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Comment gérer les populations ex-situ en cas d'absence d'informations sur leur pedigree ?
Comment gérer les populations ex-situ en cas d'absence d'informations sur leur pedigree ?
Introduction à l'article
Un des buts principaux de l'élevage d'espèces sauvages en captivité est de préserver leur diversité génétique. Or, la population sauvage sera représentée seulement par l'ensemble des gènes des individus fondateurs. C'est pourquoi l'utilisation de critères génétiques permettant de connaitre le pedigree des fondateurs diminuerait la consanguinité et nous informerait sur les liens de parenté des individus. Le pedigree des fondateurs n'étant pas toujours connu, il est traditionnellement supposé que ces individus ne sont ni apparentés, ni consanguins avec les individus dont on connait le pedigree et qui ne sont pas leur descendants. Cet article cherche à savoir si l'utilisation de marqueurs génétiques améliore l'estimation de l'apparentement par rapport aux hypothèses traditionnelles. Puis il cherche à évaluer la performance de deux marqueurs génétiques.
Un des buts principaux de l'élevage d'espèces sauvages en captivité est de préserver leur diversité génétique. Or, la population sauvage sera représentée seulement par l'ensemble des gènes des individus fondateurs. C'est pourquoi l'utilisation de critères génétiques permettant de connaitre le pedigree des fondateurs diminuerait la consanguinité et nous informerait sur les liens de parenté des individus. Le pedigree des fondateurs n'étant pas toujours connu, il est traditionnellement supposé que ces individus ne sont ni apparentés, ni consanguins avec les individus dont on connait le pedigree et qui ne sont pas leur descendants. Cet article cherche à savoir si l'utilisation de marqueurs génétiques améliore l'estimation de l'apparentement par rapport aux hypothèses traditionnelles. Puis il cherche à évaluer la performance de deux marqueurs génétiques.
Expériences de l'article
Des échantillons de plumes ont été récoltés sur 72 individus. Chaque individu a été génotypé à 8 microsatéllites différents.
La diversité allélique, l'hétérozygotie (attendue et observé) ont été calculés pour chaque locus. La déviance à l'équilibre d'Hardy-Weinberg et le déséquilibre de liaison ont aussi été estimé.
Pour savoir quel marqueur était le plus performant, une approche par simulation de Monté-Carlo a été utilisé. Des ensembles de données ont été simulé pour chaque type de relation de parenté : non-apparenté, demi-frère, plein-frère ou parent/enfant. La variance a été échantillonné pour les deux marqueurs
Enfin, le maximum de vraisemblance a été estimé à partir des données simulées.
Des échantillons de plumes ont été récoltés sur 72 individus. Chaque individu a été génotypé à 8 microsatéllites différents.
La diversité allélique, l'hétérozygotie (attendue et observé) ont été calculés pour chaque locus. La déviance à l'équilibre d'Hardy-Weinberg et le déséquilibre de liaison ont aussi été estimé.
Pour savoir quel marqueur était le plus performant, une approche par simulation de Monté-Carlo a été utilisé. Des ensembles de données ont été simulé pour chaque type de relation de parenté : non-apparenté, demi-frère, plein-frère ou parent/enfant. La variance a été échantillonné pour les deux marqueurs
Enfin, le maximum de vraisemblance a été estimé à partir des données simulées.
Résultats de l'article
Il n'y a pas de différence avec l'équilibre d'Hardy-Weinberg ni de déséquilibre de liaison.
Les microsatellites semblent être les candidats idéaux pour estimer les relations de parentaux d'individus dont on ne connait pas le pedigree. En effet, ils combinent un fort taux de mutation et une suffisamment faible variance d’échantillonnage.
Une étude a montré qu'il valait mieux sous-estimer l’apparentement que le sur-estimer. Il faudrait donc combiner nos marqueurs de tel sorte à maximiser la diversité génétique tout en minimisant la consanguinité.
