de se concentrer sur leur cycle de vie. Cela nous permettrait aussi de mieux comprendre et cerner ces derniers.

Le concept présenté dans cette review est donc de considérer les systèmes biologiques comme étant stables par le biais de collaborations et de processus biologiques. Ainsi, les activités de ces systèmes sont en fait le produit d'une combinaison de différents processus. Dans ce cadre les virus peuvent alors être inclus dans le vivant. L'idée que les systèmes biologiques soient des processus offre également une temporalité dans l'observation des différentes étapes qui le stabilisent, cela donne une idée évolutive des systèmes.
En résumé, l'idée de voir la vie comme des processus et des collaborations permettrait une meilleure compréhension des phénomènes naturels, mais cette dernière doit être encore développée et approfondie.

Cette review fait des analogies afin de mieux amener le concept et sa compréhension, mais ces dernières permettent également d'étayer le débat avec des exemples pertinents (par exemple l'analogie de l'apoptose). Un lien est fait avec un autre article de notre sélection celui de Padreu (2016). Cependant, les arguments sont beaucoup portés sur les résultats de recherches menées sur le corps humain, soit une review relativement anthropocentrée. De plus, il y a une référence à l'arbre de la vie et son concept vis-à-vis des transferts de gènes horizontaux. Des analogies à la guerre sont également faites, ce qui est assez particulier, bien que cela soit réalisé pour une meilleure compréhension.

Avant toute chose, il faut noter qu'il y a une partie consacrée et nommée "Viruses are alive ?", ce qui est clairement le sujet de la controverse. Cette review permet d'adopter un nouveau point de vue sur ce qu'est un organisme, soit sur ce qui est vivant. Elle énonce l'idée qu'il ne faut pas voir les organismes comme des substances stables, mais plutôt comme un ensemble de processus et de collaborations d'entités biologiques qui se stabilisent. Dans ce contexte les virus peuvent être considérés comme vivant, puissent qu'ils interviennent dans de nombreux processus. Il est également discuté du fait de la nature mauvaise ou bonne des virus, qui est balayé par l'idée de processus. Il ne faut donc pas se fixer sur les caractéristiques des virus mais sur l'ensemble de leur cycle de vie.

Les auteurs prennent souvent pour exemple le corps humain, peut-être pour être plus convaincants. Ils citent également relativement régulièrement Padreu et sa review, ce qui peut signifier qu'ils ont tous trois des points de vue assez convergents.

_John A. Dupré_est un philosophe des sciences qui est notamment reconnu pour son travail sur le darwinisme. Il est un important critique des programmes de recherches en biologie et en évolution, et prône un modèle pluraliste de la science, par opposition à la science réductionniste.