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L'auto-domestication chez l'Homo sapiens : Perspectives de la génomique comparative
Introduction à l'article :
Anatomiquement, l'Homme moderne (Homo sapiens) est considéré comme une espèce exprimant le syndrome de domestication. Les auteurs soutiennent cette hypothèse, évoque même un processus d'auto-domestication. Cette hypothèse est même utilisée pour expliquer les aspects clés de la cognition humaine. La domestication suit diverses voies et n'est donc pas un processus uniforme e.g. mutualisme, commensalisme. Mais des voies communes peuvent être identifiées, et donc des gènes communs peuvent avoir contribué à des événements de domestication. Leur définition de la domestication sors donc l'humain de sa posture de domesticateur. La différence entre l'Homme moderne et d'autres espèces domestiquées est que les pressions sélectives ont dû être intraspécifiques.
La présente étude a pour but de fournir des données moléculaires pour d'identifier les cas de domestication liés à des voies qui suggéreraient un processus d'auto-domestication chez l'Homme moderne.
Expériences de l'article :
L'expérience principale a pour but d'identifier les signatures génomiques d'un processus d'auto-domestication chez l'Homme moderne. La démarche est de comparer des séquences de gènes spécifiques à ce processus, entre notre espèce et les espèces domestiquées. Ces gènes sont choisis s'ils sont associés à des signes de** sélection positive** de l'espèce par rapport à son homologue sauvage et sont représentées par la partie codante du gène (pas de séquences régulatrices). Sur la base de reconstructions génomiques, les gènes chez l'humain moderne ont été listé (742 gènes) par rapport aux Néandertaliens et aux Denisoviens. Une même liste de 691 gènes, a été réalisée pour des espèces domestiquées : chien, chat, cheval, bovin.
L'analyse des chevauchements entre ces deux listes de gènes a été faite. Pour confirmer la significativité du chevauchement, une simulation de Monte Carlo a été réalisé : les échantillons de gènes ont été sélectionnés au hasard, sans remplacement, à partir d'un pool de 19 500.
Résultats de l'article :
Les résultats montrent qu'un nombre significatif de gènes sous sélection positive sont partagés entre les espèces domestiquées et l'Homme moderne (41). Cinq gènes ont attiré l'attention (RNPC3, FAM172A, PLAC8L1, GRIK3 et BRAF) car ils sont fortement impliqués, directement ou non, aux fonctions cérébrales, comportementales, à l'anatomie et à l'alimentation. Si ces gènes sont mutés ou inactifs, ils provoquent des pathologies. Parmi ces cinq gènes, le BRAF, notamment, induit le syndrome d'Homme angélique. Les phénotypes de ces patients impliquent des retards cognitif, l'absence d'élocution, un tempérament heureux avec des rires et des sourires facilement provoqués, une bouche ouverte avec une bave excessive et une fixation visuelle fréquente sur les mains avec des mouvements répétitifs stéréotypés des mains, et une microcéphalie postnatale avec un visage étroit. Plusieurs de ces phénotypes ressemblent à ceux qui distinguent les chiens des loups.
Rigueur de l'article :
Les auteurs expliquent qu'ils ont cherché à limiter au maximum les biais et les faux-positifs qu'implique une telle analyse génomique e.g. test de Monte Carlo.
Ils reconnaissent un biais qu'ils n'ont pu éviter : l'utilisation de données génétiques issues de la littérature. Les listes de gènes associés aux signaux de sélection positive sont générées via des outils analytiques différents et au seins d'une même espèce, aucune étude ne s'entend sur une liste définitive.
Ce que cet article apporte au débat :
L'approche d'analyse génomique amène des résultats complémentaires aux analogies anatomiques, réalisées par le passé, entre l'Homme moderne et les espèces domestiquées. Les résultats de cette étude convergent avec l'hypothèse fondée sur les cellules de la crêtes neurales avancée pour saisir la base mécaniste commune des événements de domestication.
Pour les auteurs, le fait de trouver des modifications de séquences liées aux cellules de la crête neurale chez l'Homme moderne par rapport aux Néandertaliens/Denisovans, et que de telles modifications se retrouvent également chez une autre espèce dont on suppose qu'elle a subi une (auto-)domestication, renforce l'hypothèse selon laquelle un processus d'auto-domestication a eu lieu dans notre espèce.
Ainsi, l'apparition du syndrome de domestication ne serait donc pas seulement lié au processus stricte de domestication et s'étendrait à plus d'espèces qu'étudiées dans cette étude.