Les deux estimateurs de cette étude expliquent un peu plus de la moitié de la variance du aux réels apparentements et se trompent jusqu’à 40% sur le classement des relations de premiers ordres des généalogies connues.
De nouvelles études sont nécessaires afin de comprendre de combien sont améliorés la capacité et le degrés de l'estimation des relations de parenté via l'utilisation des marqueurs génétiques au lieux des méthodes traditionnelles.
Il n'y a pas de différence avec l'équilibre d'Hardy-Weinberg ni de déséquilibre de liaison.
Les microsatellites semblent être les candidats idéaux pour estimer les relations de parentaux d'individus dont on ne connait pas le pedigree. En effet, ils combinent un fort taux de mutation et une suffisamment faible variance d’échantillonnage.
Une étude a montré qu'il valait mieux sous-estimer l’apparentement que le sur-estimer. Il faudrait donc combiner nos marqueurs de tel sorte à maximiser la diversité génétique tout en minimisant la consanguinité.
Les deux estimateurs de cette étude expliquent un peu plus de la moitié de la variance du aux réels apparentements et se trompent jusqu’à 40% sur le classement des relations de premiers ordres des généalogies connues.
De nouvelles études sont nécessaires afin de comprendre de combien sont améliorés la capacité et le degrés de l'estimation des relations de parenté via l'utilisation des marqueurs génétiques au lieux des méthodes traditionnelles.
Ce que cet article apporte au débat
Les marqueurs moléculaires peuvent être des outils puissants qui pourront faciliter la reproduction en captivité tout en conservant les objectifs de conservation. Il reste cependant encore beaucoup de travail et de recherche à réaliser dans ce domaine.
Les marqueurs moléculaires peuvent être des outils puissants qui pourront faciliter la reproduction en captivité tout en conservant les objectifs de conservation. Il reste cependant encore beaucoup de travail et de recherche à réaliser dans ce domaine.
Publiée il y a plus de 9 ans
par
E. Fruitet.
Dernière modification il y a plus de 9 ans.
Article : Ex situ population management in the absence of pedigree information
Titre de l'article
Comment gérer les populations ex-situ en cas d'absence d'informations sur leur pedigree ?
Comment gérer les populations ex-situ en cas d'absence d'informations sur leur pedigree ?
Introduction à l'article
Un des buts principaux de l'élevage d'espèces sauvages en captivité est de préserver leur diversité génétique. Or, la population sauvage sera représentée seulement par l'ensemble des gènes des individus fondateurs. C'est pourquoi l'utilisation de critères génétiques permettant de connaitre le pedigree des fondateurs diminuerait la consanguinité et nous informerait sur les liens de parenté des individus. Le pedigree des fondateurs n'étant pas toujours connu, il est traditionnellement supposé que ces individus ne sont ni apparentés, ni consanguins avec les individus dont on connait le pedigree et qui ne sont pas leur descendants. Cet article cherche à savoir si l'utilisation de marqueurs génétiques améliore l'estimation de l'apparentement par rapport aux hypothèses traditionnelles. Puis il cherche à évaluer la performance de deux marqueurs génétiques.
Un des buts principaux de l'élevage d'espèces sauvages en captivité est de préserver leur diversité génétique. Or, la population sauvage sera représentée seulement par l'ensemble des gènes des individus fondateurs. C'est pourquoi l'utilisation de critères génétiques permettant de connaitre le pedigree des fondateurs diminuerait la consanguinité et nous informerait sur les liens de parenté des individus. Le pedigree des fondateurs n'étant pas toujours connu, il est traditionnellement supposé que ces individus ne sont ni apparentés, ni consanguins avec les individus dont on connait le pedigree et qui ne sont pas leur descendants. Cet article cherche à savoir si l'utilisation de marqueurs génétiques améliore l'estimation de l'apparentement par rapport aux hypothèses traditionnelles. Puis il cherche à évaluer la performance de deux marqueurs génétiques.
