Mesurer la diversité des microbes est une chose compliquée notamment car les outils permettant ces études sont relativement récents. Les micro-organismes ont des vitesses d'évolution souvent rapides et sont capables de se disperser facilement. Cette étude vise à comprendre la répartition biogéographique et l'histoire évolutive des bactéries du genre Streptomyces aux Etats-Unis. Les bactéries du genre Streptomyces sont ubiquitaires dans les sols. De plus, elles produisent des spores capables de résister au manque de nutriments, aux rayonnements UV, à la dessiccation et permette aux bactéries de se disperser dans son environnement.

Cette étude a été réalisée sur l'analyse d'un échantillon de 924 souches de Streptomyces qui ont été isolées dans 15 sites différents des Etats-Unis. Des mesures de caractéristiques environementales (températures, précipitations, pH du sol) ont été réalisées pour chaque site. Ensuite, les isolats ont été amplifiées par PCR puis le gène de la rpoB (sous-unité β de RNA polymerase) a été séquencé. Les séquences de rpoB ont été alignées à l'aide de l'outil MUSCLE puis analysées à l'aide de différents outils de phylogeny. Les mesures de diversité ont été réalisée à l'aide de l'outil RAMI.

Les auteurs ont d'abord confirmé qu'il y avait un lien entre la diversité et la distance qui sépare les différents sites. Ils ont montré que la dissimilarité phylogénique et taxonomique augmentait en même temps que la distance géographique entres les sites (Fig 1). Une explication à cette observation est que la capacité de dispersion chez le genre Streptomyces est limitée et une hypothèse alternative est l'hypothèse de panmixie et de sélection par l'environnement des souches. Les analyses de diversité (β) ont montré que seul la latitude et le pH du sol avait un impact sur la diversité β. Cette analyse a montré que la diversité phylogénique avait tendance à diminuer avec l'augmentation de latitude. Cette corrélation a aussi été retrouvée pour la température. L'hypothèse de conservatisme de niche explique ce gradient latitudinal de diversité et la présence au Nord des Etats-Unis d'un glacier pendant la période du Pleisotcene serait l’événement historique ayant mis en place ce gradient.

L'échantillon comprend un grand nombre de souches de Streptomyces (924 souches) et l'échantillonnage a été réalisé dans 15 sites différents qui ont été choisi pour que l'habitat des bactéries soit relativement similaire. Les analyses ont été réalisées avec des outils fiables mais un seul gène a été pris en compte (rpoB) or il aurait été intéressant de travailler sur plus de gènes, voir sur des génomes entiers.

Cette article montre qu'il existe aussi des gradients latitudinal de biodiversité chez certains micro-organismes et pas seulement chez les organismes complexes. De plus, il permet de relié la diversité avec des facteurs à des événements climatiques historiques. Pour le genre Streptomyces, les variations de diversité aux Etats-Unis sont liées à la présence ou l’absence d'un glacier sur la partie Nord des Etats-Unis au _Pleisotcene et qui permis l'expansion des espèces situées plus au Sud.