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Ni les données phylogénomiques, ni les données paléontologiques ne soutiennent une origine des mammifères placentaires au Paléogène.
Introduction à l'article :
D'après le registre fossile, les mammifères appartenant au groupe couronne des placentaires apparaissent après le crise du Crétacé - Paléogène (K-Pg). S'il existe un consensus concernant l'origine des euthériens au Crétacé, le débat est toujours ouvert quant aux dates de diversification des ordres modernes. Ici, ils s'appuient sur les résultats de O'Leary et al. (2013), qu'ils critiquent sur la base de la méthode de calibration des nœuds de l'arbre phylogénétique. O'Leary et son équipe ont utilisé une matrice de caractères morphologiques, et ont inféré un arbre calibré dans le temps, en utilisant le fossile le plus ancien d'un taxon comme âge d'apparition du groupe concerné. Ici, les auteurs critiquent cette méthode, stipulant que l'âge d'un fossile n'est pas représentatif de l'âge d'un clade, à cause des problèmes de préservation, d'échantillonnage, etc...
Expériences de l'article :
Ils réutilisent leur jeu de données de 2012, composé de 14632 gènes orthologues (plus de 20 millions de nucléotides), dont ils retracent une phylogénie avec MCMCtree, estimant les âges de divergence par approche bayésienne. Ils utilisent un modèle d'évolution des séquences avec autocorrélation des taux de substitutions. Ils utilisent deux stratégies de calibration de l'arbre.
1) Calibration des primates basée sur Wilkinson et al., 2011 + leurs calibrations de 2012
2) La même chose + la borne inférieure des calibrations de O'Leary et al., 2013
Les bornes des calibrations sont traitées de manière non stricte : l'âge du clade peut les excéder. Les estimations des temps de divergence (a posteriori) sont la combinaison des a priori sur les calibrations fossiles et de la vraisemblance des données moléculaires. Ils comparent ensuite leurs résultats avec ce qu'ils avaient trouvé en 2012, étude qui incluait beaucoup plus de calibrations fossiles.
Résultats de l'article :
Selon ces modèles, et peu importe la stratégie de calibration, l'âge de divergence des premiers placentaires (appartenant au groupe couronne) se situe avant la crise K-Pg, et bien avant l'âge estimé du premier fossile placentaire moderne. Ils précisent que même le choix des fossiles les plus basaux n'est pas forcément réaliste, car il n'est pas certain qu'il n'existe pas des représentants de l'espèce plus anciens (débat parmi les paléontologues).
Comme les stratégies de calibration ne sont pas tout à fait différentes, il existe une corrélation entre les résultats obtenus. De plus, malgré les différences dans les a priori formés par l'utilisation de fossiles, l'âge estimé de divergence des placentaires doit être plus ancien que le noeud séparant Laurasiatheria du reste. Ainsi, ils estiment que même en prenant en compte le fossile placentaire "le plus ancien" connu, l'ancêtre des placentaires modernes est apparu entre 76.5 et 77.8 Ma.
Rigueur de l'article :
En comparant les résultats d'un même modèle d'évolution des séquences, sur un même jeu de données, avec des stratégies de calibration différentes permet de visualiser l'impact de la calibration sur l'estimation des temps de divergence.
Ce que cet article apporte au débat :
Il se place en défaveur du modèle explosif "ferme", qui stipule une origine des placentaires modernes post K-Pg. Il insiste sur l'importance des calibrations fossiles, en les incluants comme des intervalles temporels possibles, et non comme des datations strictes de noeuds, et d'âge d'un taxon. D'après leurs résultats, ils penchent en faveur du modèle Long Fuse, avec une origine des placentaires pré K-Pg, suivie de l'apparition de la majorité des premiers ordres, toujours avant la crise. Les diversifications au sein des différents ordres sont estimées comme ayant lieu après l'extinction de masse.
Remarques sur l'article :
Il s'agit ici d'une courte réponse à O'Leary et al. Ils réutilisent leur jeu de données de 2012, ainsi que leurs calibrations, et explorent les calibrations de O'Leary et al., et de Wilkinson et al., ainsi que leur impact sur l'estimation des dates de divergence au sein des placentaires, avec un même modèle d'évolution.