Expériences de l'article
Des échantillons de plumes ont été récoltés sur 72 individus. Chaque individu a été génotypé à 8 microsatéllites différents.
La diversité allélique, l'hétérozygotie (attendue et observé) ont été calculés pour chaque locus. La déviance à l'équilibre d'Hardy-Weinberg et le déséquilibre de liaison ont aussi été estimé.
Pour savoir quel marqueur était le plus performant, une approche par simulation de Monté-Carlo a été utilisé. Des ensembles de données ont été simulé pour chaque type de relation de parenté : non-apparenté, demi-frère, plein-frère ou parent/enfant. La variance a été échantillonné pour les deux marqueurs
Enfin, le maximum de vraisemblance a été estimé à partir des données simulées.
Des échantillons de plumes ont été récoltés sur 72 individus. Chaque individu a été génotypé à 8 microsatéllites différents.
La diversité allélique, l'hétérozygotie (attendue et observé) ont été calculés pour chaque locus. La déviance à l'équilibre d'Hardy-Weinberg et le déséquilibre de liaison ont aussi été estimé.
Pour savoir quel marqueur était le plus performant, une approche par simulation de Monté-Carlo a été utilisé. Des ensembles de données ont été simulé pour chaque type de relation de parenté : non-apparenté, demi-frère, plein-frère ou parent/enfant. La variance a été échantillonné pour les deux marqueurs
Enfin, le maximum de vraisemblance a été estimé à partir des données simulées.
Résultats de l'article
Il n'y a pas de différence avec l'équilibre d'Hardy-Weinberg ni de déséquilibre de liaison.
Les microsatellites semblent être les candidats idéaux pour estimer les relations de parentaux d'individus dont on ne connait pas le pedigree. En effet, ils combinent un fort taux de mutation et une suffisamment faible variance d’échantillonnage.
Une étude a montré qu'il valait mieux sous-estimer l’apparentement que le sur-estimer. Il faudrait donc combiner nos marqueurs de tel sorte à maximiser la diversité génétique tout en minimisant la consanguinité.
Les deux estimateurs de cette étude expliquent un peu plus de la moitié de la variance du aux réels apparentements et se trompent jusqu’à 40% sur le classement des relations de premiers ordres des généalogies connues.
De nouvelles études sont nécessaires afin de comprendre de combien sont améliorés la capacité et le degrés de l'estimation des relations de parenté via l'utilisation des marqueurs génétiques au lieux des méthodes traditionnelles.
Il n'y a pas de différence avec l'équilibre d'Hardy-Weinberg ni de déséquilibre de liaison.
Les microsatellites semblent être les candidats idéaux pour estimer les relations de parentaux d'individus dont on ne connait pas le pedigree. En effet, ils combinent un fort taux de mutation et une suffisamment faible variance d’échantillonnage.
Une étude a montré qu'il valait mieux sous-estimer l’apparentement que le sur-estimer. Il faudrait donc combiner nos marqueurs de tel sorte à maximiser la diversité génétique tout en minimisant la consanguinité.
Les deux estimateurs de cette étude expliquent un peu plus de la moitié de la variance du aux réels apparentements et se trompent jusqu’à 40% sur le classement des relations de premiers ordres des généalogies connues.
De nouvelles études sont nécessaires afin de comprendre de combien sont améliorés la capacité et le degrés de l'estimation des relations de parenté via l'utilisation des marqueurs génétiques au lieux des méthodes traditionnelles.
Ce que cet article apporte au débat
Les marqueurs moléculaires peuvent être des outils puissants qui pourront faciliter la reproduction en captivité tout en conservant les objectifs de conservation. Il reste cependant encore beaucoup de travail et de recherche à réaliser dans ce domaine.
Les marqueurs moléculaires peuvent être des outils puissants qui pourront faciliter la reproduction en captivité tout en conservant les objectifs de conservation. Il reste cependant encore beaucoup de travail et de recherche à réaliser dans ce domaine.
Dernière modification il y a plus de 9 ans.