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"Virus géants : la difficile rupture des multiples barrières épistémologiques."
Résumé de la review :
La définition des virus a beaucoup évolué au fil des découvertes. En 1950, ils étaient définis comme des choses invisibles, qui n'étaient pas cultivables sans la présence de cellules vivantes et qui n'étaient pas retenus pas le filtre de Chamberland. Il a été aussi découvert à cette époque que les virus se multiplier dans la cellule qu'ils avaient infecté. C'est pour ces raisons que les virus ont été considérés hors du monde vivant, et à l'heure actuelle ce point de vue est partagé par de nombreux scientifiques. La première définition formelle d'un virus a été donné par André Lwoff selon quatre critères, puis un cinquième a été ajouté à la suite de la découverte des ribosomes. Parmi ces critères deux font des virus des parasites absolus de leur hôte. La découverte de Mimivirus a mis à mal les anciennes définitions des virus, car ce dernier contient un génome d'ADN exceptionnellement important et un nombre de gènes conséquents et non attendus.
Les virus possèdent une diversité très large et ce pour plusieurs critères, ce qui pose un certain nombre de problèmes pour les définir. Par exemple, la variabilité de la taille du génome et du contenu des gènes parmi les virus laisse déjà penser que la distinction entre virus et cellule sur la base d'une caractéristique dérivée du génome pourrait s'avérer peu fiable. Une confusion courante, tant dans le domaine public que dans le domaine scientifique, est celle faite entre le virion et le virus, notamment dans le cadre du débat sur la position des virus dans le monde du vivant. Les virus étant des parasites intracellulaires absolus de leur hôte cellulaire, leur génome n’est en principe nécessaire que pour coder les protéines structurales du virion, ainsi que quelques fonctions de régulation nécessaires pour "détourner" la machinerie cellulaire. Le reste des nombreuses fonctions intracellulaires nécessaires à la multiplication des particules virales peut être fourni par l'hôte et codé par son génome. Ainsi, quand on parle de virus, on les réduit souvent à leur virion. Mais cela ne devrait pas être le cas pour deux raisons, la première étant que le génome de certains virus est bien plus complexe que prévu, et la deuxième étant que les propriétés que possèdent les virus géants remettent en suspens la question de leur place dans l'arbre de la vie.
De plus, faire la distinction entre virion (phase inerte) et virus (phase active), revient à faire la distinction entre la graine et la plante adulte. Faire cette distinction revient à dire que les virus font partie intégrante du vivant. Le paradigme actuel de ce qu'est la vie est défini en cinq sous-systèmes fonctionnant ensemble. Or les virus ne possèdent pas tous ces sous-systèmes. Ainsi, un gradient de parasitisme absolu peut être établi selon les virus et leurs caractéristiques. A l'instar de microorganismes cellulaires présentant différents niveaux d'autonomie vis-à-vis de leur environnement, les virus à ADN présentent une gradation de leur autonomie vis-à-vis de la cellule hôte. Et les dernières découvertes suggèrent une notion de continuité entre les formes de "vie" allant des autotrophes cellulaires aux virus les plus simples.
De plus, le concept de la perte irréversible de gènes au cours du temps est une caractéristique communes à toutes les formes de vie parasitaires. Ce phénomène est peu documenté dans le contexte évolutif des virus géants à ADN, alors qu'il pourrait expliquer la large diversité des tailles de génomes. Cette succession de perte chez les virus a pu commencer par la perte des ribosomes conduisant indéniablement à la dépendance avec l'hôte. Cependant, pour que ce scénario soit plausible il sous-tend une hypothèse forte sur l'origine de la vie. La discrimination des virus hors du vivant devient donc de plus en plus complexe avec les découvertes sur des bactéries très hôte-dépendante. Une définition qui pourraient être commune à toutes les entités biologiques y compris les virus serait liée à la façon dont elles propagent leur génome.
Rigueur de la review :
Les auteurs font le parallèle entre la construction d'un savoir, plus particulièrement d'une discipline et les barrières épistémologiques qui se construisent avec ce savoir. Ce parallèle est assez intéressant pour comprendre les différentes visions qu'il y a pu y avoir au cours de l'histoire et aussi comprendre le schéma de pensée actuel. De plus, le fait de reprendre dans la dernière partie les critère de Lwoff et de les contester avec des exemples permet de résumer le tout avec plus de facilité.
Ce que cette review apporte au débat :
Cette review permet de faire avancer le débat sur la position inerte ou non des virus en balayant les barrières épistémologiques au regard des nouvelles découvertes, que ces dernières concernent les virus géants ou bien des bactéries fortement dépendantes de leur hôte. La définition énoncée à la fin de cette review permettrait en effet d'inclure les virus dans le monde du vivant. En résumé, cette review essaie de casser nos barrières conceptuelles (comme énoncer dans le titre) solidement établies.
Remarques sur la review :
Les deux auteurs se passionnent pour les virus géants depuis la découverte du premier en 2003, à laquelle ils sont participés avec une autre équipe de microbiologistes dont faisait partie Didier Raoult, autre scientifique impliqué dans le débat. Ces deux auteurs sont également mariés en dehors du domaine scientifique.
