Un des aspects importants de cette controverse porte sur l'intégrité écologique des zones urbaines : si les zones urbaines peuvent avoir une intégrité écologique, alors on peut les envisager comme un habitat à part entière pour la biodiversité, et non plus seulement comme destructrices d'habitat.
Poser la question de l'intégrité écologique des zones urbaines implique de réfléchir d'une part à la définition de la notion "d'intégrité écologique" lorsqu'elle est appliquée à un écosystème urbain, et d'autre part à la définition même de l'écosystème urbain que l'on considère.
Les auteurs questionnent l'intégrité écologique des forêts urbaines et synthétisent les différents points de vue sur le concept et la définition de "forêt urbaine" dans cet article de review.

La controverse sur l'intégrité écologique des zones urbaines est dépendante de la définition et de la façon de mesurer l'intégrité écologique du système. Deux camps s'opposent :
D'une part on peut comprendre l'intégrité écologique comme seulement dépendant des fonctions écologiques (processus écologiques) de l'écosystème, comme le stockage du carbone. Le concept ne reflète alors pas les structures écologiques, telles que les associations avec la vie sauvage ou le ratio d'espèces natives. Les mesures sont alors souvent faites à l'échelle de l'arbre individuel, et on peut conclure que certains écosystèmes urbains ont une certaine intégrité écologique.
D'autre part, on peut considérer qu'il y a intégrité écologique si à la fois les fonctions et la structure de l'écosystème sont maintenues. On compare alors l'écosystème urbain à l'écosystème naturel avant urbanisation, et on conclue généralement à un manque d'intégrité écologique.

Cet article de revue semble très rigoureux : il présente assez objectivement les deux façons de considérer l'intégrité écologique, et les deux camps sont très bien documentés, par des articles scientifiques.

Cet article montre la dépendance de la controverse sur l'intégrité écologique à la définition de l'écosystème urbain et au concept d'intégrité écologique lui-même. Il démontre que notre interprétation de la notion d'intégrité écologique à moins à voir avec la réalité naturelle, dynamique, qu'avec la prise de position que l'on adopte, selon ce que l'on considère important dans la nature. La question suivante est posée : doit-on considérer (et gérer) un écosystème urbain comme, et en comparaison avec, des systèmes naturels non-anthropisés ou doit-on nécessairement prendre en compte une composante socio-économique lorsqu'on définit ces concepts ? De ce choix émergent des conclusions assez différentes. Il est cependant évident que des écosystèmes urbains ne feront pas "aussi bien" que leur équivalent naturel non perturbé. La question est donc de définir des standards "urbains" qui pourront permettre d'orienter la gestion des zones urbaines pour une meilleure intégration des activités humaines.