Les objectifs de ce papier sont multiples. Dans un premier temps, l'auteur reprend les nombreuses définitions de l'espèce et met en avant la difficulté d'arriver à une signification claire. Il propose par la suite d'aborder le cas des virus. A l'aide de rappels historiques l'auteur montre comment a évolué la compréhension que l'Homme en a, puis les différentes propriétés auxquelles il a été attribué, et enfin, les conflits soulevés par cette thématique. Il démontre par la suite les problématiques actuelles d'intégration des virus dans l'arbre du vivant. Enfin, il répond à la question de la nature de la vie : qu'est-ce qu'un être vivant, et où sont les limites entre le vivant et le non-vivant ?
L'article aborde donc 3 thématiques majeures en biologie, à l'origine de controverses :

• Qu'est-ce qu'une espèce ?
• Qu'est-ce qu'un virus ? Est-ce vivant ?
• Qu'est-ce que la vie ? (d'un point de vue biologique et non philosophique)

Ces trois problématiques sont interconnectées, d'où l'importance pour l'auteur de les regrouper au sein d'un article de synthèse.

Dans le cadre de la controverse sur les virus, ne seront abordé dans cette analyse que les deux derniers points de l'article.

Qu'est ce qu'un virus ?

Petit rappel historique :
C'est en 1935 que les virus ont été découverts, sur la feuille de tabac. En effet, la mosaïque du tabac est une maladie qui ravageait les plants à cette époque, sans que sa nature ne soit comprise. La découverte de ces entités a été un grand événement en biologie. Les chercheurs pensaient alors avoir découvert le "chaînon manquant" entre le non-vivant et les cellules primitives.

Or pour l'auteur, la situation a évolué : lors de la parution de l'article, les virus étaient considérés comme des parasites génétiques, incapables d'activité métabolique. Ils restent cependant des entités biologiques, par le fait qu'ils possèdent un génome, et qu'ils présentent de l'adaptabilité (d'hôtes et d'habitats). Attention donc à ne pas confondre un être vivant et une entité biologique. Cette dernière est intégrée au sein du vivant sans être elle-même vivante (comme c'est le cas des organites).
L'auteur insiste ensuite sur l'importance de distinguer le virus du virion, qui n'est qu'une étape de son cycle. Un avertissement similaire est présenté dans Forterre, 2016.

D'un point de vue taxonomique, regrouper les virus dans des espèces est délicat. C'est à la fois quelque chose de nécessaire, car cela facilite la communication entre les spécialistes, mais reste difficile. En effet, en plus des limites liées à la définition d'une espèce, les virus possèdent peu de caractères partagés. Il est ainsi aisé de distinguer les virus des organismes inclus dans l'arbre du vivant, mais il est difficile de distinguer les virus entre eux, ce qui mène généralement à de la polyphylie. Il existe donc un code international de nomenclature taxonomique applicable à des virus, mais celui-ci n'a pas pour ambition de retracer leur histoire évolutive, contrairement aux autres groupes. L'auteur se positionne donc de manière implicite : il n'est pas possible d'intégrer les virus au sein de l'arbre du vivant, contrairement à ce que d'autres auteurs ont proposé (pour cela, se référer à Raoult et Forterre, 2008).

Qu'est ce que la vie ?

Pour comprendre ce qu'est la vie, l'auteur propose de se tourner vers l'observation des êtres vivants et de voir ce qu'ils partagent. Trois points principaux en ressortent :

• Il faut une propriété structurelle (de l'acide nucléique, des protéines, une membrane)
• Une propriété fonctionnelle (la croissance, le développement, la reproduction, l'auto-réparation)
• Du métabolisme et une adaptation face à l'environnement.

Les virus ne répondant pas aux critères d'autonomie fonctionnelle, n'ayant pas de métabolisme ni de comportement de reproduction sont donc exclus du vivant pour l'auteur.

A la lecture de cet article, plusieurs points sont à soulever. Premièrement, l'effort d'impartialité est notable. En effet, l'article énonce et développe chacun des arguments avancés par les deux camps, sans laisser transparaître sa vision sur la controverse. Cependant, le développement de son propre point de vue est critiquable. Il ne se positionne clairement que dans la dernière phrase de son article. Peu d'arguments nouveaux ou importants pour la controverse sont mis en avant lors de ce développement, ce qui peut remettre en question la légitimité de l'auteur.
Il existe également un manque de citations lors d'affirmation d'arguments considérés comme généralement acquis par la communauté scientifique. A plusieurs reprises dans son développement, l'auteur utilise cette formulation sans appuyer avec des exemples, empêchant le lecteur de vérifier ses dires. On est alors à même de douter la légitimité de ces fameux arguments.

La notion d'espèce ainsi que l'utilisation des phylogénies définissent implicitement les modèles étudiés comme des êtres vivants. L'article vient donc contrer cette idée reçue, et ces arguments de plus en plus énoncés du côté de la défense. La notion d'espèce est floue, et une espèce virale est créée pour des besoins différents qu'une espèce en taxonomie. Il est difficile de trouver des synapomorphies permettant de positionner les virus au sein de l'arbre du vivant. On observe d'ailleurs avec cet article le début d'un shift de problématique. En effet, la question des virus vivants ou non est de plus en plus délaissée, au profit de la question de l'intégration ou non des virus au sein de l'arbre du vivant. Cette nouvelle problématique, dominante dans les articles récents (2010 - 2020) ne doit pas être vue comme une problématique isolée, mais bien issue de la première.