Les preuves les plus fortes pour une relation de cause entre le déclin des infestions et l'augmentation des désordres immunitaires proviennent des modèles animaux et d'un certain nombre d'études cliniques prometteuses, suggérant les effets bénéfiques des agents infectieux et de leur composites sur les maladies immunologiques.
L'incidence des maladies atopiques et auto-immunes augmente depuis plusieurs années, en partie à cause du meilleur diagnostique ou de l'accès plus facile aux services de santé dans les pays développés mais cela n'explique pas l'augmentation marquée de la prévalence sur une période si courte et particulièrement pour des maladies facilement détectable. Les services de santé publique, après la révolution industrielle, ont pris des mesures pour limiter la propagation des infections (décontamination de l'eau, pasteurisation et stérilisation du lait, respect de la chaîne du froid, vaccins, antibiotiques...). Depuis, un déclin fort est observé pour les maladies parasitaires ou d'autres troubles, alors que dans les pays où de bonnes pratiques de santé n'existent pas ce déclin n'est pas visible. Les pays ayant réussi à éradiquer ces infections voient émergence d'allergies et de maladies auto-immune.
La distribution géographique des allergies est une image miroir des la distribution de maladies infectieuses. Il y a un gradient nord-sud pour les désordres immunitaires en Amérique du Nord, Europe (ouest-est aussi) et Chine. Les différences génétique n'expliquent pas entièrement le gradient, et la descendance de populations migrante provenant de pays à faible incidence acquièrent rapidement une incidence plus élevée. De nombreux facteurs, comme des indices socio-économiques, peuvent expliquer les différences, il existe par ailleurs une corrélation positive entre le PIB d'un pays et l'incidence de l'asthme (Europe), et une corrélation entre les revenus d'un foyer et l'incidence d'une dermatite atopique (Canada). Certaines conditions sanitaires sont aussi corrélées à la prévalence de diabètes ou de sclérose multiples, indiquant un rôle des infections. Dans les modèles animaux, l'incidence de diabète de type 1 spontané est corrélée avec les conditions sanitaires : moins il y a d'infections, plus l'incidence de la maladie est élevée.
Il existe une quantité importante de données montrant que les changements dans le microbiote pourraient contribuer à la modulation de désordres immunitaires, mais les preuves sont encore minces.
Les mécanismes de l'hypothèse hygiéniste sont multiples : la déviation Th1-Th2, la compétition antigénique/homéostasie, l'immunorégulation, les ligands non-antigéniques, et les interactions gène-environnement.
De nouvelles perspectives thérapeutiques pour la prévention d'allergies et de maladies autoimmunes sont ouvertes : l'utilisation d'extractions de bactéries (représentent le mélange d’un large éventail de composants chimiquement mal définis, également soumis à la critique) ou d'extractions parasitiques. Il serait souhaitable d'utiliser des composants d'agents infectieux protecteurs définis chimiquement. Peu importe le cas, l'utilisation d'extraction de bactéries ou de produits chimiques définis sont confrontés au double problème du moment d'administration et de sécurité : aucun effet secondaire ne saurait être toléré chez de jeunes patients sains dont le risque de développer la maladie en question n'est pas démontré.

Les auteurs ne déclarent aucun conflit d'intérêts.

La review parcours de nombreux articles pour synthétiser les diverses connaissances rassemblées en 2010. Elle décrit par ailleurs les différents mécanismes de l'hypothèse de l'hygiène, et propose l'exploration des extractions bactériennes/parasitiques comme stratégie thérapeutique.