Une nouvelle théorie sur l'origine et la nature des virus.

A travers cette article spéculatif, l'auteur propose une nouvelle théorie concernant l'évolution des virus. Au moment où est écrit cet article, 3 hypothèses concernant l’origine des virus existent. Celles-ci sont très similaires aux théories actuelles, bien qu'énoncées différemment:

• l'hypothèse du "protobionte" qui propose que les virus aient évolué directement depuis des molécules de la "soupe primordiale" des débuts de la vie. Ils ne seraient ainsi jamais passés par un stade cellulaire.
• l'hypothèse par réduction qui propose que les virus proviennent d’une réduction de cellules parasites.
• l'hypothèse de l’endogenèse (similaire à l’hypothèse par échappée ponctuelle) qui suggère que les virus proviennent d’éléments génétiques cellulaires ayant acquis une capacité à produire des virions.

L'auteur propose alors une variante de l'hypothèse par réduction selon laquelle les virus auraient pour ancêtre une bactérie parasite intra-cellulaire. La nouveauté de l'hypothèse de l'auteur repose sur la structure considérée comme étant le résultat de la réduction cellulaire. Si le virion était alors vu comme l'équivalent réduit de la cellule parasite ancestrale, l'auteur considère, quant à lui, que seul le stade intra-cellulaire du virus peut être considéré comme tel. Les virions seraient alors plutôt considérés comme équivalents à des spores, c'est-à-dire à des structures de reproduction résistantes. L'analogie entre virions et spores réalisée par l'auteur est à l'origine de sa proposition d'une origine bactérienne des virus, la sporulation étant son mode de reproduction initial.

L'article décrit alors les différentes étapes de réduction qui pourraient permettre la transition d'une cellule bactérienne à un virus. Tout d'abord, la capacité à la production de spores aurait été conservée par la bactérie parasite, car elle aurait conféré une résistance dans un environnement difficile menant souvent à la destruction de la cellule-hôte. Ensuite, un avantage à utiliser des molécules de l'hôte, plutôt que des molécules qu'elle synthétiserait elle-même, aurait mené à la perte des gènes correspondants (ou homologues) chez la bactérie. En parallèle, cette dépendance croissante aux molécules de l'hôte aurait favorisé la disparition de toute paroi cellulaire. En effet, une paroi représente un frein à la diffusion desdites molécules. Sans cette paroi, le génome de la bactérie, réduit mais toujours capable de produire des spores, ressemblerait, en effet, à un virus.

Certaines questions restent cependant sans réponses. La première inconnue concerne l'acquisition par les spores d'une capacité à infecter de nouvelles cellules en traversant leur membrane. Une autre concerne la conservation d'une capacité à encapsuler un génome dans une spore, alors que ce génome n'est plus présent dans un contexte cellulaire bactérien. Enfin, il est possible de s'interroger sur les mécanismes ayant permis la survie d'un génome étranger et libre dans la cellule-hôte.

Le travail réalisé n'étant que théorique, il ne s'appuie sur presque aucune observation ou preuve expérimentale. L'analogie réalisée entre les capsides virales et les spores bactériens mériterait par exemple d'être étayée par des comparaisons de leur structure et mécanismes de production. Le manque d'arguments empiriques est partiellement dû au contexte temporel de l'article, publié il y a déjà trente ans, mais dans l'ensemble, les propositions de l'auteur devraient donc être prises avec circonspection.

L'auteur tente de montrer que l'hypothèse par réduction, un peu abandonnée à la période où sort cet article, devient plus vraisemblable si l'on considère le stade intracellulaire du virus comme équivalent à la cellule dont les virus descendraient. Le virion, quant à lui, serait équivalent à un spore. Cette dernière équivalence mise à part, cette proposition est très proche de celle réalisée par J.M. Claverie en 2006, et qui a percolé depuis dans la communauté scientifique.

Il est intéressant de lire un article de biologie théorique. Il semblerait que cette discipline est assez confidentielle ou confinée à des thématiques peu médiatisées.