Publiée il y a plus de 7 ans
par
M. Gimenez.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.
"Virus géants : la difficile rupture des multiples barrières épistémologiques."
Résumé de la review :
La définition des virus a beaucoup évolué au fil des découvertes. En 1950, ils étaient définis comme des choses invisibles, qui n'étaient pas cultivables sans la présence de cellules vivantes et qui n'étaient pas retenus pas le filtre de Chamberland. Il a été aussi découvert à cette époque que les virus se multiplier dans la cellule qu'ils avaient infecté. C'est pour ces raisons que les virus ont été considérés hors du monde vivant, et à l'heure actuelle ce point de vue est partagé par de nombreux scientifiques. La première définition formelle d'un virus a été donné par André Lwoff selon quatre critères, puis un cinquième a été ajouté à la suite de la découverte des ribosomes. Parmi ces critères deux font des virus des parasites absolus de leur hôte. La découverte de Mimivirus a mis à mal les anciennes définitions des virus, car ce dernier contient un génome d'ADN exceptionnellement important et un nombre de gènes conséquents et non attendus.
Les virus possèdent une diversité très large et ce pour plusieurs critères, ce qui pose un certain nombre de problèmes pour les définir. Par exemple, la variabilité de la taille du génome et du contenu des gènes parmi les virus laisse déjà penser que la distinction entre virus et cellule sur la base d'une caractéristique dérivée du génome pourrait s'avérer peu fiable. Une confusion courante, tant dans le domaine public que dans le domaine scientifique, est celle faite entre le virion et le virus, notamment dans le cadre du débat sur la position des virus dans le monde du vivant. Les virus étant des parasites intracellulaires absolus de leur hôte cellulaire, leur génome n’est en principe nécessaire que pour coder les protéines structurales du virion, ainsi que quelques fonctions de régulation nécessaires pour "détourner" la machinerie cellulaire. Le reste des nombreuses fonctions intracellulaires nécessaires à la multiplication des particules virales peut être fourni par l'hôte et codé par son génome. Ainsi, quand on parle de virus, on les réduit souvent à leur virion. Mais cela ne devrait pas être le cas pour deux raisons, la première étant que le génome de certains virus est bien plus complexe que prévu, et la deuxième étant que les propriétés que possèdent les virus géants remettent en suspens la question de leur place dans l'arbre de la vie.
De plus, faire la distinction entre virion (phase inerte) et virus (phase active), revient à faire la distinction entre la graine et la plante adulte. Faire cette distinction revient à dire que les virus font partie intégrante du vivant. Le paradigme actuel de ce qu'est la vie est défini en cinq sous-systèmes fonctionnant ensemble. Or les virus ne possèdent pas tous ces sous-systèmes. Ainsi, un gradient de parasitisme absolu peut être établi selon les virus et leurs caractéristiques. A l'instar de microorganismes cellulaires présentant différents niveaux d'autonomie vis-à-vis de leur environnement, les virus à ADN présentent une gradation de leur autonomie vis-à-vis de la cellule hôte. Et les dernières découvertes suggèrent une notion de continuité entre les formes de "vie" allant des autotrophes cellulaires aux virus les plus simples.
De plus, le concept de la perte irréversible de gènes au cours du temps est une caractéristique communes à toutes les formes de vie parasitaires. Ce phénomène est peu documenté dans le contexte évolutif des virus géants à ADN, alors qu'il pourrait expliquer la large diversité des tailles de génomes. Cette succession de perte chez les virus a pu commencer par la perte des ribosomes conduisant indéniablement à la dépendance avec l'hôte. Cependant, pour que ce scénario soit plausible il sous-tend une hypothèse forte sur l'origine de la vie. La discrimination des virus hors du vivant devient donc de plus en plus complexe avec les découvertes sur des bactéries très hôte-dépendante. Une définition qui pourraient être commune à toutes les entités biologiques y compris les virus serait liée à la façon dont elles propagent leur génome.
Les auteurs font le parallèle entre la construction d'un savoir, plus particulièrement d'une discipline et les barrières épistémologiques qui se construisent avec ce savoir. Ce parallèle est assez intéressant pour comprendre les différentes visions qu'il y a pu y avoir au cours de l'histoire et aussi comprendre le schéma de pensée actuel. De plus, le fait de reprendre dans la dernière partie les critère de Lwoff et de les contester avec des exemples permet de résumer le tout avec plus de facilité.
Cette review permet de faire avancer le débat sur la position inerte ou non des virus en balayant les barrières épistémologiques au regard des nouvelles découvertes, que ces dernières concernent les virus géants ou bien des bactéries fortement dépendantes de leur hôte. La définition énoncée à la fin de cette review permettrait en effet d'inclure les virus dans le monde du vivant. En résumé, cette review essaie de casser nos barrières conceptuelles (comme énoncer dans le titre) solidement établies.
Les deux auteurs se passionnent pour les virus géants depuis la découverte du premier en 2003, à laquelle ils sont participés avec une autre équipe de microbiologistes dont faisait partie Didier Raoult, autre scientifique impliqué dans le débat. Ces deux auteurs sont également mariés en dehors du domaine scientifique.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.