HIV-1 et 2 sont des virus humains de la famille des lentivirus. Les lentivirus contiennent également de nombreux virus simiens dont des SIV présent chez au moins trente espèces de singes africains. HIV-1 est responsable de la pandémie de SIDA et est divisé en quatre groupes : M, N, O et P. Le groupe M est le plus répandu et est issu de SIVcpz_Ptt_ (présent chez le chimpanzé Pan troglodytes troglodytes) tout comme le groupe N, tandis que les groupes O et P sont issus de SIVgor (présent chez le gorille Gorilla gorilla gorilla).
Cette étude s'intéresse aux mécanismes moléculaires du franchissement de la barrière inter-espèces (passage de SIV chez le singe à HIV chez l'homme) en recherchant des sites de changement génétique associé à la transmission inter-espèces qui pourraient représenter une adaptation de SIVcpz à l'hôte humain.

Trois expériences sont réalisées dans cet article.

La première expérience est une analyse de séquence de 12 souches de SIVcpz_Ptt_ et de 3 souches de HIV-1 à la recherche d'une modification génétique conservée chez tous les SIVcpz_Ptt_ mais pas chez HIV-1.
Dans la seconde expérience, les auteurs comparent des souches de HIV-1 adaptées à ce répliquer chez le chimpanzé avec les souches de HIV-1 "parentales" dont elles sont issues.
Enfin, dans une dernière expérience, l'effet de la mutation trouvée lors de la première expérience sur la réplication du virus est étudié à la fois chez le chimpanzé et l'humain.

• L'acide aminé 30 de la protéine p17 codée par le gène Gag est conservé chez SIVcpz_Ptt_ et chez SIVgor sous forme d'une méthionine (M), mais est muté dans le HIV en un acide aminé basique (arginine R ou lysine K). Donc une forte pression de sélection s'exerce sur cet acide aminé selon l'espèce et suggère un rôle important dans la spécificité à l'hôte. De plus pour chacun des passages du singe à l'homme cette substitution de methionine en arginine ou lysine a eu lieu.
• Dans les souches de HIV-1 adaptées au chimpanzé, l'une des mutations ayant eu lieu est cette substitution de gag30 d'une argine ou lysine en méthionine.
• Concernant la réplication du virus, si gag30 est une méthionine le virus se réplique mieux chez le chimpanzé que chez l'homme tandis que si gag 30 est une lysine le virus se réplique mieux chez l'homme que chez le singe. Donc cette mutation est importante pour une meilleure réplication adaptée à l'hôte.

Cet article généralise la situation à tous les HIV-1 avec seulement 3 souches et pointe pourtant le fait que le sous-type C de HIV-1 M possède une méthionine et non un résidu basique. De plus ce sous-type est très répandu et n'est pas un sous-type ancestral, ce qui suggère qu'il y a eu une réversion de l'arginine en méthionine. Ceci montre que cette substitution n'est pas nécessaire à la propagation du virus chez l'humain, mais reste possiblement un facteur aidant le franchissement de la barrière inter-espèces.
En outre, aucune hypothèse convaincante n'est donnée pour expliquer le fait qu'une mutation d'une protéine de matrice améliore la réplication virale selon l'hôte.

A l'inverse, on peut noter qu'une certaine rigueur a été observée puisque seules les mutations conservées dans les 12 séquences de SIVcpz ont été conservées et que les acides aminés retrouvés chez HIV-1 avec une nature physico-chimique proche de l'acide aminé présents chez SIV n'ont pas été pris en compte.

L'article apporte une nouvelle hypothèse pouvant expliquer le franchissement de la barrière inter-espèces. De plus, il démontre qu'une seule mutation ayant eu lieu après des transfusions sanguines de virus permet d'améliorer la réplication d'un lentivirus selon son hôte.