Une échelle temporelle est nécessaire pour estimer les vitesses de changements moléculaires et morphologiques des organismes et interpréter les schémas de macro-évolution et de biogéographie. Pour les fossiles, cette échelle est évaluée par les plus premiers représentants de deux lignées qui établissent un moment minimal de divergence entre ces deux lignées. L'accumulation de différences dans la séquence de certains gènes est une autre méthode qui peut être utilisée. L'utilisation d'un unique gène génère des erreurs statistiques très grandes mais de multiples gènes peuvent être étudiés pour obtenir une estimation plus fiable de la date de divergence.

658 gènes, représentants 207 espèces de vertébrés ont été utilisés pour estimer les temps de divergence. Une majorité des séquences étudiées proviennent de mammifères.
Deux méthodes sont utilisées pour calculer la date de divergence entre deux groupes A1 et A2 appartenant au groupe parent A, sachant que les groupes A et B ont divergé au moment T (en Ma). La première méthode (méthode de la distance moyenne) repose sur le nombre de substitutions par sites entre les séquences i et j, divisé par deux fois la vitesse d'évolution moléculaire des groupes A et B. La seconde méthode (méthode de la lignée spécifique) repose sur t étant la longueur d'une des deux lignées avec une estimation de la longueur de la lignée A et A1 par la méthode des moindres carrés.

Les dates de première apparition des majeures lignées de vertébrés au Paléozoïque et début du Mésozoïque sont proches de celles calculées en se basant sur les enregistrements fossiles. Cependant, ce n'est pas le cas pour les ordres des mammifères. En effet, au moins cinq lignés majeurs (Edentata, Hystricognathi, Sciurognathi,
aenungulata, Archonta et Ferungulata) semblent être apparues au début du Crétacé, soit il y a plus de 100 Ma, et la plupart des ordres des mammifères auraient subi une radiation au cours du Crétacé, avant la crise C/T. Etant donné que les fossiles et dates moléculaires des ordres plus anciens (datant du Paléozoïque) et plus récents (datant du Cénozoïque) sont très proches, l'étude estime qu'il est peu probable que les différences entre enregistrements fossiles du Mésozoïque et dates moléculaires soient dues à une surestimation des dates moléculaires.

Cet article soutient la théorie Short Fuse, selon laquelle les mammifères placentaires seraient apparus au cours du Crétacé et que la radiation de cet ordre ait eu lieu avant la crise C/T.