L’application de nouvelles techniques moléculaires a permis d'étudier la génétique des espèces menacées d'extinction et l'analyse génétique est devenue largement utilisée dans la recherche en conservation.
Ici, en tant que thème organisationnel pour analyser l'état et l'avenir possible de la génétique de la conservation, il est importante de considèrer les trois principaux types de variation génétique -_ neutre, detrimental et adaptatif_ - et examine comment chacun est utilisé dans la conservation des espèces en péril.

Variation neutre
La variation neutre t est une variation qui a un petit coefficient(s) sélectif(s) par rapport à la taille de la population.
Les recherches les plus récentes en génétique de conservation se sont concentrées sur l'utilisation de marqueurs moléculaires neutres. Ces applications ont été principalement utilisées pour identifier les espèces, les unités d'importance évolutive, les unités de gestion et l'origine des individus. Les marqueurs génétiques moléculaires sont très prometteurs pour plusieurs autres applications de conservation, y compris les méthodes de mesure des paramètres fondamentaux importants pour la conservation, tels que la taille effective de la population, les goulets d'étranglement passés, le flux génétique spécifique au sexe ou _les contributions des fondateurs.

Variation nuisible
La plus importante contribution précoce de la génétique à la conservation est peut-être la reconnaissance de l'importance de la dépression de consanguinité, qui serait due à l'augmentation de l'homozygotie des allèles nuisibles (voir figure). En plus de la diminution prévue de la fitness avec la consanguinité, la fitness moyenne de la population peut aussi diminuer avec le temps, car les mutations nuisibles avec un léger désavantage sélectif dans une petite population deviendront fixes, comme si elles étaient neutres. Il est utile de distinguer entre ces effets et de définir la charge génétique comme la réduction de l'aptitude moyenne d'une population par rapport à celle d'une population sans aptitude réduite. La dépression de consanguinité et la charge génétique ont été une préoccupation majeure lorsqu'il s'agit d'espèces en voie de disparition et la prévention de la consanguinité est devenue une priorité dans les programmes de reproduction en captivité.

Variation adaptative
L'ampleur et le profil de la variation adaptative (avantageuse) sont cruciaux pour la survie à long terme des espèces en voie de disparition. En particulier, s'il n'y a pas de variation adaptative dans une population qui fait face à un nouveau défi environnemental, comme une nouvelle maladie ou la concurrence d'une espèce introduite, il n'y a pas de potentiel de réponse adaptative, sauf par de nouvelles mutations ou un flux génétique provenant d'autres taxons. Toutefois, il est assez difficile de déterminer l'ampleur et le profil de la variation adaptative dans les environnements actuels ou présumés futurs.

Généralement, des variantes neutres sont utilisées pour des applications de conservation, et lorsqu'elles sont combinées avec des loci très variables et/ou beaucoup plus de marqueurs, ces approches devraient devenir beaucoup plus informatives. La génétique de la conservation s'intéresse également aux variations nuisibles et adaptatives, qui sont plus difficiles à identifier et à caractériser ; cependant, la capacité de prédire l'ampleur de ces variations pourrait devenir plus efficace et s'appliquer aux efforts futurs de conservation. Des variantes neutres peuvent être utilisées pour identifier des variantes adaptatives, mais la superposition de différents processus de mutation et régimes sélectifs suggère qu'il faut faire preuve d'une extrême prudence lorsqu'on procède à de telles identifications.

Bien que l'article souligne l'importance de l'analyse génétique fondée sur la variation génétique des espèces menacées d'extinction, qui permet d'appliquer le sauvetage génétique à certaines populations, il ne fournit pas d'informations pour la controverse ou le débat sur les avantages ou les inconvénients de l'application du sauvetage génétique aux espèces.