Tandis que les serpents et les varanidés actuels sont largement séparés dans la nouvelle phylogénie moléculaire établie par Vidal & Hedges, 2004 (Molecular evidence for a terrestrial origin of snakes), les lézards marins du Crétacé tels que les mosasaures et les dolichosaures pourraient soit être regroupés avec les varanidés actuels (comme suggérés par Vidal & Hedges), soit avec les serpents. Cependant, ces lézards marins possèdent des traits indiquant qu’ils ne sont pas relativement proches des varanidés actuels (Caldwell, 1997). Les récentes phylogénies indiquent aussi que les caractères dérivés partagés entre lézards marins et varanidés devraient aussi être présents chez les serpents. Lézards marins et serpents devraient également partager des synapomorphies supplémentaires. Si la nouvelle phylogénie moléculaire est acceptée, les lézards marins pourraient être attendus comme étant regroupés plus solidement avec les serpents qu’avec les varanidés. Cette possibilité est investiguée ici.

Vidal & Hedges ont démontré à l'aide des données moléculaires que les varans actuels et les serpents ont seulement une parenté lointaine. Selon eux, puisque les lézards marins doivent être reliés aux varans, ils ne peuvent pas l'être aux serpents. Cependant, l’évaluation des données morphologiques suggèrent ici qu'ils sont bel et bien regroupés avec les serpents. Donc, tandis que les données moléculaires indiquent des relations distantes entre les varans actuels et les serpents, ces résultats ne réfutent pas les affinités entre les mosasaures et les serpents.
Les données moléculaires de Vidal & Hedges SEULES réfutent l’hypothèse de relations entre les serpents et les lézards marins, MAIS ce n'est pas le cas si les données morphologiques y sont combinées.
Dans une analyse combinée, le signal morphologique prévaut sur le signal moléculaire. Le signal moléculaire de Vidal était basé sur moins de 1000 pdb de données, ce qui est relativement faible pour les larges sections de l’arbre.

L’homoplasie pourrait affecter le modèle de potentielles synapomorphies entre lézards marins et serpents. Certains caractères utilisés dans la base de données morphologiques sont contentieux/controversés.

La théorie terrestre fouisseuse était basée sur la structure inhabituelle de l’œil des serpents et supportée par la position primitive des serpents aveugles fossiles parmi les serpents actuels. Cependant, les similarités entre les serpents et les lézards marins comme les Mosasauridae ou les Dolichosauridae du Crétacé amènent à suggérer qu’ils avaient des ancêtres marins : théorie supportée par des analyses phylogénétiques montrant que les lézards marins sont les plus proches parents des serpents et par la description de serpents marins fossiles avec des membres.
Si une approche combinée est adoptée, il y a un besoin significatif d’avoir plus de données moléculaires pour solidement renverser les résultats morphologiques. Tout ceci montre la nécessité d’incorporer des fossiles dans les analyses phylogénétiques.
Les lézards marins sont toujours regroupés robustement avec les serpents face à la nouvelle donnée moléculaire, ce qui est cohérent avec une origine aquatique des serpents.