Concernant la phylogénie des mammifères, des analyses "total evidence" combinant des données moléculaires et morphologiques sont en accord avec le consensus moléculaire, mais lorsque les données moléculaires de certains taxons sont enlevées (ils sont donc traités comme des fossiles), les résultats sont totalement divergents. Cela soulève des doutes quant à la capacité des jeux de données de caractères morphologiques actuels à résoudre avec précision les relations entre mammifères, notamment pour les taxons fossiles pour lesquels, les données moléculaires sont pour la plupart probablement indisponibles à jamais. Il n'est pas pensable de pouvoir exclure les taxons fossiles des analyses pour résoudre les relations entre mammifères, la question est donc :
Améliorer l’échantillonnage des taxons lors d’analyses morphologiques, en particulier les taxons fossiles, est il suffisant pour résoudre le conflit entre les estimations morphologiques et moléculaires de la phylogénie des mammifères ?

Cela a été testé en reconstruisant d’abord les états de caractère morphologiques attendus des ancêtres fossiles hypothétiques de tous les clades présents dans le consensus moléculaire, puis en testant l’impact de l’inclusion de ces ancêtres fossiles prédits sur les résultats des analyses uniquement morphologiques. Les analyses représentent en effet un hypothétique «scénario optimal» dans lesquelles ils simulent la découverte d’ancêtres directs des fossiles.
Si ces inclusions d'ancêtres prédits suffisent à obtenir des phylogénies congruentes avec le consensus moléculaire, alors cela suggérerait que le conflit actuel entre estimations moléculaires et morphologiques pourrait être résolu par des améliorations du registre fossile et l'addition à ce registre de d'avantage de taxons fossiles. De plus, cela suggérerait que les phylogénies qui incluent les mammifères fossiles et existants pourraient devenir suffisamment précises pour pouvoir être utilisées dans des analyses comparatives.

Pour de nombreuses analyses, l'inclusion d'ancêtres prédits était suffisante pour aboutir à des phylogénies morphologiques généralement congruentes avec le consensus moléculaire, sans l'addition de données moléculaires, et qu'il y a au moins des hypothétiques combinaisons de caractères pouvant lier des taxons de mammifères morphologiquement disparates, tels que des Afrotheriens et des Laurasiatheriens de type insectivores, ongulés et myrmécophages. Si des taxons fossiles authentiques présentaient ces combinaisons de caractères, alors leur découverte et leur inclusion dans les analyses phylogénétiques pourraient suffire à résoudre en grande partie le conflit actuel entre les analyses moléculaires et morphologiques, même en utilisant des matrices qui montrent actuellement un conflit important avec les données moléculaires, telles que celle de O'leary et al (2013) : The placental mammal ancestor and the post-K-Pg radiation of placentals