Comprendre la construction, à l'échelle locale et régionale, de communautés bactériennes dans un environnement d'eau douce implique de nombreux paramètres biogéochimiques tels que l'osmolarité, la température et la disponibilité en nutriments. Selon la théorie neutre "The Unified Neutral Theory of Biodiversity and Biogeography", Stephen P.Hubbell, la dispersion des espèces est relative à la capacité d'un taxon à coloniser un autre milieu, à l'arrivée d'autres espèces dans le milieu pouvant perturber la communauté, mais aussi par la balance stochastique de paramètres comme l'immigration ou l'extinction d'une espèce.
Il semblerait que la théorie neutre puisse expliquer la structure des communautés de bacterioplankton à l'échelle locale et régionale (Sloan et al. 2006; Woodcock et al. 2007; Oteru et al. 2010), mais peu d'études statistiques ont été réalisées sur le sujet.

Dans cette étude, les chercheurs vont essayer de comprendre la distribution de populations de bacterio-planctons, dans un panel de 49 lacs naturels et artificiels, par prélèvements tous les mois pendant 2 ans. Ces lac se situent à proximité de Paris.
La démarche expérimentale implique l'utilisation de "terminal restriction fragments lenght polymorphisms" d'ARN 16S (T_RFLP).

Les résultats montrent que les conditions environnementales et spatiales jouent un rôle mineur dans la construction des communautés bactériennes au niveau régional. Le modèle de théorie neutre est très efficace dans la prédiction de T-RF (terminal restriction fragments), ce qui implique qu'au niveau local, les communautés sont régies par les effets stochastiques tels que l'apparition de nouveaux taxons. L'adaptabilité des bactéries au niveau local serait très peu influencée par les effets aléatoires, grâce à un génome hautement plastique. Sur le long terme, ils observent une diminution de la diversité beta, ce qui minimise l'effet de la métacommunauté sur la communauté locale. Les effets de température sont très variables sur le temps de prélèvements notamment dans le lac de Créteil, mais ce phénomène ne concorde pas avec l'abondance relative des espèces.

Etude de type métagénomique, qui présente tous les biais de ce type de méthodes d'analyses. Les statistiques ont été effectuées sur une période de 2 ans, ce qui montre un grand nombre d'échantillons à raison d'un prélèvement par mois. Aucune indication très précise sur le local, avec un nombre de prélèvements significatifs par lacs. De plus les méthode de type "fingerprinting", ne donnent pas d'indication concernant les communautés bactérienne en petites proportions.

Cette article montre que la théorie neutre est en adéquation avec la prédiction et la compréhension de la construction des communauté bactérienne dans les lacs.

D'un point de vue microbiologique, les communautés de bactéries au niveau locale se construisent et survivent en fonction de leur habilité à s'adapter à un environnement. Les mutations qui se produisent de manière très fréquente dans les génomes, permettent ou non à une souche d'être sélectionnée par les conditions de l'environnement. Au niveau régionale, la diversité statistique pourrait biaiser le test, en sachant que la surface est tellement grande que aucune conclusion réelle ne peut être faite sur l'implication des conditions météo par exemple.