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Drapeaux rouges phylogénomiques: erreurs d'homologie et lignées de zombies dans la diversification évolutive des mammifères placentaires
Résumé de la review :
L'arbre de coalescence proposé par l'étude de Liu et al. (2017) présente un certain nombre de drapeaux rouges qui suggèrent des problèmes cachés.
Trois des taxons généralement validés (Odontoceti, Lemuriformes et Afrosoricada) utilisés pour l'arbre basé sur la méthode STAR sont contredit dans cet article. Pour le taxon Odontoceti, une discordance sur plus de 4 000 loci a été trouvé alors que d'autres études ont trouvé 12 transposons sans homoplasie permettant de confirmer l'existence de ce taxon.
De plus, la datation de 12 nodes (Paenungulata, Anthropoidea, Caniformia) de l'arbre préféré par l'étude présente une divergence moléculaire postérieure à l'âge des fossiles. Par exemple, l'étude propose une diversification des baleines de Minke et des cachalots datant de 2.9 Ma, ce qui est d'un ordre de grandeur inférieur à la divergence datant de 36.4 Ma basé sur le plus ancien mysticète Mystacodon. En effet, 122 espèces éteintes de baleines sont décrites comme appartenant à des strates plus anciennes que 2.9 Ma et 30 taxons ont un âge supérieur à 23 Ma. L'explication d'un "manque de fiabilité des enregistrements fossiles" est donc déraisonnable pour cette divergence récente. De nombreuses lignés zombies tirent les dates de divergence vers le présent tandis que l'utilisation d'un échantillonnage plus approfondi des calibrages de fossiles et l'imposition d'une limite rigide peut compenser ces distorsions. Cependant, ces tactiques n'ont pas été utilisées.
Enfin, il semblerait que l'alignement des gènes présente des erreurs d'homologies (paralogie, alignement d'exons avec des introns, différents exons alignés ensembles) dans chacun des 50 premières séquences vérifiées dans cette étude. Cela résulte en des branches artificiellement longues, des clades artificiels ou les deux. Ainsi, l'arbre proposé montre un clade aberrant composé du cachalot, du dauphin de rivière et de la baleine de Minke qui résulte de l'alignement entre l'intron 6 d'un taxon avec les exons 5 et 6 des autres taxons. Liu et al. a utilisé une approche de partitionnement des gènes en quintiles afin d'obtenir de meilleurs estimations de la date de divergence et des schémas de diversification mais des violations de l'horloge génétique sont mélangés avec de longues branches et des erreurs d'homologies. Par exemple, la branche du gorille pour le gène ETV1 est 149 fois plus longue que la branche humaine, ce qui est du à un alignement entre séquence non codante et séquence codante pour une protéine.
Ce que cette review apporte au débat :
Cette review ne remet pas en cause la théorie soutenue par l'étude de Liu et al. (2017) mais souligne des problèmes de méthode.
Publiée il y a plus de 7 ans
par
A. Stahl.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.
Drapeaux rouges phylogénomiques: erreurs d'homologie et lignées de zombies dans la diversification évolutive des mammifères placentaires
Résumé de la review :
L'arbre de coalescence proposé par l'étude de Liu et al. (2017) présente un certain nombre de drapeaux rouges qui suggèrent des problèmes cachés.
Trois des taxons généralement validés (Odontoceti, Lemuriformes et Afrosoricada) utilisés pour l'arbre basé sur la méthode STAR sont contredit dans cet article. Pour le taxon Odontoceti, une discordance sur plus de 4 000 loci a été trouvé alors que d'autres études ont trouvé 12 transposons sans homoplasie permettant de confirmer l'existence de ce taxon.
De plus, la datation de 12 nodes (Paenungulata, Anthropoidea, Caniformia) de l'arbre préféré par l'étude présente une divergence moléculaire postérieure à l'âge des fossiles. Par exemple, l'étude propose une diversification des baleines de Minke et des cachalots datant de 2.9 Ma, ce qui est d'un ordre de grandeur inférieur à la divergence datant de 36.4 Ma basé sur le plus ancien mysticète Mystacodon. En effet, 122 espèces éteintes de baleines sont décrites comme appartenant à des strates plus anciennes que 2.9 Ma et 30 taxons ont un âge supérieur à 23 Ma. L'explication d'un "manque de fiabilité des enregistrements fossiles" est donc déraisonnable pour cette divergence récente. De nombreuses lignés zombies tirent les dates de divergence vers le présent tandis que l'utilisation d'un échantillonnage plus approfondi des calibrages de fossiles et l'imposition d'une limite rigide peut compenser ces distorsions. Cependant, ces tactiques n'ont pas été utilisées.
Enfin, il semblerait que l'alignement des gènes présente des erreurs d'homologies (paralogie, alignement d'exons avec des introns, différents exons alignés ensembles) dans chacun des 50 premières séquences vérifiées dans cette étude. Cela résulte en des branches artificiellement longues, des clades artificiels ou les deux. Ainsi, l'arbre proposé montre un clade aberrant composé du cachalot, du dauphin de rivière et de la baleine de Minke qui résulte de l'alignement entre l'intron 6 d'un taxon avec les exons 5 et 6 des autres taxons. Liu et al. a utilisé une approche de partitionnement des gènes en quintiles afin d'obtenir de meilleurs estimations de la date de divergence et des schémas de diversification mais des violations de l'horloge génétique sont mélangés avec de longues branches et des erreurs d'homologies. Par exemple, la branche du gorille pour le gène ETV1 est 149 fois plus longue que la branche humaine, ce qui est du à un alignement entre séquence non codante et séquence codante pour une protéine.
Cette review ne remet pas en cause la théorie soutenue par l'étude de Liu et al. (2017) mais souligne des problèmes de méthode.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.