On s'inquiète de plus en plus des effets de la surpêche sur les populations d'espèces ciblés, mais on tient peu compte des effets plus généraux de la pêche sur les autres composantes de l'écosystème. Ainsi, on se concentre sur certaines des implications plus larges des effets de la pêche sur les communautés marines et les écosystèmes. L'objectif est d'examiner l'interaction entre les pêcheries et les systèmes associés et de discuter de certaines options de gestion, de leurs risques inhérents et de leurs gains potentiels. Plutôt que d'offrir un examen exhaustif, le but est de souligner la gravité de ce problème. On présume souvent que l'exploitation d'un patrimoine commun est plus un droit qu'un privilège. Cette présomption ne reconnaît pas que l'exploitation des ressources marines peut également nuire à l'environnement général. Les répercussions de ces impacts sur les écosystèmes sont importantes et devraient déterminer ce que nous considérons être des niveaux d'utilisation «acceptables» et des effets corollaires. Il est essentiel de reconnaître que les risques comprennent de nombreux facteurs en plus des effets directs sur les espèces ciblés. La capture accessoire est peut-être l'impact environnemental général le plus grave des pêches modernes. Comme le processus est hors de vue du public et qu'il y a peu d'études objectives, les données sont insuffisantes et l'attention portée au problème a été limitée. Les captures accidentelles de mammifères, de tortues et d'oiseaux sont particulièrement préoccupantes car ce sont des espèces de premier plan souvent protégées par la législation. Il existe de bonnes raisons biologiques de s'inquiéter de la conservation d'espèces telles que celles-ci, ainsi que des requins, des rayons et des nombreuses espèces d'eau profonde qui ont des caractéristiques biologiques de reproduction très retardée et faible fécondité. La survie des adultes est extrêmement importante pour les populations soutenues de ces espèces et elles sont très vulnérables à une mortalité même modérément augmentée. Les tortues marines et autres organismes marins qui se nourrissent des ressources halieutiques ciblées sont capturés par capture accidentelle ou accidentellement par contact avec des engins de pêche, ou sont forcés de modifier leur comportement en évitant ou en réponse au stress lié à la pêche. On craint de plus en plus que les habitats de pépinière pour la plupart des espèces de tortues de mer soient également vulnérables à la dégradation de l'environnement causée par la pêche. Il est suggéré que les zones de convergence continentale ou de haute mer et les cellules de Langmuir puissent constituer un habitat essentiel pour les tortues juvéniles. Ces zones souffrent de la pollution chronique des navires et des débris terrestres et sont des zones cibles pour certaines pêcheries. Le chalutage et d'autres types de méthodes de pêche ont causé la destruction de nombreux habitats. La pêche sur les récifs coralliens est devenue extrêmement dommageable pour les récifs eux-mêmes. Un récent atelier international de spécialistes des récifs coralliens a classé la surpêche comme le danger le plus important, surtout lorsque la dynamite est utilisée pour faire sauter les récifs et les poissons d'étourdissement. Cela implique la perte de la structure du récif qui offre une protection importante contre les vagues de tempête ainsi que la protection contre les prédateurs, les aires de reproduction et de pépinière, etc. Il est donc essentiel d’adapter des systèmes de pèches qui respectent le rôle des espèces dans les écosystèmes et que la pêche en masse n’est pas durable comme la gestion des populations (prévient la diminution de biodiversité), les réserves naturelles et diminuer les débris dans l'eau.

Cette review a fait preuve d'une étude bibliographique très approfondie tout en citant le manque de données dans certaines situations. Ils ont pu décrire l'impact du la pêche sur différents écosystèmes et espèces séparément.

Dans les cas d'un régime végétarien où les poissons et fruits de mer sont consommés souvent comme dans les régime omnivore ou occasionellement, on voit que la pêche a bien des conséquences délétères et souvent irréversible sur les écosystèmes marins. Un abondant de la consommation de poisson, avec un régime végétalien peut donc améliorer l'équilibre des communautés marines et la protection des habitats sensibles.