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Analyse comparative des patrons de diversification des mammifères
Introduction à l'article :
Une des questions qui reste encore essentielle à résoudre est celle de la raison derrière l’extrême hétérogénéité des niveaux de biodiversité des différents groupes d’organismes. Il est clair que les différences de taux d’évolution des taxons sont en lien avec des différences dans les opportunités écologiques. Néanmoins, l’identification des patrons de diversification est essentielle pour une meilleure compréhension. Le groupe des mammifères étant très diversifié, et l’un des meilleurs exemples de radiation, les chercheurs ont choisi d’étudier les patrons de diversification et le timing des différents évènements au sein de ce groupe, grâce à une méthode phylogénétique comparative.
Expériences de l'article :
Ils utilisent la matrice de caractères moléculaires de l’étude de Meredith et al. (2011), qui regroupe 94% de toutes les familles de mammifères, et contient plus de 35 000 paires de bases, regroupés dans 21 gènes et 5 UTR (régions non codantes). Une phylogénie est générée par maximum de vraisemblance, grâce à RAxML, avec 500 réplicas bootstrap. Deux hypothèses d’horloge moléculaire relaxée sont investiguées : l’approche bayésienne de Meredith et al, et une approche de vraisemblance avec pénalités, avec des contraintes fossiles. L’approche MEDUSA permet ensuire de comparer l’ajustement de modèles avec différents taux d’évolution selon un processus de mort-vie (« Birth – Death model » ou BD), pour les différentes phylogénies générées.
Résultats de l'article :
Leurs résultats mettent en évidence de fortes différences dans les taux de diversification entre les différents ordres mammaliens. Concernant le débat de la diversification des placentaires, ils estiment l’origine de ce groupe dans le Crétacé, avec une diversification des différents ordres pendant cette période. Ils mettent en lien la révolution terrestre du Crétacé avec la diversification initiale du clade. Ils placent, comme l’étude de Meredith et al., la diversification au sein des différents ordres comme ayant eu lieu après la crise du Crétacé-Paléogène. Ils insistent sur le rôle majeur de la géographie, et de la dispersion des espèces pour le façonnement de la biodiversité.
Ce que cet article apporte au débat :
Il penche en faveur du modèle « Long Fuse », comme l’étude de Meredith et al., ce qui est logique puisque les mêmes données sont utilisées.
Publiée il y a plus de 7 ans
par
I. Voet et A. Stahl.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.
Analyse comparative des patrons de diversification des mammifères
Introduction à l'article :
Une des questions qui reste encore essentielle à résoudre est celle de la raison derrière l’extrême hétérogénéité des niveaux de biodiversité des différents groupes d’organismes. Il est clair que les différences de taux d’évolution des taxons sont en lien avec des différences dans les opportunités écologiques. Néanmoins, l’identification des patrons de diversification est essentielle pour une meilleure compréhension. Le groupe des mammifères étant très diversifié, et l’un des meilleurs exemples de radiation, les chercheurs ont choisi d’étudier les patrons de diversification et le timing des différents évènements au sein de ce groupe, grâce à une méthode phylogénétique comparative.
Ils utilisent la matrice de caractères moléculaires de l’étude de Meredith et al. (2011), qui regroupe 94% de toutes les familles de mammifères, et contient plus de 35 000 paires de bases, regroupés dans 21 gènes et 5 UTR (régions non codantes). Une phylogénie est générée par maximum de vraisemblance, grâce à RAxML, avec 500 réplicas bootstrap. Deux hypothèses d’horloge moléculaire relaxée sont investiguées : l’approche bayésienne de Meredith et al, et une approche de vraisemblance avec pénalités, avec des contraintes fossiles. L’approche MEDUSA permet ensuire de comparer l’ajustement de modèles avec différents taux d’évolution selon un processus de mort-vie (« Birth – Death model » ou BD), pour les différentes phylogénies générées.
Leurs résultats mettent en évidence de fortes différences dans les taux de diversification entre les différents ordres mammaliens. Concernant le débat de la diversification des placentaires, ils estiment l’origine de ce groupe dans le Crétacé, avec une diversification des différents ordres pendant cette période. Ils mettent en lien la révolution terrestre du Crétacé avec la diversification initiale du clade. Ils placent, comme l’étude de Meredith et al., la diversification au sein des différents ordres comme ayant eu lieu après la crise du Crétacé-Paléogène. Ils insistent sur le rôle majeur de la géographie, et de la dispersion des espèces pour le façonnement de la biodiversité.
Il penche en faveur du modèle « Long Fuse », comme l’étude de Meredith et al., ce qui est logique puisque les mêmes données sont utilisées.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.