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L'absence de dépression hybride chez Dasyurus hallucatus, un marsupial australien en voie de disparition, suite à des essais de flux génétiques ciblés.
Introduction à l'article :
Le modèle d'étude est Dasyurus hallucatus, un chat marsupial du Nord menacé par une espèce invasive, le crapaud de canne Rhinella marinus. Les marsupiaux sont empoisonnés lorsqu’ils attaquent naïvement le crapaud, entraînant une diminution dramatique de la population native. Une sous-population de marsupiaux (appelés « toad-smart ») s’est adaptée et n’attaque plus les crapauds. Le flux de gènes ciblés est une stratégie émergente qui a pour objectif de favoriser l’adaptation rapide d’une espèce (marsupial) à son environnement devenu défavorable (ici le crapaud). Cette stratégie a pour but de croiser des individus adaptés au sein d’une population native, suite à une réintroduction. Cependant, elle peut défavoriser ces populations à cause de la dépression hybride entraînant une baisse de fitness de l’espèce (incompatibilité allélique/perte d’un allèle " local"). Les auteurs ont donc cherché à tester cette stratégie sur le terrain et à étudier l'impact de la dépression hybride sur ces populations.
Expériences de l'article :
1) Croisement en laboratoire de ces deux populations natives (NT) et de toad-smart (F1) afin d'obtenir des hybrides.
2) Introduction des lignées F1 (54 individus : 13 hybrides F1 ainsi que 31 F1 NT et 10 mâles F1 toad-smart). Aucune femelle toad-smart n'a été relâchée afin de préserver l'ADN mitochondrial "local".
3) Des techniques de piégeage (marquage-recapture) et d'échantillonnage génétique ont été utilisées afin d'estimer la population ainsi que leur pourcentage d'hybridation au cours du temps (séquençage des SNP ou Single Nucleotide Polymorphism).
Résultats de l'article :
Les données génétiques suggèrent que la proportion de génomes toad-smart a augmenté de 29,4% dans la population relâchée (génération F1) à 40,2% sur l'ile (génération F2). Ces résultats peuvent néanmoins être biaisés à cause du nombre élevé d'individus F2 hybrides échantillonnés sur l'île. La dépression hybride ne semble pas avoir d'impact (des hybrides F2 viables, rétrocroisements observés, vigueur hybride des F1) bien que les données semblent insuffisantes pour l'instant. A cela s'ajoute une réduction significative de la taille de la population des marsupiaux au cours des deux années suite à des catastrophes naturelles (incendie, un cyclone, la prédation).
Leurs résultats préliminaires sont quand même un exemple permettant de dire que cette technique de conservation peut être utilisée et que sur cet exemple, la dépression hybride ne semble pas avoir eu d'impact sur cette population testée.
Rigueur de l'article :
Les données ont été récoltées sur 3 années. Ce laps de temps est assez faible en termes d'évolution afin de réellement suivre une population sauvage et d'observer un impact significatif (positif ou négatif) de cette technique. De plus les auteurs n'ont pas pu analyser et présenter les résultats de séquençages génétiques, concernant les générations F3 des marsupiaux nés sur l'île, pour cause de problèmes irrésolus du processus de purification des séquences.
Les échantillons des populations hybrides réintroduites étaient également faibles, cela étant provoqué en grande partie par le statut d'espèce en danger dès le départ des expériences.
Ce que cet article apporte au débat :
Cet article présente une méthode de conservation (le flux ciblé de gènes) dans laquelle la dépression hybride peut être un frein au maintien d'une population sauvage. Il démontre que cette technique est applicable à condition de réaliser des études de génomiques approfondies sur les populations en amont ainsi que de surveiller les populations "hybrides réintroduits". Les auteurs ont au préalable étudié les populations de marsupiaux. L’étude de l’ADN mitochondrial à montrer que les populations divergeaient sur ce loci entre 3 et 7%. Ils ont fait l’hypothèse que le risque de dépression hybride était faible. Cet article pose ainsi la question de la limite de divergence pouvant amener à la spéciation ainsi que le pourcentage de similarité entre des populations divergentes permettant de limiter la dépression hybride.
