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La consanguinité et la sélection conditionnent la diversité génomique dans les populations en captivité : Implications pour la conservation des espèces menacées
Introduction à l'article :
Le maintien de la diversité génétique et génomique est le but des programmes d'élevages en captivité, jusqu'au relâchement de population dans la nature. Les populations en captivité sont petites : la dérive et la consanguinité peuvent augmenter et avoir une influence négative sur la fitness, ce qui peut être une grande difficulté lors de la réintroduction. De plus, la captivité implique un relâchement de la sélection naturelle et donc cela peut permettre l'accumulation et la fixation d'allèles délétères dans la population.
La baisse de la diversité génétique est souvent reliée à une baisse de la fitness (corrélation diversité-fitness), ainsi le meilleur scénario serait de garder l'intégralité de la diversité.
L'étude propose donc de mesurer la diversité génétique chez des populations captives de souris à pattes blanches sous trois protocoles de reproduction différents.
Expériences de l'article :
Les colonies en captivité ont été fondées par les descendants de 20 souris initiales. A chaque génération 20 couples de souris sont choisis à chaque génération, selon 3 protocoles de reproductions différents (typiques des programmes de reproductions dans les zoos).
Les génotypes de 15 individus par populations ont été séquencés, à la sixième, douzième et dix-neuvième générations. Les SNPs ont été ensuite choisis, pour rendre compte de la diversité génotypique il a été vérifié qu'ils étaient bien indépendants les uns des autres. Ils ont également été séparés en deux groupes : ceux sous sélections, et ceux à sélection neutre. Cela a été comparé à la diversité génétique d'une population sauvage.
La relation entre la fitness et la diversité génétique à également été examinée.
Résultats de l'article :
L'étude a montré qu'il n'y a pas de différence significative entre la diversité génétique des populations issus des différents protocoles de reproduction (les trois étant prévues pour éviter la consanguinité, avec des méthodes différentes).
De plus, il y a une grande différence au niveau de la sélection à l'état sauvage et en captivité (grande différence entre les micro-satellites).
Rigueur de l'article :
Le plus gros problème de l'article est qu'il ne présente pas son protocole clairement dans la partie matériel et méthode. Cela rend l'analyse des figures compliqués, et nous sommes obligés de nous reporter au matériel supplémentaire. Cependant, la méthodologie est rigoureuse et répond à un problème intéressant.
Ce que cet article apporte au débat :
L'aspect génétique de l'élevage en captivité est très important. Le risque de dérive génétique n'est pas spécifique à la captivité (le même phénomène peut se produire en relâchant des individus sauvages prélevés à d'autres endroits), mais l'article va au delà de cet aspect.
La captivité influence la sélection, car les reproductions ne se font plus de la même façon que dans la nature. Etant donné la proximité des résultats entre les différents protocoles, il est probable que nous n'ayons pas encore trouvé une façon d'imiter la nature de ce côté-là.
Difficile de savoir quel sera l'impact de la perte de diversité génétique si l'on relâche ces individus dans la nature. La fitness est certes corrélée avec la diversité génétique, cependant étant donné tous les facteurs pouvant jouer (prédation, comportement, adaptation à la nourriture à l'état sauvage), l'impact de la génétique sera peut-être minimes.
Publiée il y a plus de 7 ans
par
I. Prigent.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.
La consanguinité et la sélection conditionnent la diversité génomique dans les populations en captivité : Implications pour la conservation des espèces menacées
Introduction à l'article :
Le maintien de la diversité génétique et génomique est le but des programmes d'élevages en captivité, jusqu'au relâchement de population dans la nature. Les populations en captivité sont petites : la dérive et la consanguinité peuvent augmenter et avoir une influence négative sur la fitness, ce qui peut être une grande difficulté lors de la réintroduction. De plus, la captivité implique un relâchement de la sélection naturelle et donc cela peut permettre l'accumulation et la fixation d'allèles délétères dans la population.
La baisse de la diversité génétique est souvent reliée à une baisse de la fitness (corrélation diversité-fitness), ainsi le meilleur scénario serait de garder l'intégralité de la diversité.
L'étude propose donc de mesurer la diversité génétique chez des populations captives de souris à pattes blanches sous trois protocoles de reproduction différents.
Les colonies en captivité ont été fondées par les descendants de 20 souris initiales. A chaque génération 20 couples de souris sont choisis à chaque génération, selon 3 protocoles de reproductions différents (typiques des programmes de reproductions dans les zoos).
Les génotypes de 15 individus par populations ont été séquencés, à la sixième, douzième et dix-neuvième générations. Les SNPs ont été ensuite choisis, pour rendre compte de la diversité génotypique il a été vérifié qu'ils étaient bien indépendants les uns des autres. Ils ont également été séparés en deux groupes : ceux sous sélections, et ceux à sélection neutre. Cela a été comparé à la diversité génétique d'une population sauvage.
La relation entre la fitness et la diversité génétique à également été examinée.
L'étude a montré qu'il n'y a pas de différence significative entre la diversité génétique des populations issus des différents protocoles de reproduction (les trois étant prévues pour éviter la consanguinité, avec des méthodes différentes).
De plus, il y a une grande différence au niveau de la sélection à l'état sauvage et en captivité (grande différence entre les micro-satellites).
Le plus gros problème de l'article est qu'il ne présente pas son protocole clairement dans la partie matériel et méthode. Cela rend l'analyse des figures compliqués, et nous sommes obligés de nous reporter au matériel supplémentaire. Cependant, la méthodologie est rigoureuse et répond à un problème intéressant.
L'aspect génétique de l'élevage en captivité est très important. Le risque de dérive génétique n'est pas spécifique à la captivité (le même phénomène peut se produire en relâchant des individus sauvages prélevés à d'autres endroits), mais l'article va au delà de cet aspect.
La captivité influence la sélection, car les reproductions ne se font plus de la même façon que dans la nature. Etant donné la proximité des résultats entre les différents protocoles, il est probable que nous n'ayons pas encore trouvé une façon d'imiter la nature de ce côté-là.
Difficile de savoir quel sera l'impact de la perte de diversité génétique si l'on relâche ces individus dans la nature. La fitness est certes corrélée avec la diversité génétique, cependant étant donné tous les facteurs pouvant jouer (prédation, comportement, adaptation à la nourriture à l'état sauvage), l'impact de la génétique sera peut-être minimes.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.