Les mammifères placentaires comprennent trois clades principaux : Afrotheria (éléphants, tenrecs), Xenarthra (paresseux et tatous) et Boreoeutheria (tous les autres). Le lien entre les trois est le sujet d’une grande controverse, et un outil pour discuter des limites des inférences phylogénétiques. Des analyses précédentes ont soutenu les trois différentes hypothèses de connexions entre ces clades, menant certains à conclure sur l’impossibilité de résoudre les liens entre ces groupes, à cause du tri incomplet des lignées, et d’une radiation rapide. Les auteurs se proposent de reconstituer les liens entre les mammifères placentaires, avec beaucoup d'attention pour le modèle évolutif s'ajustant le mieux aux données. Pour cela, ils se basent sur l’analyse phylogénétique de séquences codantes, non-codantes, et de trois des plus volumineux jeux de données d'études précédentes.

Ils ont fait des analyses phylogénétiques par superalignement de séquences pour 2 jeux de données de nucléotides et trois jeux de données d‘acides aminés tirés d’études d’autres chercheurs, afin de comparer les résultats. Pour les nucléotides, ils ont testé deux modèles d’ajustement aux données, le GTR+G (modèle de composition site-homogène) et le plus complexe CAT-GTR+G (modèle de composition site-hétérogène). Pour les autres jeux de données, ils ont comparé l’ajustement des modèles utilisés par les auteurs à celui du CAT-GTR+G. Les analyses ont été menées grâce à Phylobayes. L’investigation de gènes individuels, ou de groupes de gènes individuels, a permis d’évaluer le degré de corroboration des topologies de cladogrammes (Afrotheria, Xenarthra ou Boreoeutheria comme groupe troncal par rapport au reste). Une analyse d’horloge moléculaire a été basée sur le super-alignement de nucléotides, avec des mises à jour dans les calibrations, grâce aux découvertes de nouveaux fossiles.

Les modèles GTR+G et CAT-GTR+G (après modification des données pour n’inclure que les sites informatifs) sur les sets de données nucléotidiques ont tous deux permis de reconstituer la même topologie avec 100% de soutien pour Atlantogenata comme groupe troncal du reste des placentaires (Boreoeutheria).
Plutôt qu’une radiation rapide ou un tri incomplet des lignées, le degré de corroboration similaire des différentes topologies par analyse des gènes individuels semble montrer que le signal phylogénétique de ces alignements de gènes seuls est trop faible.
Pour les trois autres jeux de données, le modèle CAT-GTR+G obtient un meilleur score d’ajustement par rapport aux modèles des autres chercheurs, permettant de pencher en faveur d’Atlantogenata comme groupe troncal.
L’estimation des moments de divergence entre les différents clades montre une origine des mammifères placentaires au cours du Crétacé, et une diversification qui s’étend entre 76 et 51 Ma, donc chevauchant la limite du K-Pg.

Ils testent le degré de corroboration des noeuds en fonction de gènes individuels. Ce n'est pas particulièrement utile pour répondre à la question de notre controverse, mais cela permet de montrer l'importance de reconstruire des phylogénies à base de très nombreux caractères.

L’article montre que les discordances dans les résultats des études précédentes sont dues à des modèles évolutifs avec faible ajustement aux données. Il corrobore la topologie qui place Atlantogenata (Afrotheria + Xenarthra) comme groupe sœur de Boreoeutheria (tous les autres placentaires). Il indique une origine des placentaires post-datant l’ouverture de l’océan Atlantique, favorisant l’hypothèse de dispersion plutôt que de vicariance comme mécanisme responsable de la biogéographie des mammifères placentaires. Et il estime la diversification des placentaires comme chevauchant la crise de la fin du Crétacé.