La pandémie de HIV observée depuis plusieurs décennies est essentiellement due au groupe M de HIV-1, dont l’origine est établie comme étant des événement de transmission inter-espèce de SIVcpz du Chimpanzé vers l’Homme. Les sous types A et B d’HIV-2 sont également responsables d’une épidémie qui est cependant limitée à l’Afrique de l’Ouest. De plus, bien qu'HIV-2 soit très proche génétiquement de SIVsm (SIV des Sooty Mangabeys), on dispose de très peu d’informations concernant la date et la localisation du ou des évènements de transmissions de SIVsm à l’Homme à l’origine de l’apparition d’HIV-2. L’objectif de l’étude est donc de d’obtenir une estimation de la date de transmission de SIVsm et également d’étudier la démographie de HIV-2 au cours de la seconde moitié du XXème siècle (histoire de l’épidémie).

Les auteurs ont construit la phylogénie (avec une approche de maximum de vraisemblance) de SIVsm et des différentes souches de HIV-2 connues à partir d’alignements de séquences des gènes gag et env.
Ils ont également utilisé la théorie de la coalescence pour étudier l’histoire démographique (évolution du nombre de personnes infectées au cours du temps) du sous type A de HIV-2 dans une région rurale de Guinée-Bissau, qui a auparavant été mise en avant comme un possible noyau de l’épidémie de HIV-2.

Estimation de la date de transmission des deux sous-type de HIV-2 (A et B) du Sooty Mangabeys à l’Homme : première moitié du XXéme siècle. Et plus précisément :

• datation du dernier ancêtre commun des différentes souches de HIV-2 type A : 1940 +/-16

• datation du dernier ancêtre commun des différentes souches de HIV-2 type B : 1945 +/- 14
  Ces dates constituent donc une limite supérieure pour la transmission inter-espèce du SIV du Sooty Mangabey.

• datation du dernier ancêtre commun aux sous-type A et B de HIV-2 : 1889 +/-33
  Cette date constitue une limite inférieure pour la transmission inter-espèce de SIVsm vers l’Homme.

Les auteurs ont mis en évidence une transition démographique de HIV-2 A entre 1955 et 1970 en Guinée-Bissau avec passage au stade d’épidémie.

Les résultats sur l’histoire de l’épidémiologie de HIV-2 ne prennent en compte que la population rurale de Guinée-Bissau infectée par HIV-2. Il ne faut donc pas extrapoler ces résultats à l’épidémie totale due à HIV-2

Selon les auteurs, à la période de transmission estimée (voir limites supérieures et inférieures) les Sooty Mangabeys avaient une aire de répartition plus étendue que lors de la seconde moitié du siècle (plusieurs sous-espèces éteintes ensuite). Ils soulignent donc le fait que leurs résultats sont en accord avec une transmission naturelle de SIV à l’homme (« natural transfer hypothesis »)

Les auteurs soulignent aussi que le climat de guerre en Guinée-Bissau dans les années 60 pourrait être responsable de changements sociétaux à l’origine de la transition démographique du virus observée (passage d’un virus endémique à une épidémie).
Les auteurs discutent aussi d’un possible rôle des injections de sang contaminé, par des médecins, pendant la guerre d’indépendance (1963-1974) sur la propagation de HIV-2 dans la population en Guinée-Bissau. Cependant, rien n’est dit sur une possible intervention de telles injections sur la transmission de SIVsm du Sooty Mangabey à l’Homme qui a eu lieu dans la première moitié du XXème siècle.