La découverte de virus géants tels que _Mimivirus _interroge sur la définition et leur inclusion au sein du vivant. Traditionnellement, le monde vivant est défini par les chercheurs grâce à l'ARN ribosomique. Or, les virus n'en possédant pas, ils sont systématiquement exclus de cette définition. Mais ils présentent des interactions avec les différents embranchements, et jouent donc un rôle évolutif. De plus, de par leur impact sur la santé humaine, ils ont principalement été étudiés dans le cadre de la médecine, et non de l'évolution.
Les auteurs apportent de nouveaux éléments au débat, en créant un nouveau système de classification dichotomique : les organismes codant les ribosomes et ceux codant les capsides. Le premier groupe inclue les archées, bactéries et eucaryotes, tandis que le second inclue les virus. Un troisième groupe, les réplicons orphelins est également introduits.

Le but est de voir quels sont les synapomorphies, ou les caractères communs permettant de distinguer les deux classes de l'article. Pour ce faire, une comparaison entre virus, bactéries, archées et métazoaires a été effectuée. Cette comparaison se base sur des clusters de groupes orthologues, c'est-à-dire la comparaison de gènes communs dans des groupes différents. Quatre modèles d'études ont été utilisés, un pour chaque groupe d'intérêt (virus, bactérie, eucaryote, archée).
Par la suite, les auteurs se sont concentrés au niveau viral, sur la structure protéique commune de la capside. Pour cela, 3 groupes de virus ont été comparés, chacun infectant un des domaines du vivant.

Ces comparaisons ont mis en évidence deux groupes bien distincts. Premièrement, les groupes orthologues de gènes ont soulignés un nombre plus important de gènes mobilisés dans la traduction chez les eucaryotes, les bactéries et les archées que chez les virus. Cela indique par conséquent un manque de ribosomes chez les virus, les excluants du premier groupe.
L'idée fut ensuite de chercher s'il y avait une origine commune des virus. Il a ainsi été mis en évidence une structure commune dans la formation de la capside. La protéine en question possède un repli, à double enroulement qui n'est présent que chez les formes virales, légitimant la création d'un groupe d'organismes encodant pour des capsides.
Un dernier groupe a également été énoncé, celui des réplicons orphelins. Il contient des formes pouvant parasiter les deux autres groupes, ne codant ni pour ribosomes ni pour capsides. Leur origine reste cependant inconnue. Ce groupe contient les viroïdes, transposons et autres plasmides.

La méthodologie n'est pas développée dans l'article, et il ne semble pas y avoir de support complémentaire précisant la méthode. Ainsi, les figures obtenues ont une origine inconnue, ce qui peut entraver la répétabilité de l'expérimentation scientifique.
De plus, même si l'idée est intéressante, il est important de tempérer les propos. En effet, en forçant une dichotomie, il est possible de trouver des arguments dans le sens de l'hypothèse, même si celle-ci est fausse. Or ici, une seule synapomorphie a été trouvée pour chacun des groupes présentés, et ont été observées sur une faible diversité d'organismes (seuls les virus à capside icosaédrique ont été pris en compte ici). Nous sommes peut être ici en face d'un biais d'échantillonnage. Ce constat n'a pas été soulevé par les auteurs.

Les auteurs apportent grâce à l'expérimentation des arguments en faveur de la controverse. Les virus ont des caractères commun partagés et peuvent être inclus dans un groupe distinct des autres formes de vie. Des caractères partagés impliquent une origine commune, et donc les prémices d'un questionnement sur l'évolution de ce groupe. Au sein de ce débat, les auteurs ancrent donc un argument central en faveur : les virus appartiennent à un groupe aux caractéristiques uniques, encodant pour une capside, et par conséquent, forment un nouvel embranchement dans le vivant. Ce sont les bases de ce qui sera par la suite développé : les ribocells et les virocells.