L'absence de dépression hybride chez Dasyurus hallucatus, un marsupial australien en voie de disparition, suite à des essais de flux génétiques ciblés.
Introduction à l'article :
Le modèle d'étude est Dasyurus hallucatus, un chat marsupial du Nord menacé par une espèce invasive, le crapaud de canne Rhinella marinus. Les marsupiaux sont empoisonnés lorsqu’ils attaquent naïvement le crapaud, entraînant une diminution dramatique de la population native. Une sous-population de marsupiaux (appelés « toad-smart ») s’est adaptée et n’attaque plus les crapauds. Le flux de gènes ciblés est une stratégie émergente qui a pour objectif de favoriser l’adaptation rapide d’une espèce (marsupial) à son environnement devenu défavorable (ici le crapaud). Cette stratégie a pour but de croiser des individus adaptés au sein d’une population native, suite à une réintroduction. Cependant, elle peut défavoriser ces populations à cause de la dépression hybride entraînant une baisse de fitness de l’espèce (incompatibilité allélique/perte d’un allèle " local"). Les auteurs ont donc cherché à tester cette stratégie sur le terrain et à étudier l'impact de la dépression hybride sur ces populations.
1) Croisement en laboratoire de ces deux populations natives (NT) et de toad-smart (F1) afin d'obtenir des hybrides.
2) Introduction des lignées F1 (54 individus : 13 hybrides F1 ainsi que 31 F1 NT et 10 mâles F1 toad-smart). Aucune femelle toad-smart n'a été relâchée afin de préserver l'ADN mitochondrial "local".
3) Des techniques de piégeage (marquage-recapture) et d'échantillonnage génétique ont été utilisées afin d'estimer la population ainsi que leur pourcentage d'hybridation au cours du temps (séquençage des SNP ou Single Nucleotide Polymorphism).
Les données génétiques suggèrent que la proportion de génomes toad-smart a augmenté de 29,4% dans la population relâchée (génération F1) à 40,2% sur l'ile (génération F2). Ces résultats peuvent néanmoins être biaisés à cause du nombre élevé d'individus F2 hybrides échantillonnés sur l'île. La dépression hybride ne semble pas avoir d'impact (des hybrides F2 viables, rétrocroisements observés, vigueur hybride des F1) bien que les données semblent insuffisantes pour l'instant. A cela s'ajoute une réduction significative de la taille de la population des marsupiaux au cours des deux années suite à des catastrophes naturelles (incendie, un cyclone, la prédation).
Leurs résultats préliminaires sont quand même un exemple permettant de dire que cette technique de conservation peut être utilisée et que sur cet exemple, la dépression hybride ne semble pas avoir eu d'impact sur cette population testée.
Les données ont été récoltées sur 3 années. Ce laps de temps est assez faible en termes d'évolution afin de réellement suivre une population sauvage et d'observer un impact significatif (positif ou négatif) de cette technique. De plus les auteurs n'ont pas pu analyser et présenter les résultats de séquençages génétiques, concernant les générations F3 des marsupiaux nés sur l'île, pour cause de problèmes irrésolus du processus de purification des séquences.
Les échantillons des populations hybrides réintroduites étaient également faibles, cela étant provoqué en grande partie par le statut d'espèce en danger dès le départ des expériences.
Cet article présente une méthode de conservation (le flux ciblé de gènes) dans laquelle la dépression hybride peut être un frein au maintien d'une population sauvage. Il démontre que cette technique est applicable à condition de réaliser des études de génomiques approfondies sur les populations en amont ainsi que de surveiller les populations "hybrides réintroduits". Les auteurs ont au préalable étudié les populations de marsupiaux. L’étude de l’ADN mitochondrial à montrer que les populations divergeaient sur ce loci entre 3 et 7%. Ils ont fait l’hypothèse que le risque de dépression hybride était faible. Cet article pose ainsi la question de la limite de divergence pouvant amener à la spéciation ainsi que le pourcentage de similarité entre des populations divergentes permettant de limiter la dépression hybride.
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