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Réveiller les morts-vivants : les implications d'un modèle explosif atténué pour le timing de diversification des mammifères placentaires.
Introduction à l'article :
Le modèle explosif postule une diversification à la fois inter-ordinale et intra-ordinale après la limite K-Pg. Le modèle "Long Fuse" postule une diversification inter-ordinale pendant le Crétacé, suivie d'une diversification intra-ordinale après la limite K-Pg. Phillips (2016) a proposé un modèle d'explosif atténué qui décrit l'émergence de quelques lignées de placentaires (Xenarthra, Afrotheria, Euarchontoglires, Laurasiatheria) dans le Crétacé, mais place la majeure partie de la diversification inter-ordinale et la totalité de la diversification intra-ordinale après la limite K-Pg comme le modèle explosif.
Phillips (2016) a avancé que le modèle "Long Fuse" se base sur des résultats erronés par des erreurs de transfert de vitesse gonflant les estimations des temps de divergence. Sa phylogénie est ici discutée car elle résulte en des lignées "zombies" : ce qui se produit lorsque les dates de divergence estimées sont plus jeunes que l'âge minimum impliqué par les archives fossiles.
Expériences de l'article :
Des analyses moléculaires ont été effectuées en utilisant les données de Meredith et al (2011) avec le package mcmctree sur PAML 4.8. Selon Phillips (2016) les erreurs du modèle "Long Fuse" étaient dues aux clades regroupant des animaux de grandes tailles ou à importante longévité, alors les taxons présentant une masse corporelle à l'état adulte dépassant 10 kg ou ayant une longévité maximale dépassant 40 ans ont été exclus des analyses. Les données concernant la taille viennent de Jones et al (2009) et celles concernant la longévité viennent de Magalhães and Costa (2009).
Des analyses de parcimonie ont été effectuées en excluant les alymlestes (mammifères éteints du crétacé) à cause d'un haut pourcentage de données manquantes (94.9%)
Les données concernant les euthériens fossiles de chaque ère géologique ont été récupérées grâce au package R paleobioDB afin d'estimer le taux d'accumulation de nouvelles lignées pour chaque ère.
Résultats de l'article :
Les estimations des dates des divergences inter ordinales sont en conflit avec le modèle explosif atténué de Phillips (2016). En fait, ce modèle est contredit si les divergences inter ordinales au sein des Afrotheriens, Laurasiatheriens et Euarchontoglires sont situées avant la limite K-Pg, même de très peu, car des divergences pré K-Pg excluent un rôle de la crise d'extinction du K-Pg dans la mise en place de diversifications inter ordinales.
Phillips (2016) suppose que tous les euthériens du crétacé étaient de petits insectivores, mais Romiguier et al (2013) ont estimé que ces euthériens étaient plus gros (>1 Kg) ce qui correspond plus à des primates, cetartiodactyles et carnivores.
L'arbre phylogénétique préféré de Phillips (2016) présente de nombreuses divergences intraordinales qui peuvent estimer les divergences interordinales à des périodes plus récentes car elles sont plus jeunes que les dates minimales impliquées par le registre fossile.
Ce que cet article apporte au débat :
Le modèle explosif atténué proposé par Phillips (2016) semble ne pas être en accord avec le registre fossile et être à l'origine de plusieurs "lignées zombies". Les auteurs ont ici rectifié son travail en excluant les clades d'animaux de grandes tailles et à forte longévité au lieu de laisser tomber les calibrations pour ces clades. IL apparaît que le modèle explosif atténué induit des dates de divergence trop récentes concernant les principaux clades d'euthériens.
Publiée il y a plus de 7 ans
par
T. Mouillaud et I. Voet.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.
Réveiller les morts-vivants : les implications d'un modèle explosif atténué pour le timing de diversification des mammifères placentaires.
Introduction à l'article :
Le modèle explosif postule une diversification à la fois inter-ordinale et intra-ordinale après la limite K-Pg. Le modèle "Long Fuse" postule une diversification inter-ordinale pendant le Crétacé, suivie d'une diversification intra-ordinale après la limite K-Pg. Phillips (2016) a proposé un modèle d'explosif atténué qui décrit l'émergence de quelques lignées de placentaires (Xenarthra, Afrotheria, Euarchontoglires, Laurasiatheria) dans le Crétacé, mais place la majeure partie de la diversification inter-ordinale et la totalité de la diversification intra-ordinale après la limite K-Pg comme le modèle explosif.
Phillips (2016) a avancé que le modèle "Long Fuse" se base sur des résultats erronés par des erreurs de transfert de vitesse gonflant les estimations des temps de divergence. Sa phylogénie est ici discutée car elle résulte en des lignées "zombies" : ce qui se produit lorsque les dates de divergence estimées sont plus jeunes que l'âge minimum impliqué par les archives fossiles.
Des analyses moléculaires ont été effectuées en utilisant les données de Meredith et al (2011) avec le package mcmctree sur PAML 4.8. Selon Phillips (2016) les erreurs du modèle "Long Fuse" étaient dues aux clades regroupant des animaux de grandes tailles ou à importante longévité, alors les taxons présentant une masse corporelle à l'état adulte dépassant 10 kg ou ayant une longévité maximale dépassant 40 ans ont été exclus des analyses. Les données concernant la taille viennent de Jones et al (2009) et celles concernant la longévité viennent de Magalhães and Costa (2009).
Des analyses de parcimonie ont été effectuées en excluant les alymlestes (mammifères éteints du crétacé) à cause d'un haut pourcentage de données manquantes (94.9%)
Les données concernant les euthériens fossiles de chaque ère géologique ont été récupérées grâce au package R paleobioDB afin d'estimer le taux d'accumulation de nouvelles lignées pour chaque ère.
Les estimations des dates des divergences inter ordinales sont en conflit avec le modèle explosif atténué de Phillips (2016). En fait, ce modèle est contredit si les divergences inter ordinales au sein des Afrotheriens, Laurasiatheriens et Euarchontoglires sont situées avant la limite K-Pg, même de très peu, car des divergences pré K-Pg excluent un rôle de la crise d'extinction du K-Pg dans la mise en place de diversifications inter ordinales.
Phillips (2016) suppose que tous les euthériens du crétacé étaient de petits insectivores, mais Romiguier et al (2013) ont estimé que ces euthériens étaient plus gros (>1 Kg) ce qui correspond plus à des primates, cetartiodactyles et carnivores.
L'arbre phylogénétique préféré de Phillips (2016) présente de nombreuses divergences intraordinales qui peuvent estimer les divergences interordinales à des périodes plus récentes car elles sont plus jeunes que les dates minimales impliquées par le registre fossile.
Le modèle explosif atténué proposé par Phillips (2016) semble ne pas être en accord avec le registre fossile et être à l'origine de plusieurs "lignées zombies". Les auteurs ont ici rectifié son travail en excluant les clades d'animaux de grandes tailles et à forte longévité au lieu de laisser tomber les calibrations pour ces clades. IL apparaît que le modèle explosif atténué induit des dates de divergence trop récentes concernant les principaux clades d'euthériens.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.