Cette revue propose une révision de l’hypothèse de l’hygiène, sous forme d’un réseau d’influences diverses, ou « hygiene hypothesis net ».
L’histoire de l’hypothèse de l’hygiène, ainsi que des cas documentés et des études controversés y sont présentés.
L’hypothèse de l’hygiène a commencé avec les observations de David P. Strachan en 1989 sur la survenue des phénomènes allergiques et infectieux chez les enfants en fonction de plusieurs facteurs de leur nombre de frères et sœurs et leur position dans la fratrie.
Depuis sa première formulation l’hypothèse de l’hygiène a évolué au fur et à mesure de l’avancé des connaissances en immunologie et microbiologie.
La théorie des vieux amis complémente la théorie de l’hygiène : l’exposition précoce à des antigènes inoffensifs « apprendrait » au système immunitaire à reconnaître et tolérer correctement.
Les nouvelles connaissances viennent enrichir et nuancer la théorie de l’hygiène, qui ne se cantonne plus à associer une hygiène exacerbée à l’augmentation de la prévalence de certaines pathologies. Le microbiome, le régime alimentaire, l’activité professionnelle, et la prise de médicaments joueraient également un rôle.
L’hypothèse du microbiome met en avant le rôle clé de la colonisation du tractus gastro-intestinal des nouveau-nés par les microorganismes. Elle peut être affectée par divers facteurs comme la méthode d’accouchement (césarienne ou voie basse), la nature de l’alimentation (lait maternel ou artificiel) et la présence de frères ou sœurs, ainsi que d’animaux de compagnies. Le nombre et la diversité des microorganismes commensaux auraient une place centrale dans l’équilibre du système immunitaire, comme le présente l’hypothèse de « l’équilibre du signal ». En cas de dysbiose notamment, les allergies alimentaires pourraient être plus importantes.
La revue aborde le cas des helminthes parasitaires, leur rôle dans la modulation du système immunitaire, et dont l’absence dans les pays développés est suspectée de causer une augmentation de la prévalence des allergies et des maladies auto-immunes.
De même, les protistes parasites peuvent avoir une action immunosuppressive et ont réduit la réponse auto-immune sur des modèles animaux.
Enfin les infections bactérienne, de part leur stimulation de l’inflammation, pourraient induire une diminution de la réponse atopique à l’origine des allergies des maladies auto-immunes.
Il existe des contre exemples de l'hypothèse hygiéniste. Dans certains cas par exemple, l’infection par des helminthes pourrait déclencher des réponses allergiques. Les parasites pourraient également déclencher des allergies et des réponses auto-immunes. Ces observations empêchent d’envisager les parasites comme un traitement potentiel.
Les pathogènes reconnus par les cellules dendritiques voient leurs antigènes présentés aux cellules TCD4+ naïves, qui se différencie en Th1 et Th2. Les Th1 sont médiateurs de la réponse anti pathogènes intra et extra cellulaires, et les Th2 anti parasites et allergènes. Dans le cadre de l’hypothèse de l’hygiène, la réponse Th1 reconnaîtrait des antigènes du soi et la réponse Th2 ne tolèrerait pas des antigènes inoffensifs. Deux hypothèses sont avancées : d’une part, la faible stimulation de la réponse Th1 par une faible quantité de microorganismes pathogènes, qui entraînerait une réponse Th2 accrue et donc des allergies. D’autre part, une moindre stimulation des Treg, qui contrôleraient donc moins les réponses Th1 et Th2.
Les essais en laboratoires et clinique de l’utilisation d’helminthes comme traitement sont prometteurs, car les helminthes ou certaines de leurs molécules réduisent chez des modèles murins et animaux les symptômes de plusieurs maladies auto-immunes. La piste de la greffe de microbiome comme traitement, de la maladie de Crohn notamment, est également étudiée. En effet la greffe de microbiome permet de traiter des maladies liées à des dysbioses, et pourrait traiter les maladies auto-immunes qui impliquent le tractus gastro-intestinal.

Cette revue permet d’apporter une vue d’ensemble sur l’hypothèse de l’hygiène et de nuancer un dogme bien établi, sans pour autant le réfuter complètement.