L’article envisage une comparaison entre plasmide et génome viral. Les virus sont des éléments génétiques qui, infectent leur hôte et utilisent ses fonctions de réplications. Les plasmides forment un autre groupe d'éléments génétiques qui se retrouvent chez les cellules bactériennes. La ressemblance des plasmides aux virus à ADN, est selon l’auteur, « évidente », en particulier lorsque des stratégies de réplication de l'ADN sont observées.
L’auteur suppose que l'acquisition d'un gène codant pour la structure de la capside par un plasmide ou, inversement, la perte d'un gène de capside par un virus, entraînera la transition d'un plasmide à un virus ou d'un virus à un plasmide, respectivement. C’est en s’intéressant au Geminivirus ((famille Geminiviridae) qui sont de petits virus infectant les plantes et transmis par un vecteur) que l’auteur teste cette hypothèse par une analyse de la séquence des protéines de réplication et des séquences et / ou structures des protéines de la capside.

Les virus sont des éléments génétiques capables d’utiliser les fonctions de réplication de leur hôte pour se reproduire, et d’encapsuler leur génome dans des capsides pour survivre à l’état libre et infecter de nouvelles cellules. Les plasmides sont des molécules d’ADN présentes surtout dans les cellules des bactéries, et qui présentent des gènes souvent favorables à leur hôte. Ces éléments se répliquent dans la cellule occupée, qui les transfère parfois à d’autres bactéries. L’acquisition, ou la perte, des gènes permettant la production des capsides pourrait ainsi, selon les auteurs, être le seul pas nécessaire à la transition évolutive d’un plasmide à un virus, et inversement. Pour évaluer cette hypothèse, les auteurs cherchent à détecter un tel événement de transition chez les Geminivirus, un genre de virus de plantes, déjà identifiés comme de potentiels descendants de plasmides.

Une base de données (déjà existante) concernant les Geminivirus a été créée. Les auteurs ont donc, pour commencer, utilisé les séquences de Geminivirus trouvées dans cette base de données afin d’effectuer un comparatif avec celles retrouvées dans les bases de données du NCBI. Seules les séquences correspondant aux protéines d’autres plasmides bactériens ou Géminivirus ont été relevées, cela pour réaliser des analyses phylogénétiques.
L’auteur met alors en évidence des similitudes entre les plasmides des phytoplasmes et les Géminivirus. Cela les mène à effectuer des analyses comparatives de protéines en se concentrant sur les protéines de capside. Ils utilisent la structure de la protéine pour identifier des connexions entre familles virales qui n’auraient pu être faite à partir de l’analyse des séquences uniquement (la structure de la protéine est souvent mieux conservée que la structure de la séquence elle-même).

Des gènes de Geminivirus, qui encodent des protéines intervenant dans la réplication, ont d’abord été utilisés. Leur séquence ADN à été comparée aux bases de données du NCBI afin d’identifier et d’isoler d’autres séquences partageant certains motifs importants. Les données obtenues, qui contiennent des séquences de plasmides bactériens, ont alors été utilisées pour mener des analyses phylogénétiques et de regroupement.

Alors que de potentiels apparentés aux Geminivirus étaient identifiés, il s’agissait aussi d’identifier l’origine évolutive des gènes de production de capsides de ces virus. À travers des analyses bioinformatiques, la séquence de ces gènes a permis de prédire la structure 3D des protéines de capside auxquelles elles correspondent, et de la comparer à celle d’autres virus connus. Cette méthode a été utilisée car, dans le cas de ces protéines, la structure est souvent plus conservée que la séquence elle-même, et donc plus susceptible d’être retrouvée chez d’autres virus.

Les observations montrent que les représentants Géminivirus partagent beaucoup de similitudes avec des plasmides de phytoplasmes et non avec d'autres virus à ADN. Les analyses phylogénétiques prédisent un ancêtre commun plus récent pour les représentants des plasmides phytoplasmiques et des Géminivirus.
Les auteurs proposent alors un scénario pour l'origine des géminivirus dans lequel l'acquisition du gène codant pour une protéine de capside par un plasmide phytoplasmique a donné naissance à l'ancêtre des Géminivirus.
Ceci implique deux hypothèses, premièrement, il y aurait eu une co-infection de la même cellule végétale par un phytoplasme et un virus. Ensuite, une recombinaison se serait produite entre le génome de l'ARN d'un virus et la molécule d'ADN d'un plasmide. Le scénario proposé ici implique que les Géminivirus soient apparus dans les cellules végétales, où les différents éléments pourrait se retrouver.

La première recherche a mené à l’obtention de 40 séquences. Parmi ces séquences, les plus apparentées à celles des Geminivirus se sont révélées être celles appartenant à des plasmides de phytoplasmes, et non à d’autres virus. Les phytoplasmes sont des bactéries parasites des plantes, qui occupent les mêmes tissus que les Geminivirus. Les auteurs estiment donc comme plausible un scénario selon lequel un plasmide ancestral de phytoplasme serait à l’origine des Geminivirus.

L’analyse de forme des protéines de capside des Geminivirus a montré que ces protéines sont capables d’adopter une forme similaire à celle de certains virus de plantes, qui peuvent se retrouver dans l’environnement des phytoplasmes. Cette similarité conforte le scénario proposé par les auteurs.

Les auteurs passent rapidement sur la possibilité d’un scenario inverse, dans lequel les plasmides des phytoplasmes auraient plutôt intégré des gènes de Geminivirus. L’argument qu’ils utilisent pour l’écarter (la capacité de certains Geminivirus à se répliquer dans des cellules bactériennes) n’est pas forcément suffisant car il pourrait s’expliquer autrement. De plus, une phylogénie basée sur un seul gène donne des informations sur l’histoire de ce gène, mais pas forcément sur l’histoire des éléments génétiques qui les portent. La phylogénie réalisée ne constitue donc pas une preuve absolue. Les auteurs sont cependant très rigoureux quant aux implications de leurs résultats et aux limites de leur scénario, qu’ils explorent de façon détaillée.

L'article est très bien réalisé bien que particulièrement technique sur certain point. Ce qui est intéressant c'est le point de vue assez objectifs des auteurs concernant leur hypothèse ainsi que sur les résultats qu'ils obtiennent pour l'appuyer. Les points négatifs y sont relevés et bien explicités.

Bien que bien expliquer par les auteurs et très largement sous entendu, ils ne mentionnent pas directement l'hypothèse d'apparition des virus par échappée. Ce qui peut être perturbant pour des lecteurs novices....
Cependant, leurs expériences tendent vers cette hypothèse.

Les résultats des auteurs semblent montrer que les Geminivirus descendent d’un plasmide de phytoplasme ayant acquis un gène chez un virus préexistant dans son environnement. Si ces résultats sont validés, alors une proximité évolutive entre les virus et certains éléments génétiques doit être envisagée. Ceci apporte un argument modéré en faveur de l’hypothèse par échappée, bien que le mécanisme proposé ne puisse pas prétendre à avoir produit les premiers virus.

L'article ne suit pas la construction habituelle d'un article scientifique (introduction, matériel & méthodes, résultats, discussion) de façon claire ; il peut alors sembler long pour certains lecteurs et pas toujours facile à comprendre, car beaucoup détails y surviennent.
Cependant il est plutôt expliqué et intéressant pour soutenir l'hypothèse d'échappée