La diversité biologique des sols joue un rôle majeur dans la régulation des processus permettant l’accès a des ressources écosystémique. Cette biodiversité est donc un excellent indice afin d’évaluer la santé d’un milieu exploité. Les études précédentes sur ce point suggèrent des chutes de biodiversité, en lien notamment avec la déstructuration des sols. L’absence d’études globales nuit cependant à la compréhension de l’impact de l’agriculture intensive sur la biodiversité des sols, et peut donc être soumise à des biais inhérents aux études locales.
L’objectif de l’étude est de tester à quel point l’intensification de l’agriculture peut troubler la biodiversité, en étudiant les sols de différentes régions, présentant donc des types de sols et des conditions climatiques variés. Enfin, l’objectif est de pouvoir déterminer les effets de cette intensification sur les réseaux de communautés des sols, en prenant en compte la masse biologique par rapport à la masse totale du sol.

Afin de tester l'impact de l'agriculture intensive sur les sols, les auteurs ont collecté des échantillons de sols provenant de fermes (représentatives de la gestion agricole européenne) en Suède, au Royaume-Uni, en République tchèque et en Grèce. Les propriétés extrinsèques des différents sols (température annuelle, pluviométrie) furent également prises en considération. Les échantillons furent pesés et mesurés avant d'y extraire la faune associée. Après identification de tous les organismes présents, la biomasse fut estimée à partir du poids moyen des spécimens extraits.
La mesure de la structure des faunes et de leur diversité fut établie avec dix-neuf groupes fauniques différents (amibes, bactéries, nématodes, ...). Le niveau trophique d'un groupe (position occupée dans une chaîne alimentaire) ainsi que la biodiversité de celui-ci est estimé à l'aide d'indices.

Les résultats portants sur la diversité générale des sols dénotent de fortes différences entre les fermes "classiques" et celles présentant une production en rotation, et ce pour chacune des régions étudiées. Chez ces dernières, le nombre de groupe faunique, les indices de biodiversité et le niveau trophique moyen sont assez voir très réduit, bien que chaque ferme présente des variations. La richesse spécifique est également moindre dans ces milieux.
Statistiquement, la diversité de chaque groupe est corrélée au nombre de groupe faunique fonctionnel dans les sols : les sols sont donc des milieux complexes, ou la disparition de certains groupes fauniques entraîne une chute de diversité au sein de tous les autres groupes encore présents. Il est à noter l'absence totale de certains larges groupes d'organismes dans les sols cultivés, notamment des groupes sensibles aux changements de propriétés des sols. L'agriculture intensive implique donc bien une chute de la biodiversité de sols.

La recherche scientifique est avant tout un travail de réflexion collaborative, et il est nécessaire pour des études de cette ampleur d'avoir un nombre important de spécialistes, afin de s'assurer de la validité de chacune des étapes de l'étude. Cet article fut réalisé par vingt-six auteurs, issus de seize départements/laboratoires/instituts différents. La mise en place du protocole d'expérimentation semble donc s'être faite dans les meilleures conditions. L'analyse des données est somme toute assez simple, mais c'est justement cette simplicité qui permet d'appuyer les résultats extrêmement intéressants et pertinents obtenus par Tsiafouli et ses collaborateurs.

Cet article est un travail contextualisant, au sein de cette controverse. L'idée de la culture in vitro se diffuse peu à peu justement par ce genre de travaux, poussant les scientifiques et gestionnaires à chercher des méthodes de productions plus saines pour l’environnement et la biodiversité. Beaucoup d'études portant sur la production alimentaire font remarquer les hausses anormales de composés atmosphériques ou d’éléments nocifs dans les sols et dans l'eau. Cependant, il est assez rare de trouver des arguments se focalisant sur la biodiversité des sols elle-même, alors que cela est extrêmement important afin de s’interroger sur la protection des organismes face à ces contraintes. Cela est en partie causée par le manque d'étude à ce sujet, qui nécessite un travail considérable. Dans ce contexte, le travail de Tsiafouli et ses collaborateurs est très important afin de comprendre pourquoi la question de la production in vitro se pose et doit être posée.