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Structure génétique des populations urbaines et suburbaines du hamster commun (Cricetus Cricetus) dans le Caucase
Introduction à l'article :
Pour certaines espèces, le changement des conditions environnementales associées à l'urbanisation peuvent être favorables. C'est le cas pour des espèces euryphages (généralistes) avec une stratégie de haute fécondité / reproduction qui vont pouvoir s'établir dans ce nouvel habitat. L'étude de la structure génétique de ces populations permet d'identifier les paramètres impliqués dans le degré d'isolement, la diversité génétique...
Expériences de l'article :
Ils ont échantillonné 10 localités pour les analyses génétiques dans la ville de Kislovodsk (1a-1g), la ville de Nalchik et ses alentours (2-10) dans le Caucase. Les séquences d'ADN mitochondriales et la composition allélique des locus microsatellites ont été déterminées. Pour étudier la distribution des lignées mitochondriales dans la région, ils ont déterminé d'autres séquences ADN mitochondriales à partir d'échantillons supplémentaires (11-13).
2 loci mitochondriaux sont utilisés comme marqueurs phylogénétiques des lignées : une région contrôle et le gène du cytochrome b. Dans le génotypage individuel, ils ont déterminé la composition allélique de 10 loci microsatellites et de primers.
Le nombre de clusters génétiques a été déterminé par la valeur du delta K de Evanno estimé avec le programme Structure Harvester.
Ils ont estimé la correspondance à l'équilibre de Hardy-Weinberg, les différences génétiques entre groupes par le Fst, l'isolement par la distance à l'aide d'un test de Mantel, ...
Résultats de l'article :
Pas de structure phylogénétique dans la distribution des populations
Des localités très distantes peuvent posséder le même haplotype mais dans une région il peut y avoir des variants significativement différents des séquences nucléotidiques.
Il y a 2 clusters : un représenté par les individus de Kislovodsk et ses plus proches alentours, l'autre par le reste des individus.
Ville de Kislovodsk : différenciation génétique très significative (12-33%) dans les parties nord et centrale (zone de constructions). Ce degré diminue dans la partie sud de la ville avec la ceinture verte et une forte probabilité d'appartenance au même cluster.
Ville de Nalchik : les 2 aires étudiées ont une distance génétique de 5%, significativement plus faible que les groupes vivant dans la ville précédentes. Dans la zone développée mais non urbanisée, la distance génétique est similaire (11-26%) à celle des groupes de Kislovodsk.
Dans les villes, on a des groupes significativement séparés les uns des autres.
Rigueur de l'article :
Pour la ville de Naltchik, les échantillons ont été recueillis dans les zones périphériques et ne reflètent probablement pas la situation dans le centre de la ville.
Ce que cet article apporte au débat :
Les caractéristiques des paysages urbanisés présument que les zones adaptées à l'établissement des hamsters sont séparées soit par des territoires peu utiles à la vie, soit par des barrières difficilement surmontables, caractéristiques de l'environnement urbain. Dans les zones vertes adjacentes à ces territoires, le nombre de barrières est réduit. Le degré d'isolement entre les zones d'installation est moins prononcé en raison de la migration. La même situation est caractéristique de la campagne entourant la ville.
Publiée il y a plus de 6 ans
par
E. Conte.
Dernière modification il y a plus de 6 ans.
Structure génétique des populations urbaines et suburbaines du hamster commun (Cricetus Cricetus) dans le Caucase
Introduction à l'article :
Pour certaines espèces, le changement des conditions environnementales associées à l'urbanisation peuvent être favorables. C'est le cas pour des espèces euryphages (généralistes) avec une stratégie de haute fécondité / reproduction qui vont pouvoir s'établir dans ce nouvel habitat. L'étude de la structure génétique de ces populations permet d'identifier les paramètres impliqués dans le degré d'isolement, la diversité génétique...
Ils ont échantillonné 10 localités pour les analyses génétiques dans la ville de Kislovodsk (1a-1g), la ville de Nalchik et ses alentours (2-10) dans le Caucase. Les séquences d'ADN mitochondriales et la composition allélique des locus microsatellites ont été déterminées. Pour étudier la distribution des lignées mitochondriales dans la région, ils ont déterminé d'autres séquences ADN mitochondriales à partir d'échantillons supplémentaires (11-13).
2 loci mitochondriaux sont utilisés comme marqueurs phylogénétiques des lignées : une région contrôle et le gène du cytochrome b. Dans le génotypage individuel, ils ont déterminé la composition allélique de 10 loci microsatellites et de primers.
Le nombre de clusters génétiques a été déterminé par la valeur du delta K de Evanno estimé avec le programme Structure Harvester.
Ils ont estimé la correspondance à l'équilibre de Hardy-Weinberg, les différences génétiques entre groupes par le Fst, l'isolement par la distance à l'aide d'un test de Mantel, ...
Il y a 2 clusters : un représenté par les individus de Kislovodsk et ses plus proches alentours, l'autre par le reste des individus.
Ville de Kislovodsk : différenciation génétique très significative (12-33%) dans les parties nord et centrale (zone de constructions). Ce degré diminue dans la partie sud de la ville avec la ceinture verte et une forte probabilité d'appartenance au même cluster.
Ville de Nalchik : les 2 aires étudiées ont une distance génétique de 5%, significativement plus faible que les groupes vivant dans la ville précédentes. Dans la zone développée mais non urbanisée, la distance génétique est similaire (11-26%) à celle des groupes de Kislovodsk.
Dans les villes, on a des groupes significativement séparés les uns des autres.
Pour la ville de Naltchik, les échantillons ont été recueillis dans les zones périphériques et ne reflètent probablement pas la situation dans le centre de la ville.
Les caractéristiques des paysages urbanisés présument que les zones adaptées à l'établissement des hamsters sont séparées soit par des territoires peu utiles à la vie, soit par des barrières difficilement surmontables, caractéristiques de l'environnement urbain. Dans les zones vertes adjacentes à ces territoires, le nombre de barrières est réduit. Le degré d'isolement entre les zones d'installation est moins prononcé en raison de la migration. La même situation est caractéristique de la campagne entourant la ville.
Dernière modification il y a plus de 6 ans.