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Titre de la review :

"Être ou ne pas être en vie : comment les découvertes récentes remettent en cause les définitions traditionnelles de ce qu'est un virus et ce qu'est la vie."


Résumé de la review :

Des découvertes majeures ont profondément modifié notre perception des virus. Ils ont souvent été considérés comme non vivants, car ils sont souvent assimilés, avec confusion, à leurs virions, alors que le terme virus devrait intégrer tout le cycle de reproduction virale. Ainsi, pour éviter une ambiguïté entre les deux, les virus devraient être définis comme des "organismes produisant des virions". Il est d'ailleurs important de se concentrer sur la partie intracellulaire de ce cycle, la virocellule. Ce concept permettrait de manière théorique de définir un virus comme faisant partie du vivant. Cependant, définir le vivant n'est pas non plus une chose aisée, ainsi pourquoi ne pas considérer que toutes les entités biologiques participant activement aux processus de la vie font partie du vivant.

Plusieurs arguments penchent en faveur du fait que les virus sont des entités vivantes. Tout d'abord les virus utilisent les mêmes macromolécules que les organismes cellulaires pour la reproduction et l'expression de l'information génétique. Ensuite les virus se trouvent être plus abondants que les cellules, tout comme les gènes viraux. De plus, les virus, via des transferts de gènes horizontaux (HGT), participent à l'évolution cellulaire. Ainsi, face à ces arguments et les nouvelles découvertes qui remettent en question certains paradigmes, de nouveaux concepts doivent être étudiés.
À l’origine, le paradigme virus / virion n’était pas contradictoire avec l'idée que les virus sont vivants, ce n'est qu'une fois la découverte que les virus n'étaient pas des cellules que ces derniers ont été considérés comme non vivants. De plus, l'évolution rapide des gènes viraux a entraîné une divergence telle qu'ils ne peuvent plus être homologues à leurs possibles ancêtres cellulaires. Mais cela montre que l'émergence de nouveaux gènes viraux constitue un réservoir énorme en terme de diversité génétique. Cependant, bien que les virus soient intéressants pour l'étude de processus évolutifs, ils ne sont pas encore reconnus comme acteurs majeurs de l'histoire de la vie, bien qu'ils permettent l'introduction de nouveaux gènes dans le génome cellulaire, et que les infections forcent l'invention de nouveaux mécanismes de défense. Ainsi, assez récemment de plus en plus de biologistes leurs reconnaissent un rôle majeur en tant qu'acteurs de l'évolution.
La théorie dominante sur l'origine virale est que les virus proviennent de gènes qui se sont échappés des chromosomes cellulaires. Certains suggèrent qu'ils n'existent pas de lignées virales ancestrales, et que les caractères homologues résultent d'une évolution convergente. Mais des preuves permettent d'infirmer cette théorie, et démontre à quel point certains paradigmes sont difficiles à faire changer. Plusieurs scénarios sont d'ailleurs vivement débattus par la communauté scientifique, et les nouvelles découvertes relancent de plus bel ce débat qui dure déjà depuis des décennies.

Ici, l'auteur propose un concept celui de virocellule, qui repose sur l'expression des gènes lors de l'infection d'une cellule aboutissant à l'autonomie du virus grâce à la machinerie cellulaire. Ce concept complète la définition d'un virus comme étant un "organisme produisant des virions", car un organisme est constitué de cellule (Lwoff, 1966). La virocellule permet de réfuter l'argument selon lequel les virus manquent d'activités métaboliques inhérentes, et dans ce cadre là les virus peuvent être considérés comme des entités vivantes, car ils possèderaient des activités génétiques et métaboliques. Cependant, le terme virocellule n'est pas l'équivalent du terme cellule infectée. Il faut également faire la distinction entre ribocellule et virocellule, selon l'auteur, car il semble difficile de concevoir le fait que les virus évoluent par les cellules. Et enfin, il est donc impossible de définir une frontière entre entités biologiques vivantes et non vivantes sur la base de caractéristiques quantitatives ou qualitatives.

Rigueur de la review :

Cette review met en avant la conceptualisation anthropique des choses et également comment le savoir se construit et combien il peut être difficile de briser des paradigmes malgré des découvertes majeures qui poussent à des redéfintions. Plusieurs points de vue sont montrés, ainsi que plusieurs théories ou hypothèses, mais l'auteur exprime clairement son point de vue. Beaucoup de concepts, de théories et d'hypothèses sont mis en avant dans cette review et montre qu'elle est assez riche.

Ce que cette review apporte au débat :

Cette review permet de replacer les virus dans un contexte actuel avec des découvertes récentes qui poussent à redéfinir les anciens paradigmes. Selon le concept de virocellule, les virus seraient inclus dans le domaine du vivant. Les nouvelles découvertes peuvent pousser à changer de paradigme sur ces entités biologiques dont le rôle dans l'évolution cellulaire est de plus en plus reconnu.

Remarques sur la review :

Le tableau récapitulatif en fin de review est vraiment simple à comprendre et résume parfaitement, c'est vraiment un bon outil mis en place par l'auteur pour que des non-spécialistes puissent suivre. Le fait de faire de nombreuses sous-parties est également un bon point pour la compréhension. La boîte à définition est également un super outil.
Cependant, bien que l'auteur se soit entouré de plusieurs de ses confrères pour écrire son papier (noté au niveau des remerciements), ce dernier se cite à de nombreuses reprises (environ 16 références). Cela peut signifier qu'il est fortement impliqué dans le débat, ce qui peut être d'ailleurs conforter par le fait qu'il a reçu des commentaires négatifs sur ses travaux (comme énoncé dans le corps texte). Cela montre que le débat est très fort, et que deux partis existent bien qu'il y ait des subtilités dans les différents points de vue. L'auteur ne cache pas non plus son opinion, ce qui est peut-être un signe de transparence.

Publiée il y a plus de 7 ans par M. Gimenez.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.