Publiée il y a plus de 6 ans
par
A.C. Vain.
Dernière modification il y a plus de 6 ans.
L'auto-domestication chez l'Homo sapiens : Perspectives de la génomique comparative
Introduction à l'article :
Anatomiquement, l'Homme moderne (Homo sapiens) est considéré comme une espèce exprimant le syndrome de domestication. Les auteurs soutiennent cette hypothèse, évoque même un processus d'auto-domestication. Cette hypothèse est même utilisée pour expliquer les aspects clés de la cognition humaine. La domestication suit diverses voies et n'est donc pas un processus uniforme e.g. mutualisme, commensalisme. Mais des voies communes peuvent être identifiées, et donc des gènes communs peuvent avoir contribué à des événements de domestication. Leur définition de la domestication sors donc l'humain de sa posture de domesticateur. La différence entre l'Homme moderne et d'autres espèces domestiquées est que les pressions sélectives ont dû être intraspécifiques.
La présente étude a pour but de fournir des données moléculaires pour d'identifier les cas de domestication liés à des voies qui suggéreraient un processus d'auto-domestication chez l'Homme moderne.
L'expérience principale a pour but d'identifier les signatures génomiques d'un processus d'auto-domestication chez l'Homme moderne. La démarche est de comparer des séquences de gènes spécifiques à ce processus, entre notre espèce et les espèces domestiquées. Ces gènes sont choisis s'ils sont associés à des signes de** sélection positive** de l'espèce par rapport à son homologue sauvage et sont représentées par la partie codante du gène (pas de séquences régulatrices). Sur la base de reconstructions génomiques, les gènes chez l'humain moderne ont été listé (742 gènes) par rapport aux Néandertaliens et aux Denisoviens. Une même liste de 691 gènes, a été réalisée pour des espèces domestiquées : chien, chat, cheval, bovin.
L'analyse des chevauchements entre ces deux listes de gènes a été faite. Pour confirmer la significativité du chevauchement, une simulation de Monte Carlo a été réalisé : les échantillons de gènes ont été sélectionnés au hasard, sans remplacement, à partir d'un pool de 19 500.
Les résultats montrent qu'un nombre significatif de gènes sous sélection positive sont partagés entre les espèces domestiquées et l'Homme moderne (41). Cinq gènes ont attiré l'attention (RNPC3, FAM172A, PLAC8L1, GRIK3 et BRAF) car ils sont fortement impliqués, directement ou non, aux fonctions cérébrales, comportementales, à l'anatomie et à l'alimentation. Si ces gènes sont mutés ou inactifs, ils provoquent des pathologies. Parmi ces cinq gènes, le BRAF, notamment, induit le syndrome d'Homme angélique. Les phénotypes de ces patients impliquent des retards cognitif, l'absence d'élocution, un tempérament heureux avec des rires et des sourires facilement provoqués, une bouche ouverte avec une bave excessive et une fixation visuelle fréquente sur les mains avec des mouvements répétitifs stéréotypés des mains, et une microcéphalie postnatale avec un visage étroit. Plusieurs de ces phénotypes ressemblent à ceux qui distinguent les chiens des loups.
Les auteurs expliquent qu'ils ont cherché à limiter au maximum les biais et les faux-positifs qu'implique une telle analyse génomique e.g. test de Monte Carlo.
Ils reconnaissent un biais qu'ils n'ont pu éviter : l'utilisation de données génétiques issues de la littérature. Les listes de gènes associés aux signaux de sélection positive sont générées via des outils analytiques différents et au seins d'une même espèce, aucune étude ne s'entend sur une liste définitive.
L'approche d'analyse génomique amène des résultats complémentaires aux analogies anatomiques, réalisées par le passé, entre l'Homme moderne et les espèces domestiquées. Les résultats de cette étude convergent avec l'hypothèse fondée sur les cellules de la crêtes neurales avancée pour saisir la base mécaniste commune des événements de domestication.
Pour les auteurs, le fait de trouver des modifications de séquences liées aux cellules de la crête neurale chez l'Homme moderne par rapport aux Néandertaliens/Denisovans, et que de telles modifications se retrouvent également chez une autre espèce dont on suppose qu'elle a subi une (auto-)domestication, renforce l'hypothèse selon laquelle un processus d'auto-domestication a eu lieu dans notre espèce.
Ainsi, l'apparition du syndrome de domestication ne serait donc pas seulement lié au processus stricte de domestication et s'étendrait à plus d'espèces qu'étudiées dans cette étude.
Dernière modification il y a plus de 6 ans.