La "désextinction" permet de restaurer des caractères, processus et fonctions perdus de certains écosystèmes en ressuscitant des espèces éteintes grâce à des techniques comme l’édition du génome. Il existe une réelle complexité des réseaux écologiques et il semble difficile de prédire l’ensemble des effets et conséquences potentiels liés à la "désextinction " d'espèces dans des écosystèmes. Par exemple, les écosystèmes modernes fourniront-ils un habitat et des ressources alimentaires appropriées aux espèces ressuscitées ? Les traits ressuscités auront-ils les mêmes fonctions qu'auparavant ? Quelles sont les interactions écologiques essentielles au maintien d’une population saine et stable d’une espèce ressuscitée ? Peuvent-elles affecter d’autres espèces ou taxons ? Pour les espèces préhistoriques, cet article va tenter d'apporter des réponses grâce à la paléoécologie en fournissant des informations sur l’écologie et en évaluant le potentiel de restauration des réseaux écologiques.

Analyse des exigences liées à l’habitat :
1) Localisation physique des vestiges fossiles
2) Datation radiométrique (grâce au radiocarbone)
3) Analyse des carottes locales de sédiments ou de sédiments recouvrant des restes fossiles
4) Analyse du pollen déposé dans les sédiments
5) Extraction d’ADN de plantes fossiles
6) Analyse des restes fossiles (os, plumes, fourrure, peau, dents/tartre dentaire)
7) Analyse des coprolithes (excréments fossiles)

Analyse de l’ensemble des informations liées au régime alimentaire :
1) Analyse des isotopes alimentaires stables des os, des dents, de la coquille d’oeuf, des plumes
2) Analyse par microparticules des dents de mammifères disparus
3) Analyse de la mécanique crânienne
4) Analyse du contenu gastro-intestinal/coprolithe

Etude des communautés parasites :
1) Etude du contenu intestinal/coprolithe (oeuf, larve, ADN)

Analyse du rôle du microbiote :
1) Séquençage du microbiome intestinal du mammouth (Mammuthus primigenius) à partir de contenus intestinaux conservés

Analyses des exigences liées à l’habitat :
1) renseigne sur les conditions environnementales (type d'abri, reproduction) de l’espèce
2) 3) 4) corrélation des restes fossiles avec la végétation (sableux, organique, anoxique), le climat (glaciaire) et l’habitat anciens
5) permet l’identification de taxons à l'époque
6) 7) permet la reconstruction de l'environnement, de l'habitat, de l'alimentation de l'espèce éteinte

Analyses des informations liées au régime alimentaire :
1) fourni des détails sur le rang d'une espèce dans la chaîne alimentaire
2) 3) 4) permet de comprendre et quantifier les proportions consommées par les espèces disparues (risques de sur/sous-représentation, consommation accidentelle, variation selon la saison, zone géographique)

Analyse liées aux communautés parasitaires :
1) renseigne sur la diversité des parasites de l'espèce disparue

Analyse liées au microbiote :
1) renseigne sur la diversité et le rôle probable (santé, physiologie, métabolisme, nutrition, immunité) des microorganismes

Cet article nous renseigne sur les exigences liées à l’habitat, au régime alimentaire, au microbiote et aux parasites nécessaires pour le maintien d’une population stable et saine d’une espèce ressuscitée.
Il reste néanmoins de nombreuses incertitudes. Tout d'abord, sur la capacité à rassembler les données impliquant toutes les interactions potentielles entre les individus et leur environnement. L'impact de la réintroduction de l'espèce dans un écosystème actuel est lui aussi difficilement quantifiable. L'échec ou l'impossibilité du transfert des parasites, et plus globalement du microbiote pour l'espèce ressuscitée doit être pris en compte, bien que l'édition génomique peut être une solution. Enfin, les interactions (structure sociale, comportement) conservées ou perdues entre les individus peuvent jouer un rôle dans le fonctionnement de l'écosystème, et sont difficiles à prévoir.
Des données complémentaires sont nécessaires afin de démontrer la fonctionnalité des espèces ressuscitées.

Les auteurs offrent de nouveaux champs d'investigation à explorer concernant l'étude des microbiotes et des communautés parasitaires. Les auteurs sont conscients des différentes limites liées à une méconnaissance dans ces deux domaines (espèce ressuscitée pouvant probablement pas s'adapter ou survivre à cause d'un microbiote instable, difficultés probables de reconstruction intégrale d'un microbiote, difficultés liées à la détermination de parasites endogènes ou dérivées d'une proie ...). Une autre référence de cette controverse traite de cela Parasites Lost: Neglecting a Crucial Element in De-Extinction. De plus, ils mettent en évidence que sur de longues périodes, les conditions environnementales peuvent avoir changées et qu'il est nécessaire d’inférer des conclusions avec précaution. Ils soulèvent également le problème que dans certains cas, l’ADN des plantes n’est pas bien conservé et se dégrade rapidement, notamment dans les régions tropicales (activité microbienne élevée).