Dans les débats actuels décrivant le vivant, il est majoritairement admis qu’il inclut des formes de vie cellulaires pouvant se nourrir, grandir, métaboliser et se reproduire. Tous ces concepts ont pour consensus que le vivant aurait émergé à partir des interactions de composants chimiques non-vivants. Une bonne définition du vivant doit aussi expliquer de façon cohérente les phénomènes périphériques du vivant, comme la cryptobiose, cas dans lequel l’activité métabolique est peu perceptible, l’hypothèse du gène égoïste, la symbiogénèse… Dans un récent article, Moreira et Lopez Garcia ont présenté dix raisons pour lesquelles les virus doivent être exclus de l’arbre du vivant avec pour principaux arguments qu’ils ne peuvent se sustenter et se répliquer eux-mêmes, leur polyphylie et l’origine cellulaire de leurs gènes. Ten reasons to exclude viruses from the tree of life
En réponse à cet article, les auteurs rappellent que la plupart des adaptations ont une origine virale et que les différentes stratégies de survie des virus peuvent parfois s’opposer dans une population, et ce, de différentes façons. Ces stratégies de survie permettent aux virus de transmettre leurs phénotypes complexes à leur hôte, permettant à ce dernier d’élargir son potentiel évolutif pouvant mener à la création de nouvelles espèces. La création de tous les domaines de l’arbre du vivant : les familles, les genres ainsi que les espèces, repose sur les effets de la colonisation virale et résultante dans des lignées diversifiée et en définitive sur l’évolution de nouvelles espèces.
La lettre de réponse se finit en rappelant que, comme n’importe quel arbre, l’arbre du vivant n’est pas constitué que de la souche, des branches et des feuilles seules. Dans l’état actuel de nos connaissances, la souche des arbres actuels est en lien très étroit avec la Rhizosphère, coordonnant la croissance et le développement. Sans équilibre avec la Rhizosphère, les arbres établis ne fonctionneraient pas. L’écologie de la Rhizosphère est un exemple particulier d’interactions non égoïstes et de coévolutions dépendant crucialement de processus fonctionnant en parallèle entre les différents types de cellules racinaires, des michoryzes et des bactéries rhibozias, tous capables de se différencier. Ces capacités auraient une origine virale : les agents viraux persistants qui ont colonisé tous ces types d’organismes caractéristiques de l’écologie de la Rhizosphère ont généré une grande variété d’hôtes possibles pouvant s’identifier et communiquer entre eux. Si la métaphore de l’arbre du vivant doit être encore utile à l’avenir, nous devons nous rappeler que les virus ont été et sont toujours des agents essentiels au sein de l’arbre du vivant.

Cette lettre de réponse s'oppose à un autre article de la controverse et répond négativement à l'interrogation quant à savoir si les virus sont des organismes vivants. C'est une lettre de réponse rigoureuse et apportant des arguments que nous avons pus revoir dans d'autres articles qui ont suivis. Un article indispensable pour notre controverse.