Cette revue traite du rôle des récepteurs de l’immunité innée (notamment les récepteurs Toll-like, TLRs) dans les mécanismes de l’autoimmunité.
Elle part du principe de l’hypothèse de l’hygiène : l’augmentation de la prévalence des maladies autoimmunes ayant été concomitante avec la baisse des maladies infectieuses, il se pourrait que certains microorganismes pathogènes et commensaux jouent un rôle protecteur de ce point de vue.
D’abord proposé pour les allergies, l’hypothèse de l’hygiène a ensuite été étendue aux maladies auto-immunes avec l’acquisition de nouvelles connaissances.
Avec l’avancée de la microbiologie et de la métagénomique, le rôle joué par le microbiome est de plus en plus étudié.
L’émergence de ces pathologies est corrélée à l’amélioration des conditions sanitaires et du niveau socio-économique.
L’asthme serait plus fréquent dans le pays développés, ainsi que le développement d’un diabète de type I, bien que les prédispositions soient équivalente dans les conditions socio-économiques moins favorables : cela mettrait en lumière un rôle protecteur des infections contre le développement du diabète.
De même les descendants de migrants de pays en développement vers les pays développés développent plus d’allergies et de maladies auto-immunes, ce qui écarte une cause génétique.
Si la migration a lieu après la naissance, l’âge à laquelle elle s’effectue est déterminante pour le développement de ces pathologies, or le microbiote humain est fixé après l’âge de 3 ans.
Les helminthes ont fortement été associés à une moindre apparition d’allergies et de maladies auto-immunes, et les traitement anti-helminthes augmentent les risque d’atopie.
L’infection par Trichuris suis améliorerait l’état des patient atteint de sclérose en plaques, et les souris NOD et NZBxNZW seraient protégées du développement de diabète type 1 et de sclérose en plaques respectivement (qu’elles développent naturellement), par des infections parasitaires, bactériennes et virales.
Des rôles protecteurs ont été observés avec des antigènes, ce qui signifierait que l’infection par des pathogènes vivant ne serait pas nécessaire.
Une dysbiose du microbiote intestinal est constatée chez les patients atteint de maladies auto-immunes.
Le microbiome est très variable entre les populations les régimes alimentaires et les conditions socio-économiques. L’auteur souligne qu’il serait intéressant d’étudier le métabolome.
Il a été observé que le diabète augmente chez les souris sans microbiote intestinal. Sur des modèles murins également, l’utilisation de probiotiques a permis de prévenir de l’apparition de diabète et d’encéphalomyélite autoimmune expérimentale chez des souris NOD et EAE.
Les humains nés par césarienne et exposés aux antibiotiques de manière précoce présentent une plus grande prévalence de diabète de type 1 et de sclérose en plaques.
L’auteur analyse distinctement le rôles des pathogènes d’une part, et des microorganismes commensaux d’autre part, dans la protection contre l’autoimmunité.
La compétition antigénique pourrait expliquer l’hypothèse de l’hygiène : le système immunitaire (SI) réagit moins fortement à un premier antigène lorsqu’il est confronté à un second.
Les acteurs potentiels du SI dans la protection sont listés par l’auteur. Les pathogènes comme les commensaux, en stimulants le système immunitaire, stimuleraient également sa régulation.
Le rôle des TLRs est analysé : ces récepteurs sont activés par les pathogènes comme les commensaux, et ont un rôle protecteur lorsqu’ils sont exprimés par des Treg qui modulent la réaction immunitaire.

Cette revue est un apport intéressant sur le rôle du microbiote qui affine l'hypothèse de l'hygiène, et sur les mécanismes immunitaires impliquées dans la protection par les pathogènes et les commensaux.

Bien que rigoureuse cette revue est un peu confuse, les mécanismes immunitaires sont difficilement compréhensibles et il y a beaucoup d'informations.