La classe des mammifères est divisée en deux sous-classes: Prototheria, qui contient les monotrèmes pondant des oeufs, et Theria qui regroupe les placentaires et les marsupiaux.
En 1945, G.G. Simpson publie une classification des mammifères qui est, au cours des années 1990, remise en question de part la découverte de nouveaux fossiles et des analyses phylogénétiques. De nombreuses théories portant sur la phylogénie des mammifères placentaires ont été émises mais ont par la suite été rejetées en raison de mauvais échantillonnages des taxons et donc de mauvais placements des branches.
A partir de l'an 2000, les premières analyses moléculaires à grande échelle sont publiées. Elles sont basées sur des marqueurs nucléaires et mitochondriales et supportent l'existence de quatre super clades chez les mammifères placentaires, encore reconnus aujourd'hui: Afrotheria, Xenarthra, Euarchontoglires et Laurasiatheria (Placental mammal diversification and the Cretaceous-Tertiary boundary). Cependant, leur ordre de branchement à la base de la branche des placentaires est encore débattu. Suite au séquençage du génome humain, plusieurs études ont vu jour, portant sur la position de certains groupes de placentaires et la racine du clade. Cependant, la majorité des études met en évidence des résultats incongrus qui résultent de différentes analyses phylogénomiques de même bases de données. Plus récemment, deux méthodes sont majoritairement utilisées mais n'ont pas encore été totalement explorées: la coalescence et la super-matrice.
Enfin, la datation de l'origine et de la diversification des mammifères placentaires est un sujet très controversé. Son cœur repose sur les datations des radiations inter et intra ordinales en relation avec la crise C/T. Trois modèles sont également supportés: le modèle explosif (The placental mammal ancestor and the post-K-Pg radiation of placentals), le modèle Short Fuse (The delayed rise of present-day mammals.) et le modèle Long Fuse (Impacts of the Cretaceous Terrestrial Revolution and KPg Extinction on Mammal Diversification, Phylogenomic datasets provide both precision and accuracy in estimating the timescale of placental mammal phylogeny, The interrelationships of placental mammals and the limits of phylogenetic inference ). Ces deux derniers suggèrent qu'il devrait y avoir des placentaires du Crétacé issus du groupe couronne mais les études portant sur l'analyse parcimonieuse de la morphologie placent la totalité des taxons du Crétacé à l'extérieur du groupe couronne, en se basant sur (i) des imprécisions pour les dates reconstruites de divergence basés sur les données moléculaires, (ii) des enregistrements fossiles incomplets et une facilité plus grande de proposer des lignées fantômes que des vitesses d'évolution moléculaire équivalentes à celles des virus, et (iii) les analyses parcimonieuses de la morphologie plaçant les euthériens du Crétacé à l'extérieur du groupe couronne sont peu fiables en raison de la convergence des caractères morphologiques qui pourraient générer des glissement de taxons fossiles. En effet, en prenant comme exemple l'étude The placental mammal ancestor and the post-K-Pg radiation of placentals, les âges des nœuds pour les divergences inter-ordinales sont inférieurs aux âges réels car les enregistrements fossiles sont incomplets. En plaçant le plus récent ancêtre commun aux placentaires vers -66Ma, cela impliquerait au moins 10 divergences inter-ordinales dans les 200 000 ans suivant la crise C/T, nécessitant une vitesse d'évolution moléculaire 60 fois supérieure à celles des autres placentaires. En excluant les taxons ayant de grandes tailles de corps et des longues espérances de vie, on obtient le modèle Long Fuse (Placental mammal diversification and the Cretaceous-Tertiary boundary).

Cette review regarde les récents consensus et conflits existants dans les études portant sur la phylogénie des mammifères et les raisons des conflits encore existants. Elle s'intéresse également à la question de si l'arbre de vie des mammifères est ou peut être résolu.
Pour les mammifères placentaires, qui est le sujet de la controverse ici étudiée, ...