La plupart des points de vue reflète des caractéristiques distinctes et importante des virus : Ils associent des fonctions inanimées (manque d’autonomie, existence d’un état inerte) et animées (reproduction et évolution).
La question « les virus sont-ils vivant ? » dépend donc de la définition de la vie ou de « l’état d’être en vie ».
Or il n’existe pas de définitions généralement acceptées de la vie, car la frontière entre entité vivante et non-vivante n’existe pas. En revanche, le statut des virus parmi les entités biologiques est facilement défini dans le paradigme du réplicateur.

La vie semble centrée autour des acides nucléiques (ADN et ARN). Ils sont particulièrement bien adaptés à la réplication notamment de part leur structure. Des unités de réplications distinctes, partiellement autonomes, appelés réplicateurs par Dawkins qui propose le concept qui est utilisé pour modéliser l’évolution à différents niveaux. Le concept de génome est semblable au concept de réplicateur dans une certaine mesure car le génome est la totalité des séquences d’acides nucléiques associés de façon stable à un réplicateur.

L’autonomie de réplication est le caractère clé qui fait de chaque réplicateur une unité d’évolution distincte. Même si cette autonomie est partielle et qu’aucun réplicateur ne peut survivre de manière isolée.
La seule caractéristique universelle partagés par tous les réplicateurs est la présence d’un signal permettant l’autonomie de la réplication.
Tous les réplicateurs biologiques forment un continuum le long de l'axe égoïsme-coopérativité, des formes complètement égoïstes à totalement coopératives. Dans cette plage, les virus lytiques représentent l'extrême égoïste, tandis que les virus tempérés et divers éléments mobiles occupent des positions plus proches du milieu de la plage. Les réplicateurs égoïstes appartiennent non seulement au domaine biologique, mais sont intrinsèques à tout système de réplicateurs en évolution.

Aucune des réponses à la question « les virus sont-ils vivants » ne semble donner de développement constructif. En effet tout dépend de la définition arbitraire de la vie. Tous les organismes en évolution sont des communautés de réplicateurs en interaction, de classes différentes, des plus égoïstes aux plus coopératifs. Bien qu'une théorie formelle de la coévolution des réplicateurs reste à développer, une hypothèse intéressante est que non seulement la séparation entre les réplicateurs égoïstes et les réplicateurs coopératifs, mais la formation de toute la gamme des stratégies de réplication est intrinsèque à l'évolution biologique. On pourrait argumenter de manière plausible que la vie ne peut être réduite à des réplicateurs, et inversement, que les réplicateurs ne se limitent pas au domaine de la biologie. Les réplicateurs ne sont pas des entités biologiques en soi, mais clairement générés par des systèmes biologiques. Les réplicateurs non biologiques sont clairement des éléments de type virus dotés de divers degrés d’égoïsme réplicateurs exploitant des véhicules fournis par d'autres formes plus coopérative de réplicateurs biologiques. Les réplicateurs possèdent la propriété intrinsèque d'évolvabilité, et il pourrait être tentant de prétendre que l'évolvabilité plutôt que la réplication est la caractéristique essentielle des systèmes biologiques.

Pour conclure, le paradigme du réplicateur est véritablement au cœur de la biologie, à la fois comme cadre conceptuel et comme programme de recherche. Entre autres problèmes majeurs, il règle le statut des virus dans le monde biologique.

E. Koonin est un biologiste et chercheur spécialisé dans la biologie évolutive et son approche par des méthodes analytiques et de modélisations mathématiques. De plus il a réalisé sa thèse en 1983, sur l'organisation des complexes de réplication des Virus, ainsi le sujet de cet article semble avoir été bien approfondis par les recherches de cet auteur. Ce sont ses recherches sur l'origine des eucaryotes qui le pousse à l'étude des virus.

Cet article permet, dans un premier temps de poser le contexte de la controverse. Pourquoi la question du statut des virus au sein de la vie est-elle autant débattue ? De plus à défaut d'apporter une réponse tranchée, son argumentaire se conclut de façon ouverte et permet au lecteur sa propre conclusion sur la question. Le rôle de l'interaction des virus avec l'écosystème environnant semble être la trame principale qui permet d'apporter de réponses a la controverse. L'évolution semble être un aspect important pour aborder la question des virus, ce qui, de prime abord pourrait ne pas avoir en rapport.

La construction de cette review est-elle que l'on suit un fil de pensé logique qui enchaîne des idées du début à la fin. Cette façon de présenter un sujet montre un raisonnement structuré qui montre que l'auteur identifie correctement le problème dont il est question et qu'il va tenter de répondre à la question à travers un bref historique et présentation du contexte que pose ce problème. Puis il tentera d'apporter des arguments et preuves aux travers d'exemples et de mécanismes connus. Il insistera surtout sur l'aspect évolutif du sujet et sur les interactions entre les organismes du monde vivant. Le point de vue donné est objectif et les arguments avancés par l'auteur tiennent globalement la route.