Publiée il y a plus de 7 ans
par
I. Voet.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.
Ni les données phylogénomiques, ni les données paléontologiques ne soutiennent une origine des mammifères placentaires au Paléogène.
Introduction à l'article :
D'après le registre fossile, les mammifères appartenant au groupe couronne des placentaires apparaissent après le crise du Crétacé - Paléogène (K-Pg). S'il existe un consensus concernant l'origine des euthériens au Crétacé, le débat est toujours ouvert quant aux dates de diversification des ordres modernes. Ici, ils s'appuient sur les résultats de O'Leary et al. (2013), qu'ils critiquent sur la base de la méthode de calibration des nœuds de l'arbre phylogénétique. O'Leary et son équipe ont utilisé une matrice de caractères morphologiques, et ont inféré un arbre calibré dans le temps, en utilisant le fossile le plus ancien d'un taxon comme âge d'apparition du groupe concerné. Ici, les auteurs critiquent cette méthode, stipulant que l'âge d'un fossile n'est pas représentatif de l'âge d'un clade, à cause des problèmes de préservation, d'échantillonnage, etc...
Ils réutilisent leur jeu de données de 2012, composé de 14632 gènes orthologues (plus de 20 millions de nucléotides), dont ils retracent une phylogénie avec MCMCtree, estimant les âges de divergence par approche bayésienne. Ils utilisent un modèle d'évolution des séquences avec autocorrélation des taux de substitutions. Ils utilisent deux stratégies de calibration de l'arbre.
1) Calibration des primates basée sur Wilkinson et al., 2011 + leurs calibrations de 2012
2) La même chose + la borne inférieure des calibrations de O'Leary et al., 2013
Les bornes des calibrations sont traitées de manière non stricte : l'âge du clade peut les excéder. Les estimations des temps de divergence (a posteriori) sont la combinaison des a priori sur les calibrations fossiles et de la vraisemblance des données moléculaires. Ils comparent ensuite leurs résultats avec ce qu'ils avaient trouvé en 2012, étude qui incluait beaucoup plus de calibrations fossiles.
Selon ces modèles, et peu importe la stratégie de calibration, l'âge de divergence des premiers placentaires (appartenant au groupe couronne) se situe avant la crise K-Pg, et bien avant l'âge estimé du premier fossile placentaire moderne. Ils précisent que même le choix des fossiles les plus basaux n'est pas forcément réaliste, car il n'est pas certain qu'il n'existe pas des représentants de l'espèce plus anciens (débat parmi les paléontologues).
Comme les stratégies de calibration ne sont pas tout à fait différentes, il existe une corrélation entre les résultats obtenus. De plus, malgré les différences dans les a priori formés par l'utilisation de fossiles, l'âge estimé de divergence des placentaires doit être plus ancien que le noeud séparant Laurasiatheria du reste. Ainsi, ils estiment que même en prenant en compte le fossile placentaire "le plus ancien" connu, l'ancêtre des placentaires modernes est apparu entre 76.5 et 77.8 Ma.
En comparant les résultats d'un même modèle d'évolution des séquences, sur un même jeu de données, avec des stratégies de calibration différentes permet de visualiser l'impact de la calibration sur l'estimation des temps de divergence.
Il se place en défaveur du modèle explosif "ferme", qui stipule une origine des placentaires modernes post K-Pg. Il insiste sur l'importance des calibrations fossiles, en les incluants comme des intervalles temporels possibles, et non comme des datations strictes de noeuds, et d'âge d'un taxon. D'après leurs résultats, ils penchent en faveur du modèle Long Fuse, avec une origine des placentaires pré K-Pg, suivie de l'apparition de la majorité des premiers ordres, toujours avant la crise. Les diversifications au sein des différents ordres sont estimées comme ayant lieu après l'extinction de masse.
Il s'agit ici d'une courte réponse à O'Leary et al. Ils réutilisent leur jeu de données de 2012, ainsi que leurs calibrations, et explorent les calibrations de O'Leary et al., et de Wilkinson et al., ainsi que leur impact sur l'estimation des dates de divergence au sein des placentaires, avec un même modèle d'évolution.
Dernière modification il y a plus de 7